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万見
- EMDB-10638: Structure of Ryanodine Receptor 1 in the presence of ryanodine in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10638
タイトルStructure of Ryanodine Receptor 1 in the presence of ryanodine in native membrane (with Calcium)
マップデータStructure of Ryanodine Receptor 1 in the presence of ryanodine in native membrane (with Calcium)
試料
  • 複合体: Rabbit ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.5 Å
データ登録者Chen W / Kudryashev M
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Alexander von Humboldt FoundationSofja Kovalevskaja Award to Misha Kudryashev ドイツ
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2020
タイトル: Structure of RyR1 in native membranes.
著者: Wenbo Chen / Mikhail Kudryashev /
要旨: Ryanodine receptor 1 (RyR1) mediates excitation-contraction coupling by releasing Ca from sarcoplasmic reticulum (SR) to the cytoplasm of skeletal muscle cells. RyR1 activation is regulated by ...Ryanodine receptor 1 (RyR1) mediates excitation-contraction coupling by releasing Ca from sarcoplasmic reticulum (SR) to the cytoplasm of skeletal muscle cells. RyR1 activation is regulated by several proteins from both the cytoplasm and lumen of the SR. Here, we report the structure of RyR1 from native SR membranes in closed and open states. Compared to the previously reported structures of purified RyR1, our structure reveals helix-like densities traversing the bilayer approximately 5 nm from the RyR1 transmembrane domain and sarcoplasmic extensions linking RyR1 to a putative calsequestrin network. We document the primary conformation of RyR1 in situ and its structural variations. The activation of RyR1 is associated with changes in membrane curvature and movement in the sarcoplasmic extensions. Our results provide structural insight into the mechanism of RyR1 in its native environment.
履歴
登録2020年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月18日-
マップ公開2020年3月18日-
更新2020年5月13日-
現状2020年5月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.446
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.446
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10638.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of Ryanodine Receptor 1 in the presence of ryanodine in native membrane (with Calcium)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.7 Å/pix.
x 200 pix.
= 540. Å		2.7 Å/pix.
x 200 pix.
= 540. Å		2.7 Å/pix.
x 200 pix.
= 540. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.446 / ムービー #1: 0.446
最小 - 最大-3.6440308 - 2.8813965
平均 (標準偏差)0.001441268 (±0.27280056)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 540.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.72.72.7
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z540.000540.000540.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-3.6442.8810.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10638_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Structure of Ryanodine Receptor 1 in the presence...

ファイルemd_10638_half_map_1.map
注釈Structure of Ryanodine Receptor 1 in the presence of ryanodine in native membrane (with Calcium, half map 2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Structure of Ryanodine Receptor 1 in the presence...

ファイルemd_10638_half_map_2.map
注釈Structure of Ryanodine Receptor 1 in the presence of ryanodine in native membrane (with Calcium, half map 1)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabbit ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane

全体名称: Rabbit ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane
要素
  • 複合体: Rabbit ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane

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超分子 #1: Rabbit ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane

超分子名称: Rabbit ryanodine receptor 1 in apo state in native membrane
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 組織: skeletal muscle / Organelle: sarcoplasmic reticulum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.1
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 使用したサブトモグラム数: 890
抽出トモグラム数: 47 / 使用した粒子像数: 890 / ソフトウェア: (名称: IMOD, Dynamo)
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: Dynamo
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: Dynamo / 詳細: subtomogram alignment using Dynamo

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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