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万見
- EMDB-10707: Anabaena sp. PCC 7120 Septal Junction Average from Manually Mille... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10707
タイトルAnabaena sp. PCC 7120 Septal Junction Average from Manually Milled Lamellae
マップデータSeptal junction average generated from 343 particles and 5-fold symmetrizing. Lamellae were generated in using a manual FIB milling approach.
試料
  • 複合体: Septal Junction
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Zachs T / Pilhofer M
資金援助 スイス, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation31003A_179255 スイス
European Research Council (ERC)679209European Union
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Fully automated, sequential focused ion beam milling for cryo-electron tomography.
著者: Tobias Zachs / Andreas Schertel / João Medeiros / Gregor L Weiss / Jannik Hugener / Joao Matos / Martin Pilhofer /
要旨: Cryo-electron tomography (cryoET) has become a powerful technique at the interface of structural biology and cell biology, due to its unique ability for imaging cells in their native state and ...Cryo-electron tomography (cryoET) has become a powerful technique at the interface of structural biology and cell biology, due to its unique ability for imaging cells in their native state and determining structures of macromolecular complexes in their cellular context. A limitation of cryoET is its restriction to relatively thin samples. Sample thinning by cryo-focused ion beam (cryoFIB) milling has significantly expanded the range of samples that can be analyzed by cryoET. Unfortunately, cryoFIB milling is low-throughput, time-consuming and manual. Here, we report a method for fully automated sequential cryoFIB preparation of high-quality lamellae, including rough milling and polishing. We reproducibly applied this method to eukaryotic and bacterial model organisms, and show that the resulting lamellae are suitable for cryoET imaging and subtomogram averaging. Since our method reduces the time required for lamella preparation and minimizes the need for user input, we envision the technique will render previously inaccessible projects feasible.
履歴
登録2020年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月18日-
マップ公開2020年3月18日-
更新2020年3月18日-
現状2020年3月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 123
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10707.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10707.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 333 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Septal junction average generated from 343 particles and 5-fold symmetrizing. Lamellae were generated in using a manual FIB milling approach.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
6.76 Å/pix.
x 44 pix.
= 297.308 Å		6.76 Å/pix.
x 44 pix.
= 297.308 Å		6.76 Å/pix.
x 44 pix.
= 297.308 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.757 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 123 / ムービー #1: 123
最小 - 最大103.01787 - 142.99905
平均 (標準偏差)125.29443 (±4.176216)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ444444
Spacing444444
セルA=B=C: 297.30798 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.7576.7576.757
M x/y/z444444
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z297.308297.308297.308
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS444444
D min/max/mean103.018142.999125.294

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Septal Junction

全体名称: Septal Junction
要素
  • 複合体: Septal Junction

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超分子 #1: Septal Junction

超分子名称: Septal Junction / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 343
抽出トモグラム数: 9 / 使用した粒子像数: 343
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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