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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15182 | ||||||||||||
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タイトル | Electron cryotomography of SARS-CoV-2 virions | ||||||||||||
マップデータ | Cryo Tomogram of SARS_Cov2 Wuhan viral particles | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | SARS-CoV-2 / lipid-enveloped virus / spike glycoprotein / receptor binding / VIRUS | ||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | ||||||||||||
データ登録者 | Calder LJ / Calcraft T / Hussain S / Harvey R / Rosenthal PB | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Electron cryotomography of SARS-CoV-2 virions reveals cylinder-shaped particles with a double layer RNP assembly. 著者: Lesley J Calder / Thomas Calcraft / Saira Hussain / Ruth Harvey / Peter B Rosenthal / 要旨: SARS-CoV-2 is a lipid-enveloped Betacoronavirus and cause of the Covid-19 pandemic. To study the three-dimensional architecture of the virus, we perform electron cryotomography (cryo-ET) on SARS-Cov- ...SARS-CoV-2 is a lipid-enveloped Betacoronavirus and cause of the Covid-19 pandemic. To study the three-dimensional architecture of the virus, we perform electron cryotomography (cryo-ET) on SARS-Cov-2 virions and three variants revealing particles of regular cylindrical morphology. The ribonucleoprotein particles packaging the genome in the virion interior form a dense, double layer assembly with a cylindrical shape related to the overall particle morphology. This organisation suggests structural interactions important to virus assembly. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15182.map.gz | 388.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15182-v30.xml emd-15182.xml | 11.5 KB 11.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15182.png | 196.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15182.cif.gz | 4.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15182 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15182_validation.pdf.gz | 504.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15182_full_validation.pdf.gz | 504.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15182_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15182_validation.cif.gz | 5.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15182 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 426.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo Tomogram of SARS_Cov2 Wuhan viral particles | ||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 8.8 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
全体 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
超分子 | 名称: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Virus grown in Vero V1 cells and purified / NCBI-ID: 2697049 / 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 / Sci species strain: Wuhan / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
切片作成 | その他: NO SECTIONING |
位置合わせマーカー | Manufacturer: BBI Solutions / 直径: 10 nm |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Tilt series collected using dose symmetric scheme. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-4 / 実像数: 41 / 平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 2.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 64000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION ソフトウェア:
使用した粒子像数: 41 |
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