+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-25882 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of respiratory super-complex CI+III2 from Tetrahymena thermophila | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / lipid-A-disaccharide synthase / lipid-A-disaccharide synthase activity / quinol-cytochrome-c reductase / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / P450-containing electron transport chain / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / lipid-A-disaccharide synthase / lipid-A-disaccharide synthase activity / quinol-cytochrome-c reductase / medium-chain fatty acid-CoA ligase activity / P450-containing electron transport chain / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / : / ubiquinone-6 biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / lipid A biosynthetic process / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / NADH dehydrogenase activity / : / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / : / chloroplast thylakoid membrane / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / ubiquinone binding / acyl binding / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / acyl carrier activity / quinone binding / electron transport coupled proton transport / ATP synthesis coupled electron transport / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / mitochondrion organization / chloroplast / fatty acid metabolic process / mitochondrial membrane / electron transport chain / phospholipid binding / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / electron transfer activity / ribosome / heme binding / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhou L / Maldonado M / Padavannil A / Guo F / Letts JA | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Structures of 's respiratory chain reveal the diversity of eukaryotic core metabolism. 著者: Long Zhou / María Maldonado / Abhilash Padavannil / Fei Guo / James A Letts / 要旨: Respiration is a core biological energy-converting process whose last steps are carried out by a chain of multisubunit complexes in the inner mitochondrial membrane. To probe the functional and ...Respiration is a core biological energy-converting process whose last steps are carried out by a chain of multisubunit complexes in the inner mitochondrial membrane. To probe the functional and structural diversity of eukaryotic respiration, we examined the respiratory chain of the ciliate (Tt). Using cryo-electron microscopy on a mixed sample, we solved structures of a supercomplex between Tt complex I (Tt-CI) and Tt-CIII (Tt-SC I+III) and a structure of Tt-CIV. Tt-SC I+III (~2.3 megadaltons) is a curved assembly with structural and functional symmetry breaking. Tt-CIV is a ~2.7-megadalton dimer with more than 50 subunits per protomer, including mitochondrial carriers and a TIM8-TIM13-like domain. Our structural and functional study of the respiratory chain reveals divergence in key components of eukaryotic respiration, thereby expanding our understanding of core metabolism. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_25882.map.gz | 727.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-25882-v30.xml emd-25882.xml | 101.8 KB 101.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_25882_fsc.xml | 20.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_25882.png | 69.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-25882 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_25882_validation.pdf.gz | 552.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_25882_full_validation.pdf.gz | 552.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_25882_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_25882_validation.cif.gz | 25.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25882 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-25882 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7tghMC 7w5zC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10919 (タイトル: Single particle cryogenic electron micrographs of tetrahymena mitochondrial electron transport chain complexes Data size: 7.8 TB Data #1: Unaligned multiframe micrographs of Tetrahymena respiratory chain complexes - Krios data [micrographs - multiframe] Data #2: Non-dose weighted motion corrected micrographs of Tetrahymena respiratory chain complexes - Krios data [micrographs - single frame] Data #3: Dose-weighted motion corrected micrographs of Tetrahymena respiratory chain complexes - Krios data [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_25882.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.835 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Mitochondrial Super-complex I+III2 of Tetrahymena thermophila
+超分子 #1: Mitochondrial Super-complex I+III2 of Tetrahymena thermophila
+分子 #1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 1
+分子 #2: NADH dehydrogenase subunit 1
+分子 #3: Ymf65
+分子 #4: NADH dehydrogenase subunit 2
+分子 #5: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 3
+分子 #6: M16 family peptidase, putative
+分子 #7: Peptidase M16 inactive domain protein
+分子 #8: Apocytochrome b
+分子 #9: Cytochrome protein c1
+分子 #10: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron...
+分子 #11: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
+分子 #12: UQCRB
+分子 #13: Transmembrane protein, putative
+分子 #14: Transmembrane protein, putative
+分子 #15: Transmembrane protein, putative
+分子 #16: UNK1
+分子 #17: UNK2
+分子 #18: UNK3
+分子 #19: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4
+分子 #20: Ymf58
+分子 #21: NADH dehydrogenase subunit 5
+分子 #22: Ymf57
+分子 #23: Ymf62
+分子 #24: Ribosomal protein L51/S25/CI-B8 domain protein
+分子 #25: ETC complex I subunit motif protein
+分子 #26: NADH dehydrogenase, putative
+分子 #27: NDUA7
+分子 #28: NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein
+分子 #29: Acyl carrier protein
+分子 #30: Acyl carrier protein
+分子 #31: NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex subunit 12
+分子 #32: NDUA13
+分子 #33: NDUB7
+分子 #34: NDUB8
+分子 #35: NDUB10
+分子 #36: UNK4
+分子 #37: Gamma-carbonic anhydrase
+分子 #38: Gamma-carbonic anhydrase
+分子 #39: Transcription factor apfi protein, putative
+分子 #40: Transmembrane protein, putative
+分子 #41: DnaJ domain protein
+分子 #42: 2 iron, 2 sulfur cluster-binding protein
+分子 #43: Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II
+分子 #44: Lipid-A-disaccharide synthase
+分子 #45: NDUA1
+分子 #46: NADH-ubiquinone oxidoreductase complex I, 21 kDa subunit
+分子 #47: NDUTT6
+分子 #48: Transmembrane protein, putative
+分子 #49: UNK5
+分子 #50: NADH-ubiquinone oxidoreductase 75 kDa subunit
+分子 #51: NADH dehydrogenase subunit 7
+分子 #52: NADH dehydrogenase subunit 9
+分子 #53: NADH dehydrogenase [ubiquinone] iron-sulfur protein 4, mitochondrial
+分子 #54: Zinc-finger protein
+分子 #55: NADH dehydrogenase subunit 10
+分子 #56: NADH-ubiquinone oxidoreductase 1, chain, putative
+分子 #57: NDUB9
+分子 #58: Thioredoxin
+分子 #59: NDUA8
+分子 #60: Transmembrane protein, putative
+分子 #61: NADH dehydrogenase [ubiquinone] flavoprotein 1, mitochondrial
+分子 #62: NADH-ubiquinone oxidoreductase 24 kDa subunit
+分子 #63: NDUB6
+分子 #64: Transmembrane protein, putative
+分子 #65: NDUC2
+分子 #66: Transmembrane protein, putative
+分子 #67: NDUB4
+分子 #68: NDUTT4
+分子 #69: NDUTT8
+分子 #70: NDUB2
+分子 #71: NDUTT3
+分子 #72: Transmembrane protein, putative
+分子 #73: Transmembrane protein, putative
+分子 #74: NDUTT10
+分子 #75: GRAM domain protein
+分子 #76: NDUTT12
+分子 #77: NDUPH2
+分子 #78: Transmembrane protein, putative
+分子 #79: NDUTT9
+分子 #80: Transmembrane protein, putative
+分子 #81: Transmembrane protein, putative
+分子 #82: CARDIOLIPIN
+分子 #83: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #84: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #85: UBIQUINONE-10
+分子 #86: HEME C
+分子 #87: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #88: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
+分子 #89: ZINC ION
+分子 #90: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
+分子 #91: S-[2-({N-[(2S)-2-hydroxy-3,3-dimethyl-4-(phosphonooxy)butanoyl]-b...
+分子 #92: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #93: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #94: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Solution were made fresh from concentrated stocks, filtered and de-gassed before equilibration onto Superose6 column | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: 30 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: incubation time before blotting: 60s, blot time: 9s, blot force: 25, offset: -2, incubation after blotting: 0s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7895 / 平均露光時間: 5.9 sec. / 平均電子線量: 66.69 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 58616 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
---|---|
得られたモデル | PDB-7tgh: |