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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24181 | |||||||||
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タイトル | The structure of bovine thyroglobulin with iodinated tyrosines | |||||||||
マップデータ | Combined EM map of reconstructions from focused refinements around the region surrounding half of the dimeric Tg molecule and the arm region of a Tg monomer - resampled in finer grid points. | |||||||||
試料 |
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キーワード | thyroid hormone synthesis / HORMONE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hormone biosynthetic process / iodide transport / thyroid hormone generation / regulation of myelination / thyroid gland development / hormone activity / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos indicus x Bos taurus (哺乳類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å | |||||||||
データ登録者 | Kim K / Clarke OB | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021 タイトル: The structure of natively iodinated bovine thyroglobulin. 著者: Kookjoo Kim / Mykhailo Kopylov / Daija Bobe / Kotaro Kelley / Edward T Eng / Peter Arvan / Oliver B Clarke / 要旨: Thyroglobulin is a homodimeric glycoprotein that is essential for the generation of thyroid hormones in vertebrates. Upon secretion into the lumen of follicles in the thyroid gland, tyrosine residues ...Thyroglobulin is a homodimeric glycoprotein that is essential for the generation of thyroid hormones in vertebrates. Upon secretion into the lumen of follicles in the thyroid gland, tyrosine residues within the protein become iodinated to produce monoiodotyrosine (MIT) and diiodotyrosine (DIT). A subset of evolutionarily conserved pairs of DIT (and MIT) residues can then engage in oxidative coupling reactions that yield either thyroxine (T; produced from coupling of a DIT `acceptor' with a DIT `donor') or triiodothyronine (T; produced from coupling of a DIT acceptor with an MIT donor). Although multiple iodotyrosine residues have been identified as potential donors and acceptors, the specificity and structural context of the pairings (i.e. which donor is paired with which acceptor) have remained unclear. Here, single-particle cryogenic electron microscopy (cryoEM) was used to generate a high-resolution reconstruction of bovine thyroglobulin (2.3 Å resolution in the core region and 2.6 Å overall), allowing the structural characterization of two post-reaction acceptor-donor pairs as well as tyrosine residues modified as MIT and DIT. A substantial spatial separation between donor Tyr149 and acceptor Tyr24 was observed, suggesting that for thyroxine synthesis significant peptide motion is required for coupling at the evolutionarily conserved thyroglobulin amino-terminus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24181.map.gz | 459.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24181-v30.xml emd-24181.xml | 38.6 KB 38.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24181_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24181.png | 86.8 KB | ||
マスクデータ | emd_24181_msk_1.map emd_24181_msk_2.map | 178 MB 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-24181.cif.gz | 8.1 KB | ||
その他 | emd_24181_additional_1.map.gz emd_24181_additional_10.map.gz emd_24181_additional_2.map.gz emd_24181_additional_3.map.gz emd_24181_additional_4.map.gz emd_24181_additional_5.map.gz emd_24181_additional_6.map.gz emd_24181_additional_7.map.gz emd_24181_additional_8.map.gz emd_24181_additional_9.map.gz emd_24181_half_map_1.map.gz emd_24181_half_map_2.map.gz | 139.7 MB 10.3 MB 89.5 MB 137.5 MB 139.6 MB 139.6 MB 140.9 MB 140.7 MB 21.2 MB 74.4 MB 139 MB 139 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24181 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24181 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7n4yMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10833 (タイトル: The structure of natively iodinated bovine thyroglobulin Data size: 1.2 TB Data #1: Unaligned multi-frame micrographs of bovine thyroglobulin [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24181.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Combined EM map of reconstructions from focused refinements around the region surrounding half of the dimeric Tg molecule and the arm region of a Tg monomer - resampled in finer grid points. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.7453 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
+マスク #1
+マスク #2
+追加マップ: EM map of the focused refinement on the arm region of a Tg monomer
+追加マップ: Combined EM map of density-modified maps of focused...
+追加マップ: EM map of the global consensus refinement -...
+追加マップ: EM map of the focused refinement on the...
+追加マップ: The second EM half map of the focused...
+追加マップ: The first EM half map of the focused...
+追加マップ: The second EM half map of the focused...
+追加マップ: The first EM half map of the focused...
+追加マップ: density-modified EM map of the focused refinement on...
+追加マップ: density-modified EM map of the focused refinement on...
+ハーフマップ: The first EM half map of the global consensus reconstruction
+ハーフマップ: The second EM half map of the global consensus reconstruction
-試料の構成要素
-全体 : Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid
全体 | 名称: Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid |
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要素 |
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-超分子 #1: Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid
超分子 | 名称: Bovine thyroglobulin purified from bovine thyroid / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bos indicus x Bos taurus (哺乳類) |
分子量 | 理論値: 660 KDa |
-分子 #1: Thyroglobulin
分子 | 名称: Thyroglobulin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos indicus x Bos taurus (哺乳類) |
分子量 | 理論値: 303.087844 KDa |
配列 | 文字列: NIFE(T44)QVDAQ PLRPCELQRE RAFLKREDYV PQCAEDGSFQ TVQCGKDGAS CWCVDADGRE VPGSRQPGRP AACLSF CQL QKQQILLSSY INSTATSYLP QCQDSGDYSP VQCDLRRRQC WCVDAEGMEV YGTRQQGRPA RCPRSCEIRN RRLLHGV GD ...文字列: NIFE(T44)QVDAQ PLRPCELQRE RAFLKREDYV PQCAEDGSFQ TVQCGKDGAS CWCVDADGRE VPGSRQPGRP AACLSF CQL QKQQILLSSY INSTATSYLP QCQDSGDYSP VQCDLRRRQC WCVDAEGMEV YGTRQQGRPA RCPRSCEIRN RRLLHGV GD RSPPQCSPDG AFRPVQCKFV NTTDMMIFDL VHSYSRFPDA FVTFSSFRSR FPEVSGYCYC ADSQGRELAE TGLELLLD E IYDTIFAGLD LASTFAETTL YRILQRRFLA VQLVISGRFR CPTKCEVERF AATSFRHPYV PSCHPDGEYQ AAQCQQGGP CWCVDSRGQE IPGTRQRGEP PSCAEDQSCP SERRRAFSRL RFGPSGYFSR RSLLLAPEEG PVSQRFARFT ASCPPSIKEL FLDSGIFQP MLQGRDTRFV APESLLKEAI RGLFPSRELA RLALQFTTNA KRLQQNLFGG RFLVNVGQFN LSGALGTRGT F NFSHFFQQ LGLPGFQDGR ALADLAKPLS VGLNSNPASE APKASKIDVA LRKPVVGSFG FEVNLQENQN ALQFLSSFLE LP EFLLFLQ HAISVPEDIA RDLGDVMEMV FSSQGCGQAP GSLFVPACTA EGSYEEVQCF AGDCWCVDAQ GRELAGSRVR GGR PRCPTE CEKQRARMQS LLGSQPAGSS LFVPACTSKG NFLPVQCFNS ECYCVDTEGQ PIPGTRSALG EPKKCPSPCQ LQAE RAFLG TVRTLVSNPS TLPALSSIYI PQCSASGQWS PVQCDGPPEQ AFEWYERWEA QNSAGQALTP AELLMKIMSY REAAS RNFR LFIQNLYEAG QQGIFPGLAR YSSFQDVPVS VLEGNQTQPG GNVFLEPYLF WQILNGQLDR YPGPYSDFSA PLAHFD LRS CWCVDEAGQK LEGTRNEPNK VPACPGSCEE VKLRVLQFIR EAEEIVTYSN SSRFPLGESF LAAKGIRLTD EELAFPP LS PSRETFLEKF LSGSDYAIRL AAQSTFDFYQ RRLVTLAESP RAPSPVWSSA YLPQCDAFGG WEPVQCHAAT GHCWCVDG K GEYVPTSLTA RSRQIPQCPT SCERLRASGL LSSWKQAGVQ AEPSPKDLFI PTCLETGEFA RLQASEAGTW CVDPASGEG VPPGTNSSAQ CPSLCEVLQS GVPSRRTSPG YSPACRAEDG GFSPVQCDPA QGSCWCVLGS GEEVPGTRVA GSQPACESPQ CPLPFSVAD VAGGAILCER ASGLGAAAGQ RCQLRCSQGY RSAFPPEPLL CSVQRRRWES RPPQPRACQR PQFWQTLQTQ A QFQLLLPL GKVCSADYSG LLLAFQVFLL DELTARGFCQ IQVKTAGTPV SIPVCDDSSV KVECLSRERL GVNITWKLQL VD APPASLP DLQDVEEALA GKYLAGRFAD LIQSGTFQLH LDSKTFSADT SIRFLQGDRF GISPRTQFGC LEGFGRVVAA SDA SQDALG CVKCPEGSYF QDEQCIPCPA GFYQEQAGSL ACVPCPEGRT TVYAGAFSQT HCVTDCQKNE VGLQCDQDGQ YRAS QRDRT SGKAFCVDGE GRRLPWTEAE APLVDAQCLV MRKFEKLPES KVIFSADVAV MVRSEVPGSE SSLMQCLADC ALDEA CGFL TVSTAGSEVS CDFYAWASDS IACTTSGRSE DALGTSQATS FGSLQCQVKV RSREGDPLAV YLKKGQEFTI TGQKRF EQT GFQSALSGMY SPVTFSASGA SLAEVHLFCL LACDHDSCCD GFILVQVQGG PLLCGLLSSP DVLLCHVRDW RDPAEAQ AN ASCPGVTYDQ DSRQVTLRLG GQEIRGLTPL EGTQDTLTSF QQVYLWKDSD MGSRSESMGC RRDTEPRPAS PSETDLTT G LFSPVDLIQV IVDGNVSLPS QQHWLFKHLF SLQQANLWCL SRCAGEPSFC QLAEVTDSEP LYFTCTLYPE AQVCDDILE SSPKGCRLIL PRRPSALYRK KVVLQDRVKN FYNRLPFQKL TGISIRNKVP MSDKSISSGF FECERLCDMD PCCTGFGFLN VSQLKGGEV TCLTLNSLGL QTCSEE(TYI)GGV WRILDCGSPD TEVRTYPFGW YQKPVSPSDA PSFCPSVALP ALTENVA LD SWQSLALSSV IVDPSIRNFD VAHISTAAVG NFSAARDRCL WECSRHQDCL VTTLQTQPGA VRCMFYADTQ SCTHSLQA Q NCRLLLHEEA TYIYRKPNIP LPGFGTSSPS VPIATHGQLL GRSQAIQVGT SWKPVDQFLG VPYAAPPLGE KRFRAPEHL NWTGSWEATK PRARCWQPGI RTPTPPGVSE DCLYLNVFVP QNMPPNASVL VFFHNAAEGK GSGDRPAVDG SFLAAVGNLI VVTASYRTG IFGFLSSGSS ELSGNWGLLD QVVALTWVQT HIQAFGGDPR RVTLAADRGG ADIASIHLVT TRAANSRLFR R AVLMGGSA LSPAAVIRPE RARQQAAALA KEVGCPSSSV QEMVSCLRQE PARILNDAQT KLLAVSGPFH YWGPVVDGQY LR ETPARVL QRAPRVKVDL LIGSSQDDGL INRAKAVKQF EESQGRTSSK TAFYQALQNS LGGEAADAGV QAAATWYYSL EHD SDD(T44)AS FSRALEQATR DYFIICPVID MASHWARTVR GNVFMYHAPE SYSHSSLELL TDVLYAFGLP FYPAYEGQFT LEEKSLSLK IMQYFSNFIR SGNPNYPHEF SRRAPEFAAP WPDFVPRDGA ESYKELSVLL PNRQGLKKAD CSFWSKYIQS L KASADETK DGPSADSEEE DQPAGSGLTE DLLGLPELAS KTYSK UniProtKB: Thyroglobulin |
-分子 #5: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 10 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 308 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 71.32 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |