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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13816 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of GABA(A)R-beta3 homopentamer at 3.4A from Tundra, 100kV microscope | |||||||||
マップデータ | CryoEM structure of GABA(A)R-beta3 homopentamer at 3.4A from Tundra, 100kV microscope | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ion channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / Signaling by ERBB4 / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane ...cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-A receptor activity / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / Signaling by ERBB4 / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity / roof of mouth development / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / chloride transmembrane transport / cytoplasmic vesicle membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HEK 293S cells (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Karia D / Koh AF / Yu L / Kotecha A | |||||||||
資金援助 | オランダ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of GABA(A)R-beta3 homopentamer at 3.4A from Tundra, 100kV microscope 著者: Karia D / Koh AF / Yu L / Kotecha A | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13816.map.gz | 4.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13816-v30.xml emd-13816.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13816_fsc.xml | 9.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13816.png | 157.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13816.cif.gz | 3.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13816 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13816 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10858 (タイトル: CryoEM structure of GABA(A)R-beta3 homopentamer at 3.4A from Tundra, 100kV microscope Data size: 2.2 TB Data #1: Unaligned multiframe movies of GABAA receptor from CETA-F camera [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CryoEM structure of GABA(A)R-beta3 homopentamer at 3.4A from Tundra, 100kV microscope | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.50242 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human GABA(A)R-beta3 homopentamer
全体 | 名称: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer |
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要素 |
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-超分子 #1: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer
超分子 | 名称: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 詳細: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer in complex with Megabody-25 in lipid nanodisc |
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由来(天然) | 生物種: HEK 293S cells (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 287 K / 装置: LEICA PLUNGER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS TUNDRA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3952 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 倍率(公称値): 180000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |