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- EMDB-15711: Human rhinovirus 2 empty particle in situ -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15711
タイトルHuman rhinovirus 2 empty particle in situ
マップデータEM map after pixel size scaling presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation. Micrographs were collected on lamellipodia of Cos7 cells infected with HRV2.
試料
  • ウイルス: rhinovirus A2 (ライノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
キーワードHuman rhinovirus 2 / empty particle / in situ / cryo-EM. / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / DNA replication / RNA helicase activity / endocytosis involved in viral entry into host cell / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral ...Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種rhinovirus A2 (ライノウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å
データ登録者Ishemgulova A / Mukhamedova L / Trebichalska Z / Payne P / Smerdova L / Moravcova J / Hrebik D / Buchta D / Skubnik K / Fuzik T ...Ishemgulova A / Mukhamedova L / Trebichalska Z / Payne P / Smerdova L / Moravcova J / Hrebik D / Buchta D / Skubnik K / Fuzik T / Novacek J / Plevka P
資金援助 チェコ, 1件
OrganizationGrant number国
Czech Science FoundationGX19-25982X チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Endosome rupture enables enteroviruses to infect cells.
著者: Ishemgulova A
履歴
登録2022年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月13日-
マップ公開2023年9月13日-
更新2023年9月13日-
現状2023年9月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15711.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15711.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map after pixel size scaling presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation. Micrographs were collected on lamellipodia of Cos7 cells infected with HRV2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.65 Å/pix.
x 224 pix.
= 593.116 Å		2.65 Å/pix.
x 224 pix.
= 593.116 Å		2.65 Å/pix.
x 224 pix.
= 593.116 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.64784 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0378
最小 - 最大-0.02585645 - 0.07818784
平均 (標準偏差)0.001504892 (±0.0071951663)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 593.11615 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: EM half map before pixel size scaling presented...

ファイルemd_15711_half_map_1.map
注釈EM half map before pixel size scaling presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map before pixel size scaling presented...

ファイルemd_15711_half_map_2.map
注釈EM half map before pixel size scaling presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : rhinovirus A2

全体名称: rhinovirus A2 (ライノウイルス)
要素
  • ウイルス: rhinovirus A2 (ライノウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3

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超分子 #1: rhinovirus A2

超分子名称: rhinovirus A2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12130 / 生物種: rhinovirus A2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rhinovirus A2 (ライノウイルス)
分子量理論値: 28.851441 KDa
配列文字列: ALDAAETGHT SSVQPEDVIE TRYVQTSQTR DEMSLESFLG RSGCIHESKL EVTLANYNKE NFTVWAINLQ EMAQIRRKFE LFTYTRFDS EITLVPCISA LSQDIGHITM QYMYVPPGAP VPNSRDDYAW QSGTNASVFW QHGQAYPRFS LPFLSVASAY Y MFYDGYDE ...文字列:
ALDAAETGHT SSVQPEDVIE TRYVQTSQTR DEMSLESFLG RSGCIHESKL EVTLANYNKE NFTVWAINLQ EMAQIRRKFE LFTYTRFDS EITLVPCISA LSQDIGHITM QYMYVPPGAP VPNSRDDYAW QSGTNASVFW QHGQAYPRFS LPFLSVASAY Y MFYDGYDE QDQNYGTANT NNMGSLCSRI VTEKHIHKVH IMTRIYHKAK HVKAWCPRPP RALEYTRAHR TNFKIEDRSI QT AIVTRPI ITTA

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP2

分子名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rhinovirus A2 (ライノウイルス)
分子量理論値: 27.899426 KDa
配列文字列: RIIQITRGDS TITSQDVANA IVAYGVWPHY LSSKDASAID KPSQPDTSSN RFYTLRSVTW SSSSKGWWWK LPDALKDMGI FGENMFYHY LGRSGYTIHV QCNASKFHQG TLIVALIPEH QIASALHGNV NVGYNYTHPG ETGREVKAET RLNPDLQPTE E YWLNFDGT ...文字列:
RIIQITRGDS TITSQDVANA IVAYGVWPHY LSSKDASAID KPSQPDTSSN RFYTLRSVTW SSSSKGWWWK LPDALKDMGI FGENMFYHY LGRSGYTIHV QCNASKFHQG TLIVALIPEH QIASALHGNV NVGYNYTHPG ETGREVKAET RLNPDLQPTE E YWLNFDGT LLGNITIFPH QFINLRSNNS ATIIAPYVNA VPMDSMRSHN NWSLVIIPIC PLETSSAINT IPITISISPM CA EFSGARA KRQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: rhinovirus A2 (ライノウイルス)
分子量理論値: 26.107793 KDa
配列文字列: GLPVFITPGS GQFLTTDDFQ SPCALPWYHP TKEISIPGEV KNLVEICQVD SLVPINNTDT YINSENMYSV VLQSSINAPD KIFSIRTDV ASQPLATTLI GEISSYFTHW TGSLRFSFMF CGTANTTVKL LLAYTPPGIA EPTTRKDAML GTHVIWDVGL Q STISMVVP ...文字列:
GLPVFITPGS GQFLTTDDFQ SPCALPWYHP TKEISIPGEV KNLVEICQVD SLVPINNTDT YINSENMYSV VLQSSINAPD KIFSIRTDV ASQPLATTLI GEISSYFTHW TGSLRFSFMF CGTANTTVKL LLAYTPPGIA EPTTRKDAML GTHVIWDVGL Q STISMVVP WISASHYRNT SPGRSTSGYI TCWYQTRLVI PPQTPPTARL LCFVSGCKDF CLRMARDTNL HLQSGAIAQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 332
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AB INITIO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 332
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: RELION SGD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8ay5:
Human rhinovirus 2 empty particle in situ

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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