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- EMDB-18044: Focused reconstruction of influenza A RNP-like particle -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18044
タイトルFocused reconstruction of influenza A RNP-like particle
マップデータFocused reconstruction map post-processed.
試料
  • 複合体: Influenza A NP-RNA complex
    • 複合体: Nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • 複合体: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')
      • RNA: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')
キーワードInfluenza virus / Nucleocapsid-like / RNA binding protein. / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / viral nucleocapsid / ribonucleoprotein complex / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Influenza virus nucleoprotein (NP) / Influenza virus nucleoprotein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / synthetic construct (人工物)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者Chenavier F / Estrozi LF / Zarkadas E / Ruigrok RWH / Schoehn G / Ballandras-Colas A / Crepin T
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL)ANR-17-EURE-0003 フランス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of influenza helical nucleocapsid reveals NP-NP and NP-RNA interactions as a model for the genome encapsidation.
著者: Florian Chenavier / Leandro F Estrozi / Jean-Marie Teulon / Eleftherios Zarkadas / Lily-Lorette Freslon / Jean-Luc Pellequer / Rob W H Ruigrok / Guy Schoehn / Allison Ballandras-Colas / Thibaut Crépin /
要旨: Influenza virus genome encapsidation is essential for the formation of a helical viral ribonucleoprotein (vRNP) complex composed of nucleoproteins (NP), the trimeric polymerase, and the viral genome. ...Influenza virus genome encapsidation is essential for the formation of a helical viral ribonucleoprotein (vRNP) complex composed of nucleoproteins (NP), the trimeric polymerase, and the viral genome. Although low-resolution vRNP structures are available, it remains unclear how the viral RNA is encapsidated and how NPs assemble into the helical filament specific of influenza vRNPs. In this study, we established a biological tool, the RNP-like particles assembled from recombinant influenza A virus NP and synthetic RNA, and we present the first subnanometric cryo-electron microscopy structure of the helical NP-RNA complex (8.7 to 5.3 Å). The helical RNP-like structure reveals a parallel double-stranded conformation, allowing the visualization of NP-NP and NP-RNA interactions. The RNA, located at the interface of neighboring NP protomers, interacts with conserved residues previously described as essential for the NP-RNA interaction. The NP undergoes conformational changes to enable RNA binding and helix formation. Together, our findings provide relevant insights for understanding the mechanism for influenza genome encapsidation.
履歴
登録2023年7月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18044.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18044.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused reconstruction map post-processed.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.68 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.112
最小 - 最大-0.047526892 - 1.7618601
平均 (標準偏差)0.0051084147 (±0.048385072)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ106106106
Spacing106106106
セルA=B=C: 178.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18044_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused reconstruction map non post-processed.

ファイルemd_18044_additional_1.map
注釈Focused reconstruction map non post-processed.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1.

ファイルemd_18044_half_map_1.map
注釈Half-map_1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2.

ファイルemd_18044_half_map_2.map
注釈Half-map_2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Influenza A NP-RNA complex

全体名称: Influenza A NP-RNA complex
要素
  • 複合体: Influenza A NP-RNA complex
    • 複合体: Nucleoprotein
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein
    • 複合体: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')
      • RNA: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

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超分子 #1: Influenza A NP-RNA complex

超分子名称: Influenza A NP-RNA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Nucleoprotein

超分子名称: Nucleoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

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超分子 #3: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

超分子名称: RNA (5'P-(UC)6-FAM3') / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 57.525965 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MATKGTKRSY EQMETDGERQ NATEIRASVG KMIDGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNKYLE EHPSAGKDP KKTGGPIYRR VDGKWRRELI LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDATYQ RTRALVRTGM D PRMCSLMQ ...文字列:
MATKGTKRSY EQMETDGERQ NATEIRASVG KMIDGIGRFY IQMCTELKLS DYEGRLIQNS LTIERMVLSA FDERRNKYLE EHPSAGKDP KKTGGPIYRR VDGKWRRELI LYDKEEIRRI WRQANNGDDA TAGLTHMMIW HSNLNDATYQ RTRALVRTGM D PRMCSLMQ GSTLPRRSGA AGAAVKGVGT MVMELIRMIK RGINDRNFWR GENGRRTRIA YERMCNILKG KFQTAAQRTM VD QVRESRN PGNAEFEDLI FLARSALILR GSVAHKSCLP ACVYGSAVAS GYDFEREGYS LVGIDPFRLL QNSQVYSLIR PNE NPAHKS QLVWMACHSA AFEDLRVSSF IRGTKVVPRG KLSTRGVQIA SNENMETMES STLELRSRYW AIRTRSGGNT NQQR ASSGQ ISIQPTFSVQ RNLPFDRPTI MAAFTGNTEG RTSDMRTEII RLMESARPED VSFQGRGVFE LSDEKATSPI VPSFD MSNE GSYFFGDNAE EYDNLEHHHH HH

UniProtKB: Nucleoprotein

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分子 #2: RNA (5'P-(UC)6-FAM3')

分子名称: RNA (5'P-(UC)6-FAM3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 3.623128 KDa
配列文字列:
UCUCUCUCUC UC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.23 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHEPES
150.0 mMNaClNaCl
5.0 mMbeta-mercaptoethanol
2.0 mMmethyl-PEG8-NHS
4.0 uMRNA (5'P-(UC)6-FAM3')

詳細: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM beta-mercaptoethanol 2 mM methyl-PEG8-NHS
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM beta-mercaptoethanol Incubation overnight with 0.004 uM RNA (5'P-(UC)6-FAM3') Prior freezing, the sample was incubated 30 min on ice with 2 mM methyl-PEG8-NHS

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 26515 / 平均露光時間: 1.9 sec. / 平均電子線量: 40.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 24.27 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 57.41 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C2 (2回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 59232
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
ソフトウェア - 詳細: Local refine of signal subtracted particles
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5tjw


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 21-490 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: Fitting of the NPcore by using ChimeraX
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8pzq:
Model for focused reconstruction of influenza A RNP-like particle

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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