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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-27002 | ||||||||||||
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タイトル | ACP1-KS-AT domains of mycobacterial Pks13 | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | mycolic acid synthesis / acyl carrier protein / ketosynthase / acyltransferase / multi-domain assembly / BIOSYNTHETIC PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6-deoxyerythronolide-B synthase / erythronolide synthase activity / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / secondary metabolite biosynthetic process / phosphopantetheine binding / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Kim SK / Dickinson MS / Finer-Moore JS / Rosenberg OS / Stroud RM | ||||||||||||
資金援助 | 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023 タイトル: Structure and dynamics of the essential endogenous mycobacterial polyketide synthase Pks13. 著者: Sun Kyung Kim / Miles Sasha Dickinson / Janet Finer-Moore / Ziqiang Guan / Robyn M Kaake / Ignacia Echeverria / Jen Chen / Ernst H Pulido / Andrej Sali / Nevan J Krogan / Oren S Rosenberg / Robert M Stroud / 要旨: The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug ...The mycolic acid layer of the Mycobacterium tuberculosis cell wall is essential for viability and virulence, and the enzymes responsible for its synthesis are targets for antimycobacterial drug development. Polyketide synthase 13 (Pks13) is a module encoding several enzymatic and transport functions that carries out the condensation of two different long-chain fatty acids to produce mycolic acids. We determined structures by cryogenic-electron microscopy of dimeric multi-enzyme Pks13 purified from mycobacteria under normal growth conditions, captured with native substrates. Structures define the ketosynthase (KS), linker and acyl transferase (AT) domains at 1.8 Å resolution and two alternative locations of the N-terminal acyl carrier protein. These structures suggest intermediate states on the pathway for substrate delivery to the KS domain. Other domains, visible at lower resolution, are flexible relative to the KS-AT core. The chemical structures of three bound endogenous long-chain fatty acid substrates were determined by electrospray ionization mass spectrometry. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_27002.map.gz | 173 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-27002-v30.xml emd-27002.xml | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_27002_fsc.xml | 13.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_27002.png | 69.1 KB | ||
その他 | emd_27002_additional_1.map.gz emd_27002_additional_2.map.gz emd_27002_half_map_1.map.gz emd_27002_half_map_2.map.gz | 203.5 MB 187.9 MB 173.8 MB 173.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27002 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-27002 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_27002_validation.pdf.gz | 815.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_27002_full_validation.pdf.gz | 815 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_27002_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_27002_validation.cif.gz | 27.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27002 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-27002 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_27002.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 219.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.835 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Phenix autosharpened map recommended contour at 3.66
ファイル | emd_27002_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Phenix autosharpened map recommended contour at 3.66 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-添付マップデータ: emd 27002 additional 2.map
ファイル | emd_27002_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_27002_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_27002_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mycobacterial polyketide synthase 13
全体 | 名称: Mycobacterial polyketide synthase 13 |
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要素 |
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-超分子 #1: Mycobacterial polyketide synthase 13
超分子 | 名称: Mycobacterial polyketide synthase 13 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: The gene for Mycobacterium smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP ...詳細: The gene for Mycobacterium smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved to yield the full-length Pks13. |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) |
-分子 #1: Polyketide synthase PKS13
分子 | 名称: Polyketide synthase PKS13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: The gene for Mycobacterium smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP ...詳細: The gene for Mycobacterium smegmatis polyketide synthase 13 (Pks13) was tagged with TEV-cleavable GFP at its C-terminus and purified from its natural source with anti-GFP nanobody beads. GFP was cleaved to yield the full-length Pks13. コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6-deoxyerythronolide-B synthase |
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由来(天然) | 生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア) 株: ATCC 700084 / mc(2)155 |
分子量 | 理論値: 194.668203 KDa |
配列 | 文字列: MTVNEMREWL RNWVANATGQ SADAIDESTP MVELGLSSRD AVAMASDIED LTGVTLTATV AFRHPTIESL ATVIIEGEPE PEPYDEDED WSRTRDVEDI AIVGVATRFP GDLNTPDEMW EALLEGKDCV TDLPEDRWTE FLDEPRIAER VKKARTRGGY L TDIKGFDS ...文字列: MTVNEMREWL RNWVANATGQ SADAIDESTP MVELGLSSRD AVAMASDIED LTGVTLTATV AFRHPTIESL ATVIIEGEPE PEPYDEDED WSRTRDVEDI AIVGVATRFP GDLNTPDEMW EALLEGKDCV TDLPEDRWTE FLDEPRIAER VKKARTRGGY L TDIKGFDS EFFALSKMEA DNIDPQQRMA LELTWEALEH ARIPASSLRG ESVGVYIGSS TNDYSFLAMS DPSIAHPYAI TG TASSIIA NRVSYFYDFR GPSVAVDTAC SSSLVATHQG VQALRAGEAD VAIVGGVNAL VTPLVTVGFD EVGGVLAPDG RIK SFSSDA DGYARSEGGG MLVLKRISDA RRDGDQILAV IAGSAVNHDG RSNGLLAPNP DAQAEVLRKA YKDAGINPRD VDYI EAHGT GTILGDPIEA DALGRIVGKG RPADKPALLG AVKSNLGHLE SAAGAASLAK MTLALANDKL PPSINYAGPN PYIDF EKER LKVNDTVSDW PRYSGKAIAG VSGFGFGGAN AHVVMREVLA GDLVEPEPEP EPEAKPEKSE ADAVYVGGVR MDEYGE FID EDEPAEGGDA YPSYDEDSYE LPGITEAAQR LLEQAREELE AKEAEEPTKQ LVPLAVSAFL TSRKRQAAAE LADWIDS PE GRASSLESIG RSLSRRNHGR SRAVVLAHDH DEAIKGLRAL AEGKQHPSVL SADGPVTNGP VWVLAGFGAQ HRKMGKSL Y LRNEVFAEWI NKVDALIQDE RGYSILELIL DDNVDYTDAT CEYPIEVVQL VIFAIQIALG ELLRHHGAKP AAVVGQSLG EAAASYFAGG LSLADATRTI CSRSHLMGEG EAMLFGEYIR LMALVEYSAD EIKTVFSDYP DLEVCVYAAP TQTVIGGPPD QVDAIIARA ESEGKFARKF QTKGASHTQQ MDPLLGELAA ELQGIEPKPL TTGYFSTVHE GTFIRPGSAP IHDVDYWKKG L RHSVYFTQ GIRNAVDNGH TTFLELAPNP VALMQVGLTT ASAGLHDAQL IATLARKQDE VESMISAMAQ LYVHGHDLDF RT LFPRRSK GLAGALDFAN IPPTRFKRKE HWLPAHFTGD SSAVMPGNHV ATPDGRHVWE FVPRGKTDLA ALVKAAAAQV LPD AKLAAF EQRAVPADNA RLVTTLTRHP GGATVQVHAR VEESFTLVYD AIVARANGAG VTALPVAVGA GVAVSGDVAG EGAG ASVIE DDEPDAEILQ DNLTAGAGMG ADFQKWDPNS GETIGQRLGT IVGAAMGYEP EDLPWEVPLI ELGLDSLMAV RIKNR VEYD FDLPPIQLTA VRDANLYNVE ELIRYAIEHR DEVEQIAESQ KGKTAEEIAA EQSELLGGAS TVAELEAKLA EAGHPL AAK DSEDSENSED NAAGAAAAAE ASAVEGLEIP PPPTDPTGPG GAPIPPPPSD PSGPAQAASA TDAPAGTVNK ATAAAAA AK VLTQEAVTEA LGADVPPRDA AERVTFATWA IVTGKSPGGI FNELPTVSEE TAKKMAERLS ERAEGTITVE DVLGAKTI E GLATIVREQL EEGVVDGFVR TLRPPKEGSN AVPLFVFHPA GGSTVVYEPL MKRLPADVPV YGLERVEGSI EERAAEYVP KLLEMHKGPF VLAGWSLGGA LAYACAIGLK QSGADVRFVG LIDTVLPGEP IDQSKEGMRA RWDRYARFAE RTFNVEIPAI PYEELEKLD DEGQVKYVLE IVKESGVQIP GGIIEHQRTS YLDNRALDTV DIKPYDGHVT LYMADRYHDD AIVFEPAYAT R KPDGGWGS FVSDLEVVHI GGEHIQAIDE PYIAKVGAHM SEALNRIEAQ ASKEDGAK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Full length pks13 was concentrated to 1.5 mg mL-1 for cryo-EM grid preparation. 4.5 uL of sample was applied to freshly glow discharged holey carbon on gold R1.2/1.3 300 mesh Quantifoil grids ...詳細: Full length pks13 was concentrated to 1.5 mg mL-1 for cryo-EM grid preparation. 4.5 uL of sample was applied to freshly glow discharged holey carbon on gold R1.2/1.3 300 mesh Quantifoil grids and blotted for 9 s with Whatman 1 filter paper at max humidity and 10oC in a FEI Mark IV Vitrobot, before vitrification in liquid nitrogen-cooled liquid ethane.. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 7567 / 平均露光時間: 5.9 sec. / 平均電子線量: 45.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8cuy: |