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万見
- EMDB-12224: Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12224
タイトルVps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 complex.
マップデータSharpened, locally filtered map of VPS26 dimer region of the fungal retromer:Grd19 complex assembled on the membrane
試料
  • 複合体: Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 cargo-containing complex
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
    • タンパク質・ペプチド: Sorting nexin-3
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein
    • タンパク質・ペプチド: The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sorting motif of hDMT1-II cargo.
  • リガンド: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE
キーワードendosomes / coat proteins / membrane trafficking / cargo-sorting / ENDOCYTOSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


vanadium ion transmembrane transporter activity / vanadium ion transport / paraferritin complex / Defective SLC11A2 causes hypochromic microcytic anemia, with iron overload 1 (AHMIO1) / lead ion transmembrane transporter activity / lead ion transport / nickel cation transmembrane transporter activity / transition metal ion transmembrane transporter activity / late endosome to Golgi transport / solute:proton symporter activity ...vanadium ion transmembrane transporter activity / vanadium ion transport / paraferritin complex / Defective SLC11A2 causes hypochromic microcytic anemia, with iron overload 1 (AHMIO1) / lead ion transmembrane transporter activity / lead ion transport / nickel cation transmembrane transporter activity / transition metal ion transmembrane transporter activity / late endosome to Golgi transport / solute:proton symporter activity / cadmium ion transmembrane transport / : / Metal ion SLC transporters / manganese ion transport / cadmium ion transmembrane transporter activity / detection of oxygen / nickel cation transport / retromer, cargo-selective complex / manganese ion transmembrane transporter activity / copper ion transmembrane transporter activity / cobalt ion transport / iron import into cell / intracellular manganese ion homeostasis / cobalt ion transmembrane transporter activity / retromer complex binding / ferrous iron transmembrane transporter activity / iron ion transmembrane transporter activity / zinc ion transmembrane transporter activity / retromer complex / iron ion transmembrane transport / copper ion transport / basal part of cell / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / endocytic recycling / vacuole / retrograde transport, endosome to Golgi / response to iron ion / heme biosynthetic process / dendrite morphogenesis / cadmium ion binding / erythrocyte development / iron ion transport / trans-Golgi network / brush border membrane / Iron uptake and transport / intracellular protein transport / recycling endosome / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / recycling endosome membrane / apical part of cell / late endosome / late endosome membrane / protein transport / extracellular vesicle / cellular response to oxidative stress / cytoplasmic vesicle / early endosome membrane / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / response to hypoxia / early endosome / mitochondrial outer membrane / lysosome / endosome membrane / apical plasma membrane / Golgi membrane / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / Golgi apparatus / mitochondrion / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fungal SNX3, PX domain / : / Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. ...Fungal SNX3, PX domain / : / Vacuolar protein sorting protein 26 related / Vacuolar protein sorting-associated protein 26 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35, C-terminal / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / NRAMP family / Natural resistance-associated macrophage protein-like / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Arrestin-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein / Sorting nexin-3 / Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / Natural resistance-associated macrophage protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9.2 Å
データ登録者Leneva N / Kovtun O
資金援助 英国, 5件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust207455/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust206171/Z/17/Z 英国
Wellcome Trust202905/Z/16/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648432 MEMBRANEFUSION 英国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: Architecture and mechanism of metazoan retromer:SNX3 tubular coat assembly.
著者: Natalya Leneva / Oleksiy Kovtun / Dustin R Morado / John A G Briggs / David J Owen /
要旨: Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core ...Retromer is a master regulator of cargo retrieval from endosomes, which is critical for many cellular processes including signaling, immunity, neuroprotection, and virus infection. The retromer core (VPS26/VPS29/VPS35) is present on cargo-transporting, tubular carriers along with a range of sorting nexins. Here, we elucidate the structural basis of membrane tubulation and coupled cargo recognition by metazoan and fungal retromer coats assembled with the non-Bin1/Amphiphysin/Rvs (BAR) sorting nexin SNX3 using cryo-electron tomography. The retromer core retains its arched, scaffolding structure but changes its mode of membrane recruitment when assembled with different SNX adaptors, allowing cargo recognition at subunit interfaces. Thus, membrane bending and cargo incorporation can be modulated to allow retromer to traffic cargoes along different cellular transport routes.
履歴
登録2021年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月3日-
マップ公開2021年3月3日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.235
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.235
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7blq
  • 表面レベル: 0.235
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12224.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12224.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened, locally filtered map of VPS26 dimer region of the fungal retromer:Grd19 complex assembled on the membrane
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.76 Å/pix.
x 100 pix.
= 275.8 Å		2.76 Å/pix.
x 100 pix.
= 275.8 Å		2.76 Å/pix.
x 100 pix.
= 275.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.758 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.235 / ムービー #1: 0.235
最小 - 最大-0.5964883 - 1.1464814
平均 (標準偏差)0.0036801388 (±0.063661784)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 275.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.7582.7582.758
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.800275.800275.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.5961.1460.004

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12224_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map2

ファイルemd_12224_half_map_1.map
注釈half-map2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-map1

ファイルemd_12224_half_map_2.map
注釈half-map1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd1...

全体名称: Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 cargo-containing complex
要素
  • 複合体: Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 cargo-containing complex
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
    • タンパク質・ペプチド: Sorting nexin-3
    • タンパク質・ペプチド: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein
    • タンパク質・ペプチド: The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sorting motif of hDMT1-II cargo.
  • リガンド: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE

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超分子 #1: Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd1...

超分子名称: Vps26 dimer region of the fungal membrane-assembled retromer:Grd19 cargo-containing complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: fungal retromer:Grd19 complex assembled on liposomes containing Kex2 cargo peptide.
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

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分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 34.014195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: RLLEDALIAV RQQTAMMRKF LDTPGKLMDA LKCCSTLVSE LRTSSLSPKQ YYELYMAVFD ALRYLSAHLR ENHPVNHLAD LYELVQYAG NIIPRLYLMI TVGTAYMSID GAPVKELMKD MMDMSRGVQH PVRGLFLRYY LSGQARDYLP TGDSDGPEGN L QDSINFIL ...文字列:
RLLEDALIAV RQQTAMMRKF LDTPGKLMDA LKCCSTLVSE LRTSSLSPKQ YYELYMAVFD ALRYLSAHLR ENHPVNHLAD LYELVQYAG NIIPRLYLMI TVGTAYMSID GAPVKELMKD MMDMSRGVQH PVRGLFLRYY LSGQARDYLP TGDSDGPEGN L QDSINFIL TNFVEMNKLW VRLQHQGHSR ERDLRTQERR ELQLLVGSNI VRLSQLVDLP TYRDSILGPL LEQIVQCRDI LA QEYLLEV ITQVFPDEYH LHTLDQFLGA VSRLNPHVNV KAIVIGMMNR LSDYAERE

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 35

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分子 #2: Sorting nexin-3

分子名称: Sorting nexin-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 13.52549 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
PPENFLEIEV RNPQTHGVGR HMYTDYEIVC RTNIPAFKLR QSSVRRRYSD FEYFRDILER ESARVTIPPL PGKVFTNRFS DEVIENRRA GLEKFLKIVV GHPLLQTGSK VLAAFVQ

UniProtKB: Sorting nexin-3

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分子 #3: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein

分子名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 34.308449 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: FSTPVDIDIV LADADKRAMV DVKLDKNRRE KVPLYMDGES VKGCVTVRPK DGKRLEHTGI KVQFIGTIEM FFDRGNHYEF LSLVQELAA PGELQHPQTF DFNFKNVEKQ YESYNGINVK LRYFVRVTVS RRMADVIREK DIWVYSYRIP PELNSSIKMD V GIEDCLHI ...文字列:
FSTPVDIDIV LADADKRAMV DVKLDKNRRE KVPLYMDGES VKGCVTVRPK DGKRLEHTGI KVQFIGTIEM FFDRGNHYEF LSLVQELAA PGELQHPQTF DFNFKNVEKQ YESYNGINVK LRYFVRVTVS RRMADVIREK DIWVYSYRIP PELNSSIKMD V GIEDCLHI EFEYSKSKYH LKDVIVGRIY FLLVRLKIKH MELSIIRRET TGVAPNQYNE SETLVRFEIM DGSPSRGETI PI RLFLGGF DLTPTFRDVN KKFSTRYYLS LVLIDEDARR YFKQSEIILY RQPPE

UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein

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分子 #4: The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sor...

分子名称: The C-terminal portion of Kex2 cargo, fitted with Phi-X-(L/M) sorting motif of hDMT1-II cargo.
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 1.221422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QPELYLLNTM

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分子 #5: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOX...

分子名称: 2-(BUTANOYLOXY)-1-{[(HYDROXY{[2,3,4,6-TETRAHYDROXY-5-(PHOSPHONOOXY)CYCLOHEXYL]OXY}PHOSPHORYL)OXY]METHYL}ETHYL BUTANOATE
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: PIB
分子量理論値: 554.374 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 9.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 49886
抽出トモグラム数: 82 / 使用した粒子像数: 449807
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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