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万見
- PDB-1ip9: SOLUTION STRUCTURE OF THE PB1 DOMAIN OF BEM1P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ip9
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE PB1 DOMAIN OF BEM1P
要素BEM1 PROTEIN
キーワードSIGNALING PROTEIN / ubiquitin alpha/beta roll
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of vacuole fusion, non-autophagic / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / conjugation with cellular fusion / cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / site of polarized growth / PAR polarity complex / cellular bud site selection / incipient cellular bud site / cellular bud tip / maintenance of protein location ...positive regulation of vacuole fusion, non-autophagic / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / conjugation with cellular fusion / cell morphogenesis involved in conjugation with cellular fusion / site of polarized growth / PAR polarity complex / cellular bud site selection / incipient cellular bud site / cellular bud tip / maintenance of protein location / cellular bud neck / regulation of Rho protein signal transduction / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / mating projection tip / cell cortex / protein-macromolecule adaptor activity / molecular adaptor activity / cytoskeleton / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bem1/Scd2, SH3 domain 1 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / : / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. ...Bem1/Scd2, SH3 domain 1 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / : / PB1 domain / PB1 domain / : / PB1 domain profile. / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bud emergence protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / dynamical simulated annealing
データ登録者Terasawa, H. / Noda, Y. / Ito, T. / Hatanaka, H. / Ichikawa, S. / Ogura, K. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 2001
タイトル: Structure and ligand recognition of the PB1 domain: a novel protein module binding to the PC motif.
著者: Terasawa, H. / Noda, Y. / Ito, T. / Hatanaka, H. / Ichikawa, S. / Ogura, K. / Sumimoto, H. / Inagaki, F.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 2001
タイトル: Novel modular domain PB1 recognizes PC motif to mediate functional protein-protein interactions
著者: Ito, T. / Matsui, Y. / Ago, T. / Ota, K. / Sumimoto, H.
履歴
登録2001年4月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02001年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BEM1 PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5201
ポリマ－9,5201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 BEM1 PROTEIN


分子量: 9519.925 Da / 分子数: 1 / 断片: PB1 DOMAIN(RESIDUES 472-551) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
プラスミド: PPROEX-HTA / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P29366

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
131HNHA
141HNHB
151HN(CO)HB
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細内容: 2mM Bem PB1 U-15N, 13C; 50mM potassium phosphate pH 6.3; 150mM sodium chloride; 1mM sodium azide; 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O, 10% D2O, 100% D2O
試料状態イオン強度: 50mM potassium phosphate, 150mM sodium chloride
pH: 6.3 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS6001
Varian INOVAVarianINOVA5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1Brunger構造決定
X-PLOR3.1Brunger精密化
精密化手法: dynamical simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1334 restraints, 1269 are NOE-derived distance constraints, 65 dihedral angle restraints.
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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