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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18842 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXPS) from Plasmodium falciparum | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase / thiamin di-phosphate complex / transketolase / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / chlorophyll biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / chloroplast / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å | |||||||||
データ登録者 | Gawriljuk VO / Godoy AS / Oerlemans R / Groves MR | |||||||||
資金援助 | European Union, 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXPS) from Plasmodium falciparum 著者: Gawriljuk VO / Godoy AS / Oerlemans R / Groves MR | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18842.map.gz | 202.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18842-v30.xml emd-18842.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18842_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18842.png | 81.2 KB | ||
マスクデータ | emd_18842_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18842.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_18842_additional_1.map.gz emd_18842_half_map_1.map.gz emd_18842_half_map_2.map.gz | 121.7 MB 226.5 MB 226.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18842 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18842 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18842_validation.pdf.gz | 930.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18842_full_validation.pdf.gz | 929.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18842_validation.xml.gz | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18842_validation.cif.gz | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18842 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18842 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r2hMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18842.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.74 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18842_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_18842_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18842_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18842_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Dimer of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase with Thiamin dip...
全体 | 名称: Dimer of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase with Thiamin diphosphate bound. |
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要素 |
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-超分子 #1: Dimer of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase with Thiamin dip...
超分子 | 名称: Dimer of 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase with Thiamin diphosphate bound. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
-分子 #1: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
分子 | 名称: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) |
分子量 | 理論値: 105.953609 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MYDIGKYFKQ INTFINIDEY KTIYGDEIYK EIYELYVERN IPEYYERKYF SEDIKKSVLF DIDKYNDVE FEKAIKEEFI NNGVYINNID NTYYKKENIL IMKKILHYFP LLKLINNPSD LKKLKKQYLP LLAHELKIFL F FIVNITGG ...文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MYDIGKYFKQ INTFINIDEY KTIYGDEIYK EIYELYVERN IPEYYERKYF SEDIKKSVLF DIDKYNDVE FEKAIKEEFI NNGVYINNID NTYYKKENIL IMKKILHYFP LLKLINNPSD LKKLKKQYLP LLAHELKIFL F FIVNITGG HFSSVLSSLE IQLLLLYIFN QPYDNVIYDI GHQAYVHKIL TGRKLLFLSL RNKKGISGFL NIFESIYDKF GA GHSSTSL SAIQGYYEAE WQVKNKEKYG NGDIEISDNA NVTNNERIFQ KGIHNDNNIN NNINNNNYIN PSDVVGRENT NVP NVRNDN HNVDKVHIAI IGDGGLTGGM ALEALNYISF LNSKILIIYN DNGQVSLPTN AVSISGNRPI GSISDHLHYF VSNI EANAG DNKLSKNAKE NNIFENLNYD YIGVVNGNNT EELFKVLNNI KENKLKRATV LHVRTKKSND FINSKSPISI LHSIK KNEI FPFDTTILNG NIHKENKIEE EKNVSSSTKY DVNNKNNKNN DNSEIIKYED MFSKETFTDI YTNEMLKYLK KDRNII FLS PAMLGGSGLV KISERYPNNV YDVGIAEQHS VTFAAAMAMN KKLKIQLCIY STFLQRAYDQ IIHDLNLQNI PLKVIIG RS GLVGEDGATH QGIYDLSYLG TLNNAYIISP SNQVDLKRAL RFAYLDKDHS VYIRIPRMNI LSDKYMKGYL NIHMKNES K NIDVNVDIND DVDKYSEEYM DDDNFIKSFI GKSRIIKMDN ENNNTNEHYS SRGDTQTKKK KVCIFNMGSM LFNVINAIK EIEKEQYISH NYSFSIVDMI FLNPLDKNMI DHVIKQNKHQ YLITYEDNTI GGFSTHFNNY LIENNYITKH NLYVHNIYLS NEPIEHASF KDQQEVVKMD KCSLVNRIKN YLKNNPT UniProtKB: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #3: THIAMINE DIPHOSPHATE
分子 | 名称: THIAMINE DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: TPP |
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分子量 | 理論値: 425.314 Da |
Chemical component information | ChemComp-TPP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 44.47 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |