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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18239 | |||||||||
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タイトル | Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 and TSSC4 (Map 6) | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | U5 snRNP / CD2BP2 / TSSC4 / spliceosome / splicing | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Riabov Bassat D / Plaschka C / Vorlaender MK | |||||||||
資金援助 | European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Structural basis of human U5 snRNP late biogenesis and recycling. 著者: Daria Riabov Bassat / Supapat Visanpattanasin / Matthias K Vorländer / Laura Fin / Alexander W Phillips / Clemens Plaschka / 要旨: Pre-mRNA splicing by the spliceosome requires the biogenesis and recycling of its small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) complexes, which are consumed in each round of splicing. The human U5 snRNP ...Pre-mRNA splicing by the spliceosome requires the biogenesis and recycling of its small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) complexes, which are consumed in each round of splicing. The human U5 snRNP is the ~1 MDa 'heart' of the spliceosome and is recycled through an unknown mechanism involving major architectural rearrangements and the dedicated chaperones CD2BP2 and TSSC4. Late steps in U5 snRNP biogenesis similarly involve these chaperones. Here we report cryo-electron microscopy structures of four human U5 snRNP-CD2BP2-TSSC4 complexes, revealing how a series of molecular events primes the U5 snRNP to generate the ~2 MDa U4/U6.U5 tri-snRNP, the largest building block of the spliceosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18239.map.gz | 168.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18239-v30.xml emd-18239.xml | 16.6 KB 16.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18239_fsc.xml | 11.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18239.png | 49.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18239.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_18239_additional_1.map.gz emd_18239_half_map_1.map.gz emd_18239_half_map_2.map.gz | 90.2 MB 164.9 MB 164.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18239 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18239 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18239_validation.pdf.gz | 952.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18239_full_validation.pdf.gz | 952.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18239_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18239_validation.cif.gz | 26.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18239 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18239 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18239.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.24 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_18239_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_18239_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_18239_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 and...
全体 | 名称: Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 and TSSC4 (Map 6) |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 and...
超分子 | 名称: Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperone CD2BP2 and TSSC4 (Map 6) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 1 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |