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- EMDB-19781: Cryo-ET of a mitotic centrosome in an embryonic C. elegans cell -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19781
タイトルCryo-ET of a mitotic centrosome in an embryonic C. elegans cell
マップデータRepresentative C. elegans centrosome tomogram
試料
  • 細胞: Dissociated C. elegans embryonic cells
キーワードcryo-ET / cryo-FIB / C. elegans / mitosis / centrosome / centriole / microtubules / CELL CYCLE
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Tollervey F / Rios MU / Zagoriy I / Woodruff JB / Mahamid J
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)760067European Union
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024
タイトル: Native molecular architectures of centrosomes in embryos.
著者: Fergus Tollervey / Manolo U Rios / Evgenia Zagoriy / Jeffrey B Woodruff / Julia Mahamid /
要旨: Centrosomes organize microtubules that are essential for mitotic divisions in animal cells. They consist of centrioles surrounded by Pericentriolar Material (PCM). Questions related to mechanisms of ...Centrosomes organize microtubules that are essential for mitotic divisions in animal cells. They consist of centrioles surrounded by Pericentriolar Material (PCM). Questions related to mechanisms of centriole assembly, PCM organization, and microtubule formation remain unanswered, in part due to limited availability of molecular-resolution structural analyses . Here, we use cryo-electron tomography to visualize centrosomes across the cell cycle in cells isolated from embryos. We describe a pseudo-timeline of centriole assembly and identify distinct structural features including a cartwheel in daughter centrioles, and incomplete microtubule doublets surrounded by a star-shaped density in mother centrioles. We find that centriole and PCM microtubules differ in protofilament number (13 versus 11) indicating distinct nucleation mechanisms. This difference could be explained by atypical γ-tubulin ring complexes with 11-fold symmetry identified at the minus ends of short PCM microtubules. We further characterize a porous and disordered network that forms the interconnected PCM. Thus, our work builds a three-dimensional structural atlas that helps explain how centrosomes assemble, grow, and achieve function.
履歴
登録2024年3月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19781.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19781.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Representative C. elegans centrosome tomogram
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.48 Å/pix.
x 500 pix.
= 6740.4 Å		13.48 Å/pix.
x 928 pix.
= 12510.182 Å		13.48 Å/pix.
x 960 pix.
= 12941.567 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.4808 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.84275424 - 0.7648583
平均 (標準偏差)-0.000005652757 (±0.04591443)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ928960500
Spacing960928500
セルA: 12941.567 Å / B: 12510.182 Å / C: 6740.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Binary segmentation of centrioles

ファイルemd_19781_additional_1.map
注釈Binary segmentation of centrioles
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Binary segmentation of microtubules

ファイルemd_19781_additional_2.map
注釈Binary segmentation of microtubules
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Binary segmentation of ribosomes

ファイルemd_19781_additional_3.map
注釈Binary segmentation of ribosomes
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Binary segmentation of ribosomes

ファイルemd_19781_additional_4.map
注釈Binary segmentation of ribosomes
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dissociated C. elegans embryonic cells

全体名称: Dissociated C. elegans embryonic cells
要素
  • 細胞: Dissociated C. elegans embryonic cells

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超分子 #1: Dissociated C. elegans embryonic cells

超分子名称: Dissociated C. elegans embryonic cells / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 組織: Embryo

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.037 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.5 / 集束イオンビーム - 時間: 600 / 集束イオンビーム - 温度: 95 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is FEI Aquilos cryo-FIB. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 120.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.7) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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