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- EMDB-0995: Ultra-high voltage electron microscope tomography using 700-nm-th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0995
タイトルUltra-high voltage electron microscope tomography using 700-nm-thick neurite section acquired at 15,000 magnification at an accelerating voltage of 1 MV
マップデータ700nm-thick neurite section of cultured PC12 cells (Magnification 15K)
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Microtubule distribution in neurite of differentiated PC12 cell
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法電子線トモグラフィー法 / ネガティブ染色法
データ登録者Nishida T / Yoshimura R / Nishi R / Imoto Y / Endo Y
引用ジャーナル: J Microsc / 年: 2020
タイトル: Application of ultra-high voltage electron microscope tomography to 3D imaging of microtubules in neurites of cultured PC12 cells.
著者: T Nishida / R Yoshimura / R Nishi / Y Imoto / Y Endo /
要旨: Electron tomography methods using the conventional transmission electron microscope have been widely used to investigate the three-dimensional distribution patterns of various cellular structures ...Electron tomography methods using the conventional transmission electron microscope have been widely used to investigate the three-dimensional distribution patterns of various cellular structures including microtubules in neurites. Because the penetrating power of electrons depends on the section thickness and accelerating voltage, conventional TEM, having acceleration voltages up to 200 kV, is limited to sample thicknesses of 0.2 µm or less. In this paper, we show that the ultra-high voltage electron microscope (UHVEM), employing acceleration voltages of higher than 1000 kV (1 MV), allowed distinct reconstruction of the three-dimensional array of microtubules in a 0.7-µm-thick neurite section. The detailed structure of microtubules was more clearly reconstructed from a 0.7-µm-thick section at an accelerating voltage of 1 MV compared with a 1.0 µm section at 2 MV. Furthermore, the entire distribution of each microtubule in a neurite could be reconstructed from serial-section UHVEM tomography. Application of optimised UHVEM tomography will provide new insights, bridging the gap between the structure and function of widely-distributed cellular organelles such as microtubules for neurite outgrowth. LAY DESCRIPTION: An optimal 3D visualisation of microtubule cytoskeleton using ultra-high voltage electron microscopy tomography The ultra-high voltage electron microscope (UHVEM) is able to visualise a micrometre-thick specimen at nanoscale spatial resolution because of the high-energy electron beam penetrating such a specimen. In this study, we determined the optimal conditions necessary for microtubule cytoskeleton imaging within 0.7-µm-thick section using a combination with UHVEM and electron tomography method. Our approach provides excellent 3D information about the complex arrangement of the individual microtubule filaments that make up the microtubule network.
履歴
登録2020年2月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月20日-
マップ公開2020年5月20日-
更新2020年5月20日-
現状2020年5月20日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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添付画像

emd_0995.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0995.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 174.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈700nm-thick neurite section of cultured PC12 cells (Magnification 15K)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
45.2 Å/pix.
x 97 pix.
= 4384.4 Å		45.2 Å/pix.
x 1008 pix.
= 45561.602 Å		45.2 Å/pix.
x 934 pix.
= 42216.801 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 45.2 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-18725 - 8072
平均 (標準偏差)629.7966 (±291.19156)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin2-22
サイズ100893497
Spacing934100897
セルA: 42216.8 Å / B: 45561.6 Å / C: 4384.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z45.20000107066445.20000198412745.2
M x/y/z934100897
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z42216.80145561.6024384.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-222
NC/NR/NS934100897
D min/max/mean-18725.0008072.000629.797

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Microtubule distribution in neurite of differentiated PC12 cell

全体名称: Microtubule distribution in neurite of differentiated PC12 cell
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Microtubule distribution in neurite of differentiated PC12 cell

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超分子 #1: Microtubule distribution in neurite of differentiated PC12 cell

超分子名称: Microtubule distribution in neurite of differentiated PC12 cell
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.3
染色タイプ: POSITIVE / 材質: Uranyl Acetate, Lead
糖包埋材質: resin
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 50 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR
切片作成ウルトラミクロトーム - 装置: Reichert-Jung Ultracut E
ウルトラミクロトーム - 温度: 300 K / ウルトラミクロトーム - 最終 厚さ: 700 nm
位置合わせマーカーManufacturer: BBI Solutions / 直径: 20 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡HITACHI H3000 UHVEM
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 13.0 e/Å2
電子線加速電圧: 1000 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 15000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用した粒子像数: 67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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