ChemComp-BVP: (E)-5-(2-BROMOVINYL)-2'-DEOXYURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB化学物質要素 / ID: BVP
• 名称: 名称: (E)-5-(2-bromovinyl)-2'-deoxyuridine-5'-monophosphate; 別称: BVDU-MP; 日化辞名称: 5-[(E)-2-ブロモビニル]-2′-デオキシ-5′-ウリジル酸

Chemical information

組成

組成式: C₁₁H₁₄BrN₂O₈P / 原子数: 37 / 化学式量: 413.115 / 形式電荷: 0

その他

1osn

DU

タイプ: DNA LINKING / PDB分類: ATOMN / 1文字コード: U / 3文字コード: BVP / モデル座標のPDB-ID: 1OSN / 親要素: DU

履歴

作成	2003年3月31日
記述子を修正	2011年6月4日
Modify synonyms	2020年6月5日

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詳細

SMILES

• ACDLabs 10.04: Br[C@H]=CC=1C(=O)NC(=O)N(C=1)C2OC(C(O)C2)COP(=O)(O)O
• CACTVS 3.341: O[CH]1C[CH](O[CH]1CO[P](O)(O)=O)N2C=C(C=CBr)C(=O)NC2=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: C1C(C(OC1N2C=C(C(=O)NC2=O)C=CBr)COP(=O)(O)O)O

SMILES CANONICAL

• CACTVS 3.341: O[C@H]1C[C@@H](O[C@@H]1CO[P](O)(O)=O)N2C=C(\C=C\Br)C(=O)NC2=O
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: C1[C@@H]([C@H](O[C@H]1N2C=C(C(=O)NC2=O)\C=C\Br)COP(=O)(O)O)O

InChI

• InChI 1.03: InChI=1S/C11H14BrN2O8P/c12-2-1-6-4-14(11(17)13-10(6)16)9-3-7(15)8(22-9)5-21-23(18,19)20/h1-2,4,7-9,15H,3,5H2,(H,13,16,17)(H2,18,19,20)/b2-1+/t7-,8+,9+/m0/s1

InChIKey

• InChI 1.03: LKWCVKAHHUJPQO-PIXDULNESA-N

SYSTEMATIC NAME

• ACDLabs 10.04: 5-[(E)-2-bromoethenyl]-2'-deoxyuridine 5'-(dihydrogen phosphate)
• OpenEye OEToolkits 1.5.0: [(2R,3S,5R)-5-[5-[(E)-2-bromoethenyl]-2,4-dioxo-pyrimidin-1-yl]-3-hydroxy-oxolan-2-yl]methyl dihydrogen phosphate

PDBエントリ

全4件を表示しています

PDB-1osn:
Crystal structure of Varicella zoster virus thymidine kinase in complex with BVDU-MP and ADP

PDB-2jaw:
Crystal structure of D41N variant of human mitochondrial 5'(3')- deoxyribonucleotidase (mdN) in complex with 5-bromovinyldeoxyuridine 5'-monophosphate

PDB-2w0s:
Crystal structure of vaccinia virus thymidylate kinase bound to brivudin-5'-monophosphate

PDB-4xsc:
Complex structure of thymidylate synthase from varicella zoster virus with a phosphorylated BVDU