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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | IAPP S20G plateau-phase fibril polymorph 4PF-LU | |||||||||
![]() | CryoEM map for 22-week aged IAPP-S20G 4PF-LU fibrils | |||||||||
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![]() | Amyloid / fibril / helical / cross-beta / Amylin / polymorph / islet / PROTEIN FIBRIL / Diabetes | |||||||||
機能・相同性 | ![]() amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / bone resorption ...amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / bone resorption / sensory perception of pain / positive regulation of calcium-mediated signaling / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Wilkinson M / Xu Y / Gallardo R / Radford SE / Ranson NA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural evolution of fibril polymorphs during amyloid assembly. 著者: Martin Wilkinson / Yong Xu / Dev Thacker / Alexander I P Taylor / Declan G Fisher / Rodrigo U Gallardo / Sheena E Radford / Neil A Ranson / ![]() 要旨: Cryoelectron microscopy (cryo-EM) has provided unprecedented insights into amyloid fibril structures, including those associated with disease. However, these structures represent the endpoints of ...Cryoelectron microscopy (cryo-EM) has provided unprecedented insights into amyloid fibril structures, including those associated with disease. However, these structures represent the endpoints of long assembly processes, and their relationship to fibrils formed early in assembly is unknown. Consequently, whether different fibril architectures, with potentially different pathological properties, form during assembly remains unknown. Here, we used cryo-EM to determine structures of amyloid fibrils at different times during in vitro fibrillation of a disease-related variant of human islet amyloid polypeptide (IAPP-S20G). Strikingly, the fibrils formed in the lag, growth, and plateau phases have different structures, with new forms appearing and others disappearing as fibrillation proceeds. A time course with wild-type hIAPP also shows fibrils changing with time, suggesting that this is a general property of IAPP amyloid assembly. The observation of transiently populated fibril structures has implications for understanding amyloid assembly mechanisms with potential new insights into amyloid progression in disease. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 83.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8az6MC ![]() 8awtC ![]() 8az0C ![]() 8az1C ![]() 8az2C ![]() 8az3C ![]() 8az4C ![]() 8az5C ![]() 8az7C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM map for 22-week aged IAPP-S20G 4PF-LU fibrils | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: halfmap1
ファイル | emd_15755_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap2
ファイル | emd_15755_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : IAPP S20G plateau-phase fibril polymorph 4PF-LU
全体 | 名称: IAPP S20G plateau-phase fibril polymorph 4PF-LU |
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要素 |
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-超分子 #1: IAPP S20G plateau-phase fibril polymorph 4PF-LU
超分子 | 名称: IAPP S20G plateau-phase fibril polymorph 4PF-LU / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: In vitro fibril growth for 22 weeks at room temperature |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Islet amyloid polypeptide
分子 | 名称: Islet amyloid polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Synthesised with C-terminal amidation / コピー数: 20 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 3.877286 KDa |
配列 | 文字列: KCNTATCATQ RLANFLVHSG NNFGAILSST NVGSNTY(NH2) UniProtKB: Islet amyloid polypeptide |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
濃度 | 0.12 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: NH3CH3CO2 / 構成要素 - 名称: ammonium acetate |
グリッド | モデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 6s blot. |
詳細 | Fibrillation conditions: 30 uM monomeric IAPP-S20G, quiescent at room temp for 22 weeks |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2186 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 39.0 e/Å2 詳細: 1204 raw EER frames were collected per image and combined into 30 fractions for processing |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 2.41 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 178.91 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 4783 |
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Segment selection | 選択した数: 1978281 詳細: Manually picked a subset of images to train a model for automatic fibril segment picking in crYOLO |
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL 詳細: Model generated from 2D class averages using relion_helix_inimodel2d |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 61 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-8az6: |