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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16180 | |||||||||
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タイトル | 20S Proteasome subtomogram average from Singleshot acquisition on mixed Riobsome-Proteasome sample | |||||||||
マップデータ | Multishot tomography Riboprot 20S bin1 tomoman-stopgap | |||||||||
試料 |
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キーワード | 20s Proteasome / PROTEIN BINDING | |||||||||
生物種 | Thermoplasma acidophilum (好酸性) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Khavnekar S / Plitzko JM / Erdmann PSE | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2023 タイトル: Multishot tomography for high-resolution in situ subtomogram averaging. 著者: S Khavnekar / W Wan / P Majumder / W Wietrzynski / P S Erdmann / J M Plitzko / 要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging (STA) can resolve protein complexes at near atomic resolution, and when combined with focused ion beam (FIB) milling, macromolecules can ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) and subtomogram averaging (STA) can resolve protein complexes at near atomic resolution, and when combined with focused ion beam (FIB) milling, macromolecules can be observed within their native context. Unlike single particle acquisition (SPA), cryo-ET can be slow, which may reduce overall project throughput. We here propose a fast, multi-position tomographic acquisition scheme based on beam-tilt corrected beam-shift imaging along the tilt axis, which yields sub-nanometer in situ STA averages. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16180.map.gz | 48.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16180-v30.xml emd-16180.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16180.png | 54.3 KB | ||
マスクデータ | emd_16180_msk_1.map | 52.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16180.cif.gz | 3.9 KB | ||
その他 | emd_16180_half_map_1.map.gz emd_16180_half_map_2.map.gz | 48.9 MB 48.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16180 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16180_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16180_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16180_validation.xml.gz | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16180_validation.cif.gz | 13.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16180 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16180 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16180.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Multishot tomography Riboprot 20S bin1 tomoman-stopgap | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16180_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Multishot tomography Riboprot 20S bin1 tomoman-stopgap
ファイル | emd_16180_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Multishot tomography Riboprot 20S bin1 tomoman-stopgap | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Multishot tomography Riboprot 20S bin1 tomoman-stopgap
ファイル | emd_16180_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Multishot tomography Riboprot 20S bin1 tomoman-stopgap | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : T. acidophilum 20S Proteasome
全体 | 名称: T. acidophilum 20S Proteasome |
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要素 |
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-超分子 #1: T. acidophilum 20S Proteasome
超分子 | 名称: T. acidophilum 20S Proteasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Thermoplasma acidophilum (好酸性) |
分子量 | 理論値: 750 kDa/nm |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 3.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: D7 (2回x7回 2面回転対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: STOPGAP / 使用したサブトモグラム数: 5000 |
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抽出 | トモグラム数: 25 / 使用した粒子像数: 5000 / ソフトウェア - 名称: STOPGAP (ver. 0.7) |
最終 3次元分類 | ソフトウェア - 名称: STOPGAP |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: STOPGAP |