ChemComp-DPB: (S)-1-[2'-DEOXY-3',5'-O-(1-PHOSPHONO)BENZYLIDENE-B-D-THREO-PENTOF...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: DPB
• 名称: 名称: (S)-1-[2'-deoxy-3',5'-O-(1-phosphono)benzylidene-B-D-threo-pentofuranosyl]thymine; 別称: DPB-T

Chemical information

組成

組成式: C₁₇H₁₉N₂O₈P / 原子数: 47 / 化学式量: 410.315 / 形式電荷: 0

その他

DT

タイプ: DNA LINKING / PDB分類: ATOMN / 1文字コード: T / 3文字コード: DPB / 親要素: DT

履歴

作成	2003年9月17日
記述子を修正	2011年6月4日
Modify synonyms	2020年6月5日

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詳細

SMILES

• ACDLabs 10.04: O=C1C(=CN(C(=O)N1)C4OC2C(OC(OC2)(c3ccccc3)P(=O)(O)O)C4)C
• CACTVS 3.341: CC1=CN([CH]2C[CH]3O[C](OC[CH]3O2)(c4ccccc4)[P](O)(O)=O)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: CC1=CN(C(=O)NC1=O)C2CC3C(O2)COC(O3)(c4ccccc4)P(=O)(O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.341: CC1=CN([C@@H]2C[C@@H]3O[C@@](OC[C@@H]3O2)(c4ccccc4)[P](O)(O)=O)C(=O)NC1=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: CC1=CN(C(=O)NC1=O)[C@@H]2C[C@H]3[C@@H](O2)CO[C@](O3)(c4ccccc4)P(=O)(O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C17H19N2O8P/c1-10-8-19(16(21)18-15(10)20)14-7-12-13(26-14)9-25-17(27-12,28(22,23)24)11-5-3-2-4-6-11/h2-6,8,12-14H,7,9H2,1H3,(H,18,20,21)(H2,22,23,24)/t12-,13-,14-,17-/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: WTZFKHNHHRPQOU-WSMBLCCSSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 10.04: 1-{2-deoxy-3,5-O-[phenyl(phosphono)methylidene]-beta-L-threo-pentofuranosyl}-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: [(2S,4aS,6S,7aS)-6-(5-methyl-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl)-2-phenyl-4a,6,7,7a-tetrahydro-4H-furo[3,2-d][1,3]dioxin-2-yl]phosphonic acid

PDBエントリ

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PDB-1q91:
Crystal structure of human mitochondrial deoxyribonucleotidase in complex with the inhibitor DPB-T