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- EMDB-18229: Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 an... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18229
タイトルStructure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State 2, Map 2)
マップデータSharpened map
試料
  • 複合体: Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State , Map 2)
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
  • リガンド: x 2種
キーワードU5 snRNP / CD2BP2 / TSSC4 / spliceosome / splicing
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA localization / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) ...RNA localization / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / 7-methylguanosine cap hypermethylation / RNA splicing, via transesterification reactions / U1 snRNP binding / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / methylosome / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / P granule / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type precatalytic spliceosome / telomerase holoenzyme complex / U2-type spliceosomal complex / telomerase RNA binding / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / RNA Polymerase II Transcription Termination / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / molecular sequestering activity / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / RNA processing / ribonucleoprotein complex binding / Cajal body / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / response to cocaine / spliceosomal complex / helicase activity / mRNA splicing, via spliceosome / fibrillar center / cellular response to xenobiotic stimulus / mRNA processing / osteoblast differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / snRNP Assembly / protein-macromolecule adaptor activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / RNA helicase activity / nuclear speck / nuclear body / cilium / ciliary basal body / RNA helicase / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / centrosome / GTP binding / protein-containing complex binding / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour suppressing sub-chromosomal transferable candidate 4 / Tumour suppressing sub-chromosomal transferable candidate 4 / CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2/Lin1 / GYF domain / GYF-like domain superfamily / GYF domain / GYF domain profile. / Contains conserved Gly-Tyr-Phe residues / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal ...Tumour suppressing sub-chromosomal transferable candidate 4 / Tumour suppressing sub-chromosomal transferable candidate 4 / CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2/Lin1 / GYF domain / GYF-like domain superfamily / GYF domain / GYF domain profile. / Contains conserved Gly-Tyr-Phe residues / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / : / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / Winged Helix-turn-helix domain / Sec63 Brl domain / Tetratricopeptide repeat / : / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / Snu114, GTP-binding domain / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Tetratricopeptide repeat / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / : / Sm domain profile. / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / LSM domain superfamily / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like / PROCT domain / Prp8 RNase domain IV, fingers region / PROCT (NUC072) domain / PRO8NT domain / PROCN domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / PRO8NT (NUC069), PrP8 N-terminal domain / PROCN (NUC071) domain / U6-snRNA interacting domain of PrP8 / U5-snRNA binding site 2 of PrP8 / RNA recognition motif of the spliceosomal PrP8 / PRP8 domain IV core / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / JAB/MPN domain / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / Elongation factor Tu domain 2 / MPN domain / MPN domain profile. / Tetratricopeptide repeats / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / C2 domain superfamily / Tetratricopeptide repeat / Helicase conserved C-terminal domain / Small GTP-binding protein domain / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / WD domain, G-beta repeat / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup
類似検索 - ドメイン・相同性
U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing factor 6 / CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 ...U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing factor 6 / CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / U5 small nuclear ribonucleoprotein TSSC4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Riabov Bassat D / Plaschka C / Vorlaender MK
資金援助European Union, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)ERC- 2020-STG 949081European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission101028744European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Structural basis of human U5 snRNP late biogenesis and recycling.
著者: Daria Riabov Bassat / Supapat Visanpattanasin / Matthias K Vorländer / Laura Fin / Alexander W Phillips / Clemens Plaschka /
要旨: Pre-mRNA splicing by the spliceosome requires the biogenesis and recycling of its small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) complexes, which are consumed in each round of splicing. The human U5 snRNP ...Pre-mRNA splicing by the spliceosome requires the biogenesis and recycling of its small nuclear ribonucleoprotein (snRNP) complexes, which are consumed in each round of splicing. The human U5 snRNP is the ~1 MDa 'heart' of the spliceosome and is recycled through an unknown mechanism involving major architectural rearrangements and the dedicated chaperones CD2BP2 and TSSC4. Late steps in U5 snRNP biogenesis similarly involve these chaperones. Here we report cryo-electron microscopy structures of four human U5 snRNP-CD2BP2-TSSC4 complexes, revealing how a series of molecular events primes the U5 snRNP to generate the ~2 MDa U4/U6.U5 tri-snRNP, the largest building block of the spliceosome.
履歴
登録2023年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月17日-
マップ公開2024年4月17日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18229.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2408 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.8164386 - 1.9644549
平均 (標準偏差)0.002519824 (±0.04367764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 446.68802 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 an...

全体名称: Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State , Map 2)
要素
  • 複合体: Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State , Map 2)
    • RNA: U5 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
    • タンパク質・ペプチド: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
    • タンパク質・ペプチド: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 6
    • タンパク質・ペプチド: CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Protein TSSC4
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 an...

超分子名称: Structure of the recycling U5 snRNP bound to chaperones CD2BP2 and TSSC4 (State , Map 2)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1 MDa

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分子 #1: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.254855 KDa
配列文字列:
AUACUCUGGU UUCUCUUCAG AUCGCAUAAA UCUUUCGCCU UUUACUAAAG AUUUCCGUGG AGAGGAACAA CUCUGAGUCU UAACCCAAU UUUUUGAGGC CUUGCUUUGG CAAGGCUA

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分子 #2: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

分子名称: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 273.97425 KDa
配列文字列: MAGVFPYRGP GNPVPGPLAP LPDYMSEEKL QEKARKWQQL QAKRYAEKRK FGFVDAQKED MPPEHVRKII RDHGDMTNRK FRHDKRVYL GALKYMPHAV LKLLENMPMP WEQIRDVPVL YHITGAISFV NEIPWVIEPV YISQWGSMWI MMRREKRDRR H FKRMRFPP ...文字列:
MAGVFPYRGP GNPVPGPLAP LPDYMSEEKL QEKARKWQQL QAKRYAEKRK FGFVDAQKED MPPEHVRKII RDHGDMTNRK FRHDKRVYL GALKYMPHAV LKLLENMPMP WEQIRDVPVL YHITGAISFV NEIPWVIEPV YISQWGSMWI MMRREKRDRR H FKRMRFPP FDDEEPPLDY ADNILDVEPL EAIQLELDPE EDAPVLDWFY DHQPLRDSRK YVNGSTYQRW QFTLPMMSTL YR LANQLLT DLVDDNYFYL FDLKAFFTSK ALNMAIPGGP KFEPLVRDIN LQDEDWNEFN DINKIIIRQP IRTEYKIAFP YLY NNLPHH VHLTWYHTPN VVFIKTEDPD LPAFYFDPLI NPISHRHSVK SQEPLPDDDE EFELPEFVEP FLKDTPLYTD NTAN GIALL WAPRPFNLRS GRTRRALDIP LVKNWYREHC PAGQPVKVRV SYQKLLKYYV LNALKHRPPK AQKKRYLFRS FKATK FFQS TKLDWVEVGL QVCRQGYNML NLLIHRKNLN YLHLDYNFNL KPVKTLTTKE RKKSRFGNAF HLCREVLRLT KLVVDS HVQ YRLGNVDAFQ LADGLQYIFA HVGQLTGMYR YKYKLMRQIR MCKDLKHLIY YRFNTGPVGK GPGCGFWAAG WRVWLFF MR GITPLLERWL GNLLARQFEG RHSKGVAKTV TKQRVESHFD LELRAAVMHD ILDMMPEGIK QNKARTILQH LSEAWRCW K ANIPWKVPGL PTPIENMILR YVKAKADWWT NTAHYNRERI RRGATVDKTV CKKNLGRLTR LYLKAEQERQ HNYLKDGPY ITAEEAVAVY TTTVHWLESR RFSPIPFPPL SYKHDTKLLI LALERLKEAY SVKSRLNQSQ REELGLIEQA YDNPHEALSR IKRHLLTQR AFKEVGIEFM DLYSHLVPVY DVEPLEKITD AYLDQYLWYE ADKRRLFPPW IKPADTEPPP LLVYKWCQGI N NLQDVWET SEGECNVMLE SRFEKMYEKI DLTLLNRLLR LIVDHNIADY MTAKNNVVIN YKDMNHTNSY GIIRGLQFAS FI VQYYGLV MDLLVLGLHR ASEMAGPPQM PNDFLSFQDI ATEAAHPIRL FCRYIDRIHI FFRFTADEAR DLIQRYLTEH PDP NNENIV GYNNKKCWPR DARMRLMKHD VNLGRAVFWD IKNRLPRSVT TVQWENSFVS VYSKDNPNLL FNMCGFECRI LPKC RTSYE EFTHKDGVWN LQNEVTKERT AQCFLRVDDE SMQRFHNRVR QILMASGSTT FTKIVNKWNT ALIGLMTYFR EAVVN TQEL LDLLVKCENK IQTRIKIGLN SKMPSRFPPV VFYTPKELGG LGMLSMGHVL IPQSDLRWSK QTDVGITHFR SGMSHE EDQ LIPNLYRYIQ PWESEFIDSQ RVWAEYALKR QEAIAQNRRL TLEDLEDSWD RGIPRINTLF QKDRHTLAYD KGWRVRT DF KQYQVLKQNP FWWTHQRHDG KLWNLNNYRT DMIQALGGVE GILEHTLFKG TYFPTWEGLF WEKASGFEES MKWKKLTN A QRSGLNQIPN RRFTLWWSPT INRANVYVGF QVQLDLTGIF MHGKIPTLKI SLIQIFRAHL WQKIHESIVM DLCQVFDQE LDALEIETVQ KETIHPRKSY KMNSSCADIL LFASYKWNVS RPSLLADSKD VMDSTTTQKY WIDIQLRWGD YDSHDIERYA RAKFLDYTT DNMSIYPSPT GVLIAIDLAY NLHSAYGNWF PGSKPLIQQA MAKIMKANPA LYVLRERIRK GLQLYSSEPT E PYLSSQNY GELFSNQIIW FVDDTNVYRV TIHKTFEGNL TTKPINGAIF IFNPRTGQLF LKIIHTSVWA GQKRLGQLAK WK TAEEVAA LIRSLPVEEQ PKQIIVTRKG MLDPLEVHLL DFPNIVIKGS ELQLPFQACL KVEKFGDLIL KATEPQMVLF NLY DDWLKT ISSYTAFSRL ILILRALHVN NDRAKVILKP DKTTITEPHH IWPTLTDEEW IKVEVQLKDL ILADYGKKNN VNVA SLTQS EIRDIILGME ISAPSQQRQQ IAEIEKQTKE QSQLTATQTR TVNKHGDEII TSTTSNYETQ TFSSKTEWRV RAISA ANLH LRTNHIYVSS DDIKETGYTY ILPKNVLKKF ICISDLRAQI AGYLYGVSPP DNPQVKEIRC IVMVPQWGTH QTVHLP GQL PQHEYLKEME PLGWIHTQPN ESPQLSPQDV TTHAKIMADN PSWDGEKTII ITCSFTPGSC TLTAYKLTPS GYEWGRQ NT DKGNNPKGYL PSHYERVQML LSDRFLGFFM VPAQSSWNYN FMGVRHDPNM KYELQLANPK EFYHEVHRPS HFLNFALL Q EGEVYSADRE DLYA

UniProtKB: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

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分子 #3: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

分子名称: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 244.823422 KDa
配列文字列: MADVTARSLQ YEYKANSNLV LQADRSLIDR TRRDEPTGEV LSLVGKLEGT RMGDKAQRTK PQMQEERRAK RRKRDEDRHD INKMKGYTL LSEGIDEMVG IIYKPKTKET RETYEVLLSF IQAALGDQPR DILCGAADEV LAVLKNEKLR DKERRKEIDL L LGQTDDTR ...文字列:
MADVTARSLQ YEYKANSNLV LQADRSLIDR TRRDEPTGEV LSLVGKLEGT RMGDKAQRTK PQMQEERRAK RRKRDEDRHD INKMKGYTL LSEGIDEMVG IIYKPKTKET RETYEVLLSF IQAALGDQPR DILCGAADEV LAVLKNEKLR DKERRKEIDL L LGQTDDTR YHVLVNLGKK ITDYGGDKEI QNMDDNIDET YGVNVQFESD EEEGDEDVYG EVREEASDDD MEGDEAVVRC TL SANLVAS GELMSSKKKD LHPRDIDAFW LQRQLSRFYD DAIVSQKKAD EVLEILKTAS DDRECENQLV LLLGFNTFDF IKV LRQHRM MILYCTLLAS AQSEAEKERI MGKMEADPEL SKFLYQLHET EKEDLIREER SRRERVRQSR MDTDLETMDL DQGG EALAP RQVLDLEDLV FTQGSHFMAN KRCQLPDGSF RRQRKGYEEV HVPALKPKPF GSEEQLLPVE KLPKYAQAGF EGFKT LNRI QSKLYRAALE TDENLLLCAP TGAGKTNVAL MCMLREIGKH INMDGTINVD DFKIIYIAPM RSLVQEMVGS FGKRLA TYG ITVAELTGDH QLCKEEISAT QIIVCTPEKW DIITRKGGER TYTQLVRLII LDEIHLLHDD RGPVLEALVA RAIRNIE MT QEDVRLIGLS ATLPNYEDVA TFLRVDPAKG LFYFDNSFRP VPLEQTYVGI TEKKAIKRFQ IMNEIVYEKI MEHAGKNQ V LVFVHSRKET GKTARAIRDM CLEKDTLGLF LREGSASTEV LRTEAEQCKN LELKDLLPYG FAIHHAGMTR VDRTLVEDL FADKHIQVLV STATLAWGVN LPAHTVIIKG TQVYSPEKGR WTELGALDIL QMLGRAGRPQ YDTKGEGILI TSHGELQYYL SLLNQQLPI ESQMVSKLPD MLNAEIVLGN VQNAKDAVNW LGYAYLYIRM LRSPTLYGIS HDDLKGDPLL DQRRLDLVHT A ALMLDKNN LVKYDKKTGN FQVTELGRIA SHYYITNDTV QTYNQLLKPT LSEIELFRVF SLSSEFKNIT VREEEKLELQ KL LERVPIP VKESIEEPSA KINVLLQAFI SQLKLEGFAL MADMVYVTQS AGRLMRAIFE IVLNRGWAQL TDKTLNLCKM IDK RMWQSM CPLRQFRKLP EEVVKKIEKK NFPFERLYDL NHNEIGELIR MPKMGKTIHK YVHLFPKLEL SVHLQPITRS TLKV ELTIT PDFQWDEKVH GSSEAFWILV EDVDSEVILH HEYFLLKAKY AQDEHLITFF VPVFEPLPPQ YFIRVVSDRW LSCET QLPV SFRHLILPEK YPPPTELLDL QPLPVSALRN SAFESLYQDK FPFFNPIQTQ VFNTVYNSDD NVFVGAPTGS GKTICA EFA ILRMLLQSSE GRCVYITPME ALAEQVYMDW YEKFQDRLNK KVVLLTGETS TDLKLLGKGN IIISTPEKWD ILSRRWK QR KNVQNINLFV VDEVHLIGGE NGPVLEVICS RMRYISSQIE RPIRIVALSS SLSNAKDVAH WLGCSATSTF NFHPNVRP V PLELHIQGFN ISHTQTRLLS MAKPVYHAIT KHSPKKPVIV FVPSRKQTRL TAIDILTTCA ADIQRQRFLH CTEKDLIPY LEKLSDSTLK ETLLNGVGYL HEGLSPMERR LVEQLFSSGA IQVVVASRSL CWGMNVAAHL VIIMDTQYYN GKIHAYVDYP IYDVLQMVG HANRPLQDDE GRCVIMCQGS KKDFFKKFLY EPLPVESHLD HCMHDHFNAE IVTKTIENKQ DAVDYLTWTF L YRRMTQNP NYYNLQGISH RHLSDHLSEL VEQTLSDLEQ SKCISIEDEM DVAPLNLGMI AAYYYINYTT IELFSMSLNA KT KVRGLIE IISNAAEYEN IPIRHHEDNL LRQLAQKVPH KLNNPKFNDP HVKTNLLLQA HLSRMQLSAE LQSDTEEILS KAI RLIQAC VDVLSSNGWL SPALAAMELA QMVTQAMWSK DSYLKQLPHF TSEHIKRCTD KGVESVFDIM EMEDEERNAL LQLT DSQIA DVARFCNRYP NIELSYEVVD KDSIRSGGPV VVLVQLEREE EVTGPVIAPL FPQKREEGWW VVIGDAKSNS LISIK RLTL QQKAKVKLDF VAPATGAHNY TLYFMSDAYM GCDQEYKFSV DVKEAETDSD SD

UniProtKB: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

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分子 #4: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 109.560625 KDa
配列文字列: MDTDLYDEFG NYIGPELDSD EDDDELGRET KDLDEMDDDD DDDDVGDHDD DHPGMEVVLH EDKKYYPTAE EVYGPEVETI VQEEDTQPL TEPIIKPVKT KKFTLMEQTL PVTVYEMDFL ADLMDNSELI RNVTLCGHLH HGKTCFVDCL IEQTHPEIRK R YDQDLCYT ...文字列:
MDTDLYDEFG NYIGPELDSD EDDDELGRET KDLDEMDDDD DDDDVGDHDD DHPGMEVVLH EDKKYYPTAE EVYGPEVETI VQEEDTQPL TEPIIKPVKT KKFTLMEQTL PVTVYEMDFL ADLMDNSELI RNVTLCGHLH HGKTCFVDCL IEQTHPEIRK R YDQDLCYT DILFTEQERG VGIKSTPVTV VLPDTKGKSY LFNIMDTPGH VNFSDEVTAG LRISDGVVLF IDAAEGVMLN TE RLIKHAV QERLAVTVCI NKIDRLILEL KLPPTDAYYK LRHIVDEVNG LISMYSTDEN LILSPLLGNV CFSSSQYSIC FTL GSFAKI YADTFGDINY QEFAKRLWGD IYFNPKTRKF TKKAPTSSSQ RSFVEFILEP LYKILAQVVG DVDTSLPRTL DELG IHLTK EELKLNIRPL LRLVCKKFFG EFTGFVDMCV QHIPSPKVGA KPKIEHTYTG GVDSDLGEAM SDCDPDGPLM CHTTK MYST DDGVQFHAFG RVLSGTIHAG QPVKVLGENY TLEDEEDSQI CTVGRLWISV ARYHIEVNRV PAGNWVLIEG VDQPIV KTA TITEPRGNEE AQIFRPLKFN TTSVIKIAVE PVNPSELPKM LDGLRKVNKS YPSLTTKVEE SGEHVILGTG ELYLDCV MH DLRKMYSEID IKVADPVVTF CETVVETSSL KCFAETPNKK NKITMIAEPL EKGLAEDIEN EVVQITWNRK KLGEFFQT K YDWDLLAARS IWAFGPDATG PNILVDDTLP SEVDKALLGS VKDSIVQGFQ WGTREGPLCD ELIRNVKFKI LDAVVAQEP LHRGGGQIIP TARRVVYSAF LMATPRLMEP YYFVEVQAPA DCVSAVYTVL ARRRGHVTQD APIPGSPLYT IKAFIPAIDS FGFETDLRT HTQGQAFSLS VFHHWQIVPG DPLDKSIVIR PLEPQPAPHL AREFMIKTRR RKGLSEDVSI SKFFDDPMLL E LAKQDVVL NYPM

UniProtKB: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component

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分子 #5: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein

分子名称: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.359492 KDa
配列文字列: MIEQQKRKGP ELPLVPVKRQ RHELLLGAGS GPGAGQQQAT PGALLQAGPP RCSSLQAPIM LLSGHEGEVY CCKFHPNGST LASAGFDRL ILLWNVYGDC DNYATLKGHS GAVMELHYNT DGSMLFSAST DKTVAVWDSE TGERVKRLKG HTSFVNSCYP A RRGPQLVC ...文字列:
MIEQQKRKGP ELPLVPVKRQ RHELLLGAGS GPGAGQQQAT PGALLQAGPP RCSSLQAPIM LLSGHEGEVY CCKFHPNGST LASAGFDRL ILLWNVYGDC DNYATLKGHS GAVMELHYNT DGSMLFSAST DKTVAVWDSE TGERVKRLKG HTSFVNSCYP A RRGPQLVC TGSDDGTVKL WDIRKKAAIQ TFQNTYQVLA VTFNDTSDQI ISGGIDNDIK VWDLRQNKLT YTMRGHADSV TG LSLSSEG SYLLSNAMDN TVRVWDVRPF APKERCVKIF QGNVHNFEKN LLRCSWSPDG SKIAAGSADR FVYVWDTTSR RIL YKLPGH AGSINEVAFH PDEPIIISAS SDKRLYMGEI Q

UniProtKB: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein

+
分子 #6: Pre-mRNA-processing factor 6

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 107.092242 KDa
配列文字列: MNKKKKPFLG MPAPLGYVPG LGRGATGFTT RSDIGPARDA NDPVDDRHAP PGKRTVGDQM KKNQAADDDD EDLNDTNYDE FNGYAGSLF SSGPYEKDDE EADAIYAALD KRMDERRKER REQREKEEIE KYRMERPKIQ QQFSDLKRKL AEVTEEEWLS I PEVGDARN ...文字列:
MNKKKKPFLG MPAPLGYVPG LGRGATGFTT RSDIGPARDA NDPVDDRHAP PGKRTVGDQM KKNQAADDDD EDLNDTNYDE FNGYAGSLF SSGPYEKDDE EADAIYAALD KRMDERRKER REQREKEEIE KYRMERPKIQ QQFSDLKRKL AEVTEEEWLS I PEVGDARN KRQRNPRYEK LTPVPDSFFA KHLQTGENHT SVDPRQTQFG GLNTPYPGGL NTPYPGGMTP GLMTPGTGEL DM RKIGQAR NTLMDMRLSQ VSDSVSGQTV VDPKGYLTDL NSMIPTHGGD INDIKKARLL LKSVRETNPH HPPAWIASAR LEE VTGKLQ VARNLIMKGT EMCPKSEDVW LEAARLQPGD TAKAVVAQAV RHLPQSVRIY IRAAELETDI RAKKRVLRKA LEHV PNSVR LWKAAVELEE PEDARIMLSR AVECCPTSVE LWLALARLET YENARKVLNK ARENIPTDRH IWITAAKLEE ANGNT QMVE KIIDRAITSL RANGVEINRE QWIQDAEECD RAGSVATCQA VMRAVIGIGI EEEDRKHTWM EDADSCVAHN ALECAR AIY AYALQVFPSK KSVWLRAAYF EKNHGTRESL EALLQRAVAH CPKAEVLWLM GAKSKWLAGD VPAARSILAL AFQANPN SE EIWLAAVKLE SENDEYERAR RLLAKARSSA PTARVFMKSV KLEWVQDNIR AAQDLCEEAL RHYEDFPKLW MMKGQIEE Q KEMMEKAREA YNQGLKKCPH STPLWLLLSR LEEKIGQLTR ARAILEKSRL KNPKNPGLWL ESVRLEYRAG LKNIANTLM AKALQECPNS GILWSEAIFL EARPQRRTKS VDALKKCEHD PHVLLAVAKL FWSQRKITKA REWFHRTVKI DSDLGDAWAF FYKFELQHG TEEQQEEVRK RCESAEPRHG ELWCAVSKDI ANWQKKIGDI LRLVAGRIKN TF

UniProtKB: Pre-mRNA-processing factor 6

+
分子 #7: CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2

分子名称: CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: the N-terminal GP comes from a cleaved 3C tag / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.841523 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: GPMPKRKVTF QGVGDEEDED EIIVPKKKLV DPVAGSGGPG SRFKGKHSLD SDEEEDDDDG GSSKYDILAS EDVEGQEAAT LPSEGGVRI TPFNLQEEME EGHFDADGNY FLNRDAQIRD SWLDNIDWVK IRERPPGQRQ ASDSEEEDSL GQTSMSAQAL L EGLLELLL ...文字列:
GPMPKRKVTF QGVGDEEDED EIIVPKKKLV DPVAGSGGPG SRFKGKHSLD SDEEEDDDDG GSSKYDILAS EDVEGQEAAT LPSEGGVRI TPFNLQEEME EGHFDADGNY FLNRDAQIRD SWLDNIDWVK IRERPPGQRQ ASDSEEEDSL GQTSMSAQAL L EGLLELLL PRETVAGALR RLGARGGGKG RKGPGQPSSP QRLDRLSGLA DQMVARGNLG VYQETRERLA MRLKGLGCQT LG PHNPTPP PSLDMFAEEL AEEELETPTP TQRGEAESRG DGLVDVMWEY KWENTGDAEL YGPFTSAQMQ TWVSEGYFPD GVY CRKLDP PGGQFYNSKR IDFDLYT

UniProtKB: CD2 antigen cytoplasmic tail-binding protein 2

+
分子 #8: Protein TSSC4

分子名称: Protein TSSC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 34.366465 KDa
配列文字列: MAEAGTGEPS PSVEGEHGTE YDTLPSDTVS LSDSDSDLSL PGGAEVEALS PMGLPGEEDS GPDEPPSPPS GLLPATVQPF HLRGMSSTF SQRSRDIFDC LEGAARRAPS SVAHTSMSDN GGFKRPLAPS GRSPVEGLGR AHRSPASPRV PPVPDYVAHP E RWTKYSLE ...文字列:
MAEAGTGEPS PSVEGEHGTE YDTLPSDTVS LSDSDSDLSL PGGAEVEALS PMGLPGEEDS GPDEPPSPPS GLLPATVQPF HLRGMSSTF SQRSRDIFDC LEGAARRAPS SVAHTSMSDN GGFKRPLAPS GRSPVEGLGR AHRSPASPRV PPVPDYVAHP E RWTKYSLE DVTEVSEQSN QATALAFLGS QSLAAPTDCV SSFNQDPSSC GEGRVIFTKP VRGVEARHER KRVLGKVGEP GR GGLGNPA TDRGEGPVEL AHLAGPGSPE AEEWGSHHGG LQEVEALSGS VHSGSVPGLP PVETVGFHGS RKRSRDHFRN KSS SPEDPG AEV

UniProtKB: U5 small nuclear ribonucleoprotein TSSC4

+
分子 #9: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.310653 KDa
配列文字列:
MKLVRFLMKL SHETVTIELK NGTQVHGTIT GVDVSMNTHL KAVKMTLKNR EPVQLETLSI RGNNIRYFIL PDSLPLDTLL VDVEPKVKS KKREAVAGRG RGRGRGRGRG RGRGRGGPRR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

+
分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.642131 KDa
配列文字列: MTVGKSSKML QHIDYRMRCI LQDGRIFIGT FKAFDKHMNL ILCDCDEFRK IKPKNSKQAE REEKRVLGLV LLRGENLVSM TVEGPPPKD TGIARVPLAG AAGGPGIGRA AGRGIPAGVP MPQAPAGLAG PVRGVGGPSQ QVMTPQGRGT VAAAAAAATA S IAGAPTQY ...文字列:
MTVGKSSKML QHIDYRMRCI LQDGRIFIGT FKAFDKHMNL ILCDCDEFRK IKPKNSKQAE REEKRVLGLV LLRGENLVSM TVEGPPPKD TGIARVPLAG AAGGPGIGRA AGRGIPAGVP MPQAPAGLAG PVRGVGGPSQ QVMTPQGRGT VAAAAAAATA S IAGAPTQY PPGRGGPPPP MGRGAPPPGM MGPPPGMRPP MGPPMGIPPG RGTPMGMPPP GMRPPPPGMR GPPPPGMRPP RP

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'

+
分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.551928 KDa
配列文字列:
MSLLNKPKSE MTPEELQKRE EEEFNTGPLS VLTQSVKNNT QVLINCRNNK KLLGRVKAFD RHCNMVLENV KEMWTEVPKS GKGKKKSKP VNKDRYISKM FLRGDSVIVV LRNPLIAGK

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

+
分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.940308 KDa
配列文字列:
MSIGVPIKVL HEAEGHIVTC ETNTGEVYRG KLIEAEDNMN CQMSNITVTY RDGRVAQLEQ VYIRGSKIRF LILPDMLKNA PMLKSMKNK NQGSGAGRGK AAILKAQVAA RGRGRGMGRG NIFQKRR

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

+
分子 #13: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.817601 KDa
配列文字列:
MAYRGQGQKV QKVMVQPINL IFRYLQNRSR IQVWLYEQVN MRIEGCIIGF DEYMNLVLDD AEEIHSKTKS RKQLGRIMLK GDNITLLQS VSN

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein E

+
分子 #14: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 9.734171 KDa
配列文字列:
MSLPLNPKPF LNGLTGKPVM VKLKWGMEYK GYLVSVDGYM NMQLANTEEY IDGALSGHLG EVLIRCNNVL YIRGVEEEEE DGEMRE

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein F

+
分子 #15: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.508084 KDa
配列文字列:
MSKAHPPELK KFMDKKLSLK LNGGRHVQGI LRGFDPFMNL VIDECVEMAT SGQQNNIGMV VIRGNSIIML EALERV

UniProtKB: Small nuclear ribonucleoprotein G

+
分子 #16: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #17: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.9
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6qw6

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 19393
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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