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- EMDB-13600: Tomogram of mouse dorsal root ganglion axon (dataset 1, TS_14). -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13600
タイトルTomogram of mouse dorsal root ganglion axon (dataset 1, TS_14).
マップデータTomogram of a mouse dorsal root ganglion axon. The volume was binned by 4 and deconvolved for visualization.
試料
  • 細胞: Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset 1 (TS_14).
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Foster HE / Ventura Santos C / Carter AP
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRC_UP_A025_1011 英国
Wellcome TrustWT210711 英国
引用
ジャーナル: J Cell Biol / 年: 2022
タイトル: A cryo-ET survey of microtubules and intracellular compartments in mammalian axons.
著者: Helen E Foster / Camilla Ventura Santos / Andrew P Carter /
要旨: The neuronal axon is packed with cytoskeletal filaments, membranes, and organelles, many of which move between the cell body and axon tip. Here, we used cryo-electron tomography to survey the ...The neuronal axon is packed with cytoskeletal filaments, membranes, and organelles, many of which move between the cell body and axon tip. Here, we used cryo-electron tomography to survey the internal components of mammalian sensory axons. We determined the polarity of the axonal microtubules (MTs) by combining subtomogram classification and visual inspection, finding MT plus and minus ends are structurally similar. Subtomogram averaging of globular densities in the MT lumen suggests they have a defined structure, which is surprising given they likely contain the disordered protein MAP6. We found the endoplasmic reticulum in axons is tethered to MTs through multiple short linkers. We surveyed membrane-bound cargos and describe unexpected internal features such as granules and broken membranes. In addition, we detected proteinaceous compartments, including numerous virus-like capsid particles. Our observations outline novel features of axonal cargos and MTs, providing a platform for identification of their constituents.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: A cryo-ET survey of intracellular compartments within mammalian axons
著者: Foster HE / Carter AP
履歴
登録2021年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月8日-
マップ公開2021年12月8日-
更新2021年12月15日-
現状2021年12月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
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添付画像

emd_13600.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13600.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomogram of a mouse dorsal root ganglion axon. The volume was binned by 4 and deconvolved for visualization.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.76 Å/pix.
x 375 pix.
= 5160. Å		13.76 Å/pix.
x 927 pix.
= 12755.521 Å		13.76 Å/pix.
x 927 pix.
= 12755.521 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.76 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-30.290318 - 31.195019
平均 (標準偏差)2.1192446e-10 (±1.0044025)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ927927375
Spacing927927375
セルA: 12755.5205 Å / B: 12755.5205 Å / C: 5160.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z13.76000107874913.76000107874913.76
M x/y/z927927375
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z12755.52112755.5215160.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS927927375
D min/max/mean-30.29031.1950.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset ...

全体名称: Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset 1 (TS_14).
要素
  • 細胞: Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset 1 (TS_14).

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超分子 #1: Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset ...

超分子名称: Tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset 1 (TS_14).
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Example tomogram of a mouse dorsal root ganglion (DRG) axon from dataset 1. Tomogram was used for survey of microtubules and components in axons. Tomogram contains multi-vesicular body.
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Neurons / 組織: Dorsal root ganglion

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 310 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Manual blot for 3 s before plunging.
詳細Adult DRG neurons from GFP-RFP LC3 mouse were grown for 4 days in vitro before vitrification. Tilt series was collected in a thin region of an axon.
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: BBI Solutions / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-10 / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 1.97 e/Å2
詳細: 61 images per tilt series with 120.2 e/A2 total dose. A zero-centered tilt scheme from minus 30 to plus 60 degrees then minus 30 to minus 60 degrees was used for acquisition.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 53000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Frame alignment and dose-filtering was done with alignframes and newstack (IMOD) operated via subTOM. Tilt series alignment and tomogram reconstruction was performed in IMOD.
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD (ver. 4.10.32) / 使用した粒子像数: 61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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