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- PDB-1ijt: Crystal Structure of Fibroblast Growth Factor 4 (FGF4) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ijt
タイトルCrystal Structure of Fibroblast Growth Factor 4 (FGF4)
要素fibroblast growth factor 4
キーワードHORMONE/GROWTH FACTOR / b-trefoil fold / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


cranial suture morphogenesis / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / chondroblast differentiation / apoptotic process involved in morphogenesis / Specification of the neural plate border / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Developmental Lineage of Multipotent Pancreatic Progenitor Cells / mesenchymal cell proliferation / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation ...cranial suture morphogenesis / FGFRL1 modulation of FGFR1 signaling / chondroblast differentiation / apoptotic process involved in morphogenesis / Specification of the neural plate border / regulation of endothelial cell chemotaxis to fibroblast growth factor / Developmental Lineage of Multipotent Pancreatic Progenitor Cells / mesenchymal cell proliferation / Signaling by activated point mutants of FGFR3 / FGFR3c ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR3 / fibroblast growth factor receptor binding / FGFR2c ligand binding and activation / Activated point mutants of FGFR2 / FGFR4 ligand binding and activation / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR2 / Phospholipase C-mediated cascade; FGFR4 / Signaling by activated point mutants of FGFR1 / FGFR1c ligand binding and activation / Downstream signaling of activated FGFR1 / Phospholipase C-mediated cascade: FGFR1 / epithelial cell apoptotic process / embryonic hindlimb morphogenesis / cartilage condensation / PI-3K cascade:FGFR3 / PI-3K cascade:FGFR2 / PI-3K cascade:FGFR4 / positive regulation of stem cell proliferation / PI-3K cascade:FGFR1 / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of cell division / PI3K Cascade / somatic stem cell population maintenance / fibroblast growth factor receptor signaling pathway / SHC-mediated cascade:FGFR3 / SHC-mediated cascade:FGFR2 / SHC-mediated cascade:FGFR4 / SHC-mediated cascade:FGFR1 / FRS-mediated FGFR3 signaling / FRS-mediated FGFR2 signaling / FRS-mediated FGFR4 signaling / Signaling by FGFR3 in disease / FRS-mediated FGFR1 signaling / Signaling by FGFR2 in disease / Signaling by FGFR1 in disease / neurogenesis / regulation of cell migration / stem cell proliferation / cellular response to leukemia inhibitory factor / growth factor activity / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Negative regulation of FGFR1 signaling / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / PIP3 activates AKT signaling / cell-cell signaling / heparin binding / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RAF/MAP kinase cascade / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HBGF/FGF family signature. / Fibroblast growth factor family / Fibroblast growth factor / Acidic and basic fibroblast growth factor family. / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fibroblast growth factor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Bellosta, P. / Plotnikov, A.N. / Eliseenkova, A.V. / Basilico, C. / Mohammadi, M.
引用ジャーナル: Mol.Cell.Biol. / 年: 2001
タイトル: Identification of receptor and heparin binding sites in fibroblast growth factor 4 by structure-based mutagenesis.
著者: Bellosta, P. / Iwahori, A. / Plotnikov, A.N. / Eliseenkova, A.V. / Basilico, C. / Mohammadi, M.
履歴
登録2001年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月27日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fibroblast growth factor 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5594
ポリマ－14,2711
非ポリマー2883
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.367, 53.295, 56.231
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 fibroblast growth factor 4 / FGF4


分子量: 14270.591 Da / 分子数: 1 / 断片: b-trefoil domain / 変異: S182G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08620
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 8000, ammonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 43 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12 mg/mlprotein1drop
225 mMHEPES-NaOH1drop
3150 mM1dropNaCl
430 %PEG80001reservoir
50.2 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年11月15日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→25 Å / Num. all: 40562 / Num. obs: 40562 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.109 / % possible all: 99.5
反射
*PLUS
Num. obs: 11590 / Num. measured all: 40562
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2FGF

2fgf


解像度: 1.8→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2067 594 5.1 %RANDOM
Rwork0.1943 ---
all-11488 --
obs-11488 97.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS / Bsol: 74.852 Å2 / ksol: 0.571 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.65 Å20 Å20 Å2
2--0.683 Å20 Å2
3---2.967 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数993 0 15 96 1104
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004596
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.31288
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72077
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it0.6951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.0942
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.2282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it1.9392.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 25 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.1 % / Rfactor obs: 0.194
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31288
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.72077

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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