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万見
- EMDB-21820: Structure of homotrimeric poplar cellulose synthase isoform 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21820
タイトルStructure of homotrimeric poplar cellulose synthase isoform 8
マップデータMap after local refinement and B-factor sharpening (-93).
試料
  • 複合体: CesA
    • タンパク質・ペプチド: Cellulose synthase
キーワードCellulose / polysaccharide / cell wall / glycosyltransferase / membrane protein / translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


plant-type primary cell wall biogenesis / cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / trans-Golgi network / cell wall organization / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cellulose synthase, RING-type zinc finger / Zinc-binding RING-finger / Cellulose synthase / Cellulose synthase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Cellulose synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Populus tremula x Populus tremuloides (植物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Zimmer J / Pallinti P
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)DESC0001090 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Architecture of a catalytically active homotrimeric plant cellulose synthase complex.
著者: Pallinti Purushotham / Ruoya Ho / Jochen Zimmer /
要旨: Cellulose is an essential plant cell wall component and represents the most abundant biopolymer on Earth. Supramolecular plant cellulose synthase complexes organize multiple linear glucose polymers ...Cellulose is an essential plant cell wall component and represents the most abundant biopolymer on Earth. Supramolecular plant cellulose synthase complexes organize multiple linear glucose polymers into microfibrils as load-bearing wall components. We determined the structure of a poplar cellulose synthase CesA homotrimer that suggests a molecular basis for cellulose microfibril formation. This complex, stabilized by cytosolic plant-conserved regions and helical exchange within the transmembrane segments, forms three channels occupied by nascent cellulose polymers. Secretion steers the polymers toward a common exit point, which could facilitate protofibril formation. CesA's N-terminal domains assemble into a cytosolic stalk that interacts with a microtubule-tethering protein and may thus be involved in CesA localization. Our data suggest how cellulose synthase complexes assemble and provide the molecular basis for plant cell wall engineering.
履歴
登録2020年4月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月22日-
マップ公開2020年7月22日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wlb
  • 表面レベル: 0.25
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21820.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map after local refinement and B-factor sharpening (-93).
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.17 / ムービー #1: 0.25
最小 - 最大-1.4841286 - 2.2207265
平均 (標準偏差)-0.00034540455 (±0.045663442)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 367.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z367.200367.200367.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ250250250
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-1.4842.221-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CesA

全体名称: CesA
要素
  • 複合体: CesA
    • タンパク質・ペプチド: Cellulose synthase

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超分子 #1: CesA

超分子名称: CesA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Poplar cellulose synthase containing a nascent cellulose chain
由来(天然)生物種: Populus tremula x Populus tremuloides (植物)
分子量理論値: 110 kDa/nm

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分子 #1: Cellulose synthase

分子名称: Cellulose synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cellulose synthase (UDP-forming)
由来(天然)生物種: Populus tremula x Populus tremuloides (植物)
分子量理論値: 112.483023 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHHHH HHHMMESGAP ICHTCGEQVG HDANGDLFVA CHECNYHICK SCFEYEIKEG RKVCLRCGSP YDENLLDDVE KKGSGNQST MASHLNNSQD VGIHARHISS VSTVDSEMND EYGNPIWKNR VESWKDKRNK KKKSNTKPET EPAQVPPEQQ M ENKPSAEA ...文字列:
MHHHHHHHHH HHHMMESGAP ICHTCGEQVG HDANGDLFVA CHECNYHICK SCFEYEIKEG RKVCLRCGSP YDENLLDDVE KKGSGNQST MASHLNNSQD VGIHARHISS VSTVDSEMND EYGNPIWKNR VESWKDKRNK KKKSNTKPET EPAQVPPEQQ M ENKPSAEA SEPLSIVYPI PRNKLTPYRA VIIMRLIILG LFFHYRITNP VDSAFGLWLT SVICEIWFAF SWVLDQFPKW KP VNRETFI ERLSARYERE GEPSQLAAVD FFVSTVDPLK EPPLITANTV LSILAVDYPV DKVSCYVSDD GAAMLTFESL VET AEFARK WVPFCKKFSI EPRAPEFYFS QKIDYLKDKV QPSFVKERRA MKRDYEEYKV RVNALVAKAQ KTPDEGWTMQ DGTP WPGNN TRDHPGMIQV FLGNTGARDI EGNELPRLVY VSREKRPGYQ HHKKAGAENA LVRVSAVLTN APYILNLDCD HYVNN SKAV REAMCILMDP QVGRDVCYVQ FPQRFDGIDR SDRYANRNIV FFDVNMKGLD GIQGPMYVGT GCVFNRQALY GYGPPS MPR LRKGKESSSC FSCCCPTKKK PAQDPAEVYR DAKREDLNAA IFNLTEIDNY DDYERSMLIS QLSFEKTFGL SPVFIES TL MENGGVPESA NSSTLIKEAI HVIGCGFEEK TEWGKEIGWI YGSVTEDILS GFKMHCRGWR SIYCMPVRPA FKGSAPIN L SDRLHQVLRW ALGSVEIFFS RHCPFWYGYG GGRLKWLQRL AYINTIVYPF TSLPLIAYCT IPAVCLLTGK FIIPTLSNL ASMLFLGLFI SIIVTAVLEL RWSGVSIEDL WRNEQFWVIG GVSAHLFAVF QGFLKMLAGI DTNFTVTAKA ADDTEFGELY MVKWTTLLI PPTTLLIINI VGVVAGFSDA LNKGYEAWGP LFGKVFFAFW VILHLYPFLK GLMGRQNRTP TIVVLWSVLL T SVFSLVWV KINPFVNKVD NTLAGETCIS IDC

UniProtKB: Cellulose synthase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11532 / 平均露光時間: 3.96 sec. / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: -2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.75 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 65665
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6wlb:
Structure of homotrimeric poplar cellulose synthase isoform 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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