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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12749 | |||||||||
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タイトル | In situ cryo-electron tomogram of a pyrenoid inside a Chlamydomonas reinhardtii cell | |||||||||
マップデータ | In situ cryo-electron tomogram of a pyrenoid inside a Chlamydomonas reinhardtii cell (bin4). A denoised version of this tomogram is included in the bundle. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) | |||||||||
手法 | 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 | |||||||||
データ登録者 | Cuellar LK / Schaffer M / Strauss M / Martinez-Sanchez A / Plitzko JM / Foerster F / Engel BD | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2017 タイトル: The Eukaryotic CO-Concentrating Organelle Is Liquid-like and Exhibits Dynamic Reorganization. 著者: Elizabeth S Freeman Rosenzweig / Bin Xu / Luis Kuhn Cuellar / Antonio Martinez-Sanchez / Miroslava Schaffer / Mike Strauss / Heather N Cartwright / Pierre Ronceray / Jürgen M Plitzko / ...著者: Elizabeth S Freeman Rosenzweig / Bin Xu / Luis Kuhn Cuellar / Antonio Martinez-Sanchez / Miroslava Schaffer / Mike Strauss / Heather N Cartwright / Pierre Ronceray / Jürgen M Plitzko / Friedrich Förster / Ned S Wingreen / Benjamin D Engel / Luke C M Mackinder / Martin C Jonikas / 要旨: Approximately 30%-40% of global CO fixation occurs inside a non-membrane-bound organelle called the pyrenoid, which is found within the chloroplasts of most eukaryotic algae. The pyrenoid matrix is ...Approximately 30%-40% of global CO fixation occurs inside a non-membrane-bound organelle called the pyrenoid, which is found within the chloroplasts of most eukaryotic algae. The pyrenoid matrix is densely packed with the CO-fixing enzyme Rubisco and is thought to be a crystalline or amorphous solid. Here, we show that the pyrenoid matrix of the unicellular alga Chlamydomonas reinhardtii is not crystalline but behaves as a liquid that dissolves and condenses during cell division. Furthermore, we show that new pyrenoids are formed both by fission and de novo assembly. Our modeling predicts the existence of a "magic number" effect associated with special, highly stable heterocomplexes that influences phase separation in liquid-like organelles. This view of the pyrenoid matrix as a phase-separated compartment provides a paradigm for understanding its structure, biogenesis, and regulation. More broadly, our findings expand our understanding of the principles that govern the architecture and inheritance of liquid-like organelles. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12749.map.gz | 329.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12749-v30.xml emd-12749.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12749.png | 155.9 KB | ||
その他 | emd_12749_additional_1.map.gz | 319.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12749 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12749 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12749_validation.pdf.gz | 319.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12749_full_validation.pdf.gz | 318.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12749_validation.xml.gz | 3.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12749_validation.cif.gz | 4.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12749 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12749 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3694C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10694 (タイトル: In situ cryo-electron tomogram of a pyrenoid inside a Chlamydomonas reinhardtii cell (tilt series) Data size: 5.8 Data #1: Phase-flipped and aligned tilt series of a pyrenoid inside a Chlamydomonas reinhardtii cell [tilt series]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12749.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 762.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | In situ cryo-electron tomogram of a pyrenoid inside a Chlamydomonas reinhardtii cell (bin4). A denoised version of this tomogram is included in the bundle. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 13.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Denoised tomogram by deconvolving with an ad-hoc Wiener filter.
ファイル | emd_12749_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Denoised tomogram by deconvolving with an ad-hoc Wiener filter. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pyrenoid
全体 | 名称: Pyrenoid |
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要素 |
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-超分子 #1: Pyrenoid
超分子 | 名称: Pyrenoid / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 電子線トモグラフィー法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
切片作成 | 集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 kV / 集束イオンビーム - 電流: 0.03 nA / 集束イオンビーム - 時間: 1800 sec. / 集束イオンビーム - 温度: 91 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 8000 nm / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 300 nm 集束イオンビーム - 詳細: See https://bio-protocol.org/e1575 for detailed procedure.. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list ...集束イオンビーム - 詳細: See https://bio-protocol.org/e1575 for detailed procedure.. The value given for _emd_sectioning_focused_ion_beam.instrument is FEI Quanta FIB. This is not in a list of allowed values {'OTHER', 'DB235'} so OTHER is written into the XML file. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k) 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 42000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 65 |
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