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- EMDB-25046: Tomogram of mPCDH15/39G7-AuNP complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25046
タイトルTomogram of mPCDH15/39G7-AuNP complex
マップデータTomogram of recombinant mPCDH15 extracellular domain in complex with a AuNP/39G7-Fab' conjugate
試料
  • 複合体: mPCDH15/39G7-AuNP complex
    • 複合体: 39G7-AuNP conjugate
    • 複合体: mPCDH15 extracellular domain
キーワードcadherin / antibody / hearing / mechanotransduction / CELL ADHESION
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Elferich J / Clark S / Ge J / Goehring A / Matsui A / Gouaux E
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用
ジャーナル: Elife / 年: 2021
タイトル: Molecular structures and conformations of protocadherin-15 and its complexes on stereocilia elucidated by cryo-electron tomography.
著者: Johannes Elferich / Sarah Clark / Jingpeng Ge / April Goehring / Aya Matsui / Eric Gouaux /
要旨: Mechanosensory transduction (MT), the conversion of mechanical stimuli into electrical signals, underpins hearing and balance and is carried out within hair cells in the inner ear. Hair cells harbor ...Mechanosensory transduction (MT), the conversion of mechanical stimuli into electrical signals, underpins hearing and balance and is carried out within hair cells in the inner ear. Hair cells harbor actin-filled stereocilia, arranged in rows of descending heights, where the tips of stereocilia are connected to their taller neighbors by a filament composed of protocadherin 15 (PCDH15) and cadherin 23 (CDH23), deemed the 'tip link.' Tension exerted on the tip link opens an ion channel at the tip of the shorter stereocilia, thus converting mechanical force into an electrical signal. While biochemical and structural studies have provided insights into the molecular composition and structure of isolated portions of the tip link, the architecture, location, and conformational states of intact tip links, on stereocilia, remains unknown. Here, we report in situ cryo-electron microscopy imaging of the tip link in mouse stereocilia. We observe individual PCDH15 molecules at the tip and shaft of stereocilia and determine their stoichiometry, conformational heterogeneity, and their complexes with other filamentous proteins, perhaps including CDH23. The PCDH15 complexes occur in clusters, frequently with more than one copy of PCDH15 at the tip of stereocilia, suggesting that tip links might consist of more than one copy of PCDH15 complexes and, by extension, might include multiple MT complexes.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Molecular structure and conformation of stereocilia tip-links elucidated by cryo-electron tomography
著者: Elferich J / Clark S / Ge J / Goehring A / Matsui A / Gouaux E
履歴
登録2021年9月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_25046.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 321.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Tomogram of recombinant mPCDH15 extracellular domain in complex with a AuNP/39G7-Fab' conjugate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.756 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)81.699529999999996 (±4.40753)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin3641-102
サイズ9401376261
Spacing1376940261
セルA: 7920.256 Å / B: 5410.64 Å / C: 1502.316 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeenvelope stored as signed bytes (from -128 lowest to 127 highest)
Å/pix. X/Y/Z5.7565.7565.756
M x/y/z1376940261
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z7920.2565410.6401502.316
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS4136-102
NC/NR/NS1376940261
D min/max/mean-128.000127.00081.700

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mPCDH15/39G7-AuNP complex

全体名称: mPCDH15/39G7-AuNP complex
要素
  • 複合体: mPCDH15/39G7-AuNP complex
    • 複合体: 39G7-AuNP conjugate
    • 複合体: mPCDH15 extracellular domain

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超分子 #1: mPCDH15/39G7-AuNP complex

超分子名称: mPCDH15/39G7-AuNP complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0

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超分子 #2: 39G7-AuNP conjugate

超分子名称: 39G7-AuNP conjugate / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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超分子 #3: mPCDH15 extracellular domain

超分子名称: mPCDH15 extracellular domain / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 41 / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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