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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21189 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | human delta protocadherin 1 full ectodomains on membranes tomogram 2 | |||||||||||||||||||||
マップデータ | human delta protocadherin 1 full ectodomains on membranes tomogram 2 | |||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Brasch J / Harrisson OJ / Noble AJ / Carragher B / Potter CS / Shapiro LS | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: Family-wide Structural and Biophysical Analysis of Binding Interactions among Non-clustered δ-Protocadherins. 著者: Oliver J Harrison / Julia Brasch / Phinikoula S Katsamba / Goran Ahlsen / Alex J Noble / Hanbin Dan / Rosemary V Sampogna / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Barry Honig / Lawrence Shapiro / 要旨: Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the ...Non-clustered δ1- and δ2-protocadherins, close relatives of clustered protocadherins, function in cell adhesion and motility and play essential roles in neural patterning. To understand the molecular interactions underlying these functions, we used solution biophysics to characterize binding of δ1- and δ2-protocadherins, determined crystal structures of ectodomain complexes from each family, and assessed ectodomain assembly in reconstituted intermembrane junctions by cryoelectron tomography (cryo-ET). Homophilic trans (cell-cell) interactions were preferred for all δ-protocadherins, with additional weaker heterophilic interactions observed exclusively within each subfamily. As expected, δ1- and δ2-protocadherin trans dimers formed through antiparallel EC1-EC4 interfaces, like clustered protocadherins. However, no ectodomain-mediated cis (same-cell) interactions were detectable in solution; consistent with this, cryo-ET of reconstituted junctions revealed dense assemblies lacking the characteristic order observed for clustered protocadherins. Our results define non-clustered protocadherin binding properties and their structural basis, providing a foundation for interpreting their functional roles in neural patterning. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21189.map.gz | 1.7 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21189-v30.xml emd-21189.xml | 16 KB 16 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21189.png | 159.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21189 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21189 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6vfpC 6vfqC 6vfrC 6vftC 6vfuC 6vfvC 6vfwC 6vg1C 6vg4C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10368 (タイトル: Human delta protocadherin 1 full ectodomains on membranes, tomogram 2 Data size: 230.3 / Data #1: K2 tilt-series frames [micrographs - multiframe] Data #2: Whole-frame aligned tilt images [micrographs - single frame] Data #3: Appion-Protomo tilt-series alignments [tilt series]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | human delta protocadherin 1 full ectodomains on membranes tomogram 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 7.34344 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : trans dimers of protocadherin 1 extracellular domains formed betw...
全体 | 名称: trans dimers of protocadherin 1 extracellular domains formed between membranes of liposomes |
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要素 |
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-超分子 #1: trans dimers of protocadherin 1 extracellular domains formed betw...
超分子 | 名称: trans dimers of protocadherin 1 extracellular domains formed between membranes of liposomes タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: purified full ectodomains of protocadherin 1 are tethered to Ni-NTA lipid head groups presented on the liposome surface through binding of C-terminal hexa-histidine tags |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: human delta protocadherin 1
超分子 | 名称: human delta protocadherin 1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all 詳細: full ectodomain of human delta protocadherin 1 with a C-terminal hexa histidine tag |
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-超分子 #3: liposome
超分子 | 名称: liposome / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 詳細: liposomes composed of DOPC and DOGS-NTA (8:2 ratio) with 100nm diameter |
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-分子 #1: human protocadherin 1
分子 | 名称: human protocadherin 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: TRVVYKVPEE QPPNTLIGSL AADYGFPDVG HLYKLEVGAP YLRVDGKTGD IFTTETSIDR EGLRECQNQ LPGDPCILEF EVSITDLVQN GSPRLLEGQI EVQDINDNTP NFASPVITLA I PENTNIGS LFPIPLASDR DAGPNGVASY ELQAGPEAQE LFGLQVAEDQ ...文字列: TRVVYKVPEE QPPNTLIGSL AADYGFPDVG HLYKLEVGAP YLRVDGKTGD IFTTETSIDR EGLRECQNQ LPGDPCILEF EVSITDLVQN GSPRLLEGQI EVQDINDNTP NFASPVITLA I PENTNIGS LFPIPLASDR DAGPNGVASY ELQAGPEAQE LFGLQVAEDQ EEKQPQLIVM GN LDRERWD SYDLTIKVQD GGSPPRASSA LLRVTVLDTN DNAPKFERPS YEAELSENSP IGH SVIQVK ANDSDQGANA EIEYTFHQAP EVVRRLLRLD RNTGLITVQG PVDREDLSTL RFSV LAKDR GTNPKSARAQ VVVTVKDMND NAPTIEIRGI GLVTHQDGMA NISEDVAEET AVALV QVSD RDEGENAAVT CVVAGDVPFQ LRQASETGSD SKKKYFLQTT TPLDYEKVKD YTIEIV AVD SGNPPLSSTN SLKVQVVDVN DNAPVFTQSV TEVAFPENNK PGEVIAEITA SDADSGS NA ELVYSLEPEP AAKGLFTISP ETGEIQVKTS LDREQRESYE LKVVAADRGS PSLQGTAT V LVNVLDCNDN DPKFMLSGYN FSVMENMPAL SPVGMVTVID GDKGENAQVQ LSVEQDNGD FVIQNGTGTI LSSLSFDREQ QSTYTFQLKA VDGGVPPRSA YVGVTINVLD ENDNAPYITA PSNTSHKLL TPQTRLGETV SQVAAEDFDS GVNAELIYSI AGGNPYGLFQ IGSHSGAITL E KEIERRHH GLHRLVVKVS DRGKPPRYGT ALVHLYVNET LANRTLLETL LGHSLDTPLD ID IAGDPEY ERSKQRGNHH HHHH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Homemade / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 65 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: 2.5 second blot before plunging. | |||||||||||||||
詳細 | aggregated liposomes were deposited onto EM grids. | |||||||||||||||
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | 球面収差補正装置: Cs corrector (CEOS GmbH) / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 49 / 平均露光時間: 1.2 sec. / 平均電子線量: 2.84 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / ソフトウェア - 詳細: part of Appion-protomo 2.4.1 / 使用した粒子像数: 40 |
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