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- PDB-1lve: STRUCTURE OF THE VARIABLE DOMAIN OF HUMAN IMMUNOGLOBULIN K-4 LIGH... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lve
タイトルSTRUCTURE OF THE VARIABLE DOMAIN OF HUMAN IMMUNOGLOBULIN K-4 LIGHT CHAIN LEN
要素LEN, A VARIABLE DOMAIN FROM KAPPA-4 TYPE
キーワードIMMUNOGLOBULIN / BENCE-JONES PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex / Scavenging of heme from plasma / antigen binding ...CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / immunoglobulin complex / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood microparticle / Potential therapeutics for SARS / adaptive immune response / immune response / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold ...: / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa variable 4-1 / Immunoglobulin kappa variable 4-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Schiffer, M. / Huang, D.-B. / Chang, C.-H.
引用
ジャーナル: Mol.Immunol. / 年: 1997
タイトル: Variable domain structure of kappaIV human light chain Len: high homology to the murine light chain McPC603.
著者: Huang, D.B. / Chang, C.H. / Ainsworth, C. / Johnson, G. / Solomon, A. / Stevens, F.J. / Schiffer, M.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.A / 年: 1996
タイトル: Structure of the Variable Domain of Human Immunoglobulin Kappa-Iv Light Chain Len
著者: Huang, D.-B. / Ainsworth, C. / Chang, C.-H. / Stevens, F.J. / Schiffer, M.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: Recombinant Immunoglobulin Variable Domains Generated from Synthetic Genes Provide a System for in Vitro Characterization of Light-Chain Amyloid Proteins
著者: Stevens, P.W. / Raffen, R. / Hanson, D.K. / Deng, Y.L. / Berrios-Hammond, M. / Westholm, F.A. / Murphy, C. / Eulitz, M. / Wetzel, R. / Solomon, A. / Schiffer, M. / Stevens, F.J.
履歴
登録1996年7月17日処理サイト: BNL
置き換え1998年1月21日ID: 1LVD
改定 1.01998年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LEN, A VARIABLE DOMAIN FROM KAPPA-4 TYPE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4231
ポリマ－13,4231
非ポリマー00
水2,216123
1
A: LEN, A VARIABLE DOMAIN FROM KAPPA-4 TYPE

A: LEN, A VARIABLE DOMAIN FROM KAPPA-4 TYPE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8462
ポリマ－26,8462
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
単位格子
Length a, b, c (Å)43.110, 83.530, 54.470
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-277-

HOH

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要素

#1: 抗体 LEN, A VARIABLE DOMAIN FROM KAPPA-4 TYPE


分子量: 13422.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01625, UniProt: P06312*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 33 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 1.5 M AMMONIUM SULFATE, PH 7.0
結晶化
*PLUS
手法: バッチ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17.5 mg/mlprotein11
21.5 Mammonium sulfate11

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: PICKER / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1990
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→23.4 Å / Num. obs: 7471 / % possible obs: 99 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: WAT (MONOMER 2)

解像度: 1.95→10 Å / σ(F): 3
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 -5 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.16 5053 67 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数890 0 0 123 1013
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0430.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0510.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.91
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it1.511.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it1.581.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0160.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1870.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2170.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2590.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor3.13
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.313
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor20.620
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.222 / Num. reflection obs: 793

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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