ChemComp-RP3: 3-deoxy-5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: RP3
• 名称: 名称: 3-deoxy-5-O-phosphono-beta-D-ribofuranose; 別称: 3'-deoxy-D-ribofuranose-5'-phosphate; 3-deoxy-5-O-phosphono-beta-D-ribose; 3-deoxy-5-O-phosphono-D-ribose

Chemical information

組成

組成式: C₅H₁₁O₇P / 原子数: 24 / 化学式量: 214.11 / 形式電荷: 0

その他

5cx8

タイプ: D-saccharide, beta linking / PDB分類: ATOMS / 3文字コード: RP3 / 理論座標の詳細: Corina / モデル座標のPDB-ID: 5CX8

履歴

作成	2015年7月28日
公開	2015年10月21日
Other modification	2020年7月3日
Modify name	2020年7月17日
Modify synonyms	2020年7月17日
Modify internal type	2020年7月17日
Modify linking type	2020年7月17日
Modify atom id	2020年7月17日
Modify component atom id	2020年7月17日
Modify leaving atom flag	2020年7月17日

• 外部リンク: UniChem / ChemSpider / PubChem / ZINC / Wikipedia search / Google search

詳細

SMILES

• ACDLabs 12.01: OP(O)(=O)OCC1OC(C(C1)O)O
• CACTVS 3.385: O[CH]1C[CH](CO[P](O)(O)=O)O[CH]1O
• OpenEye OEToolkits 1.9.2: C1C(OC(C1O)O)COP(=O)(O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.385: O[C@@H]1C[C@@H](CO[P](O)(O)=O)O[C@H]1O
• OpenEye OEToolkits 1.9.2: C1[C@H](O[C@H]([C@@H]1O)O)COP(=O)(O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C5H11O7P/c6-4-1-3(12-5(4)7)2-11-13(8,9)10/h3-7H,1-2H2,(H2,8,9,10)/t3-,4+,5+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: OOLHLHJSMUTTHE-VPENINKCSA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 12.01: 3-deoxy-5-O-phosphono-beta-D-erythro-pentofuranose
• OpenEye OEToolkits 1.9.2: [(2S,4R,5R)-4,5-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate

IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL

• PDB-CARE 1.0: b-D-3-deoxy-Ribf5PO3

PDBエントリ

全1件を表示しています

PDB-5cx8:
Structure of RagB, a major immunodominant virulence factor of Porphyromonas gingivalis.