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万見
- PDB-1iie: HLA-DR ANTIGENS ASSOCIATED INVARIANT CHAIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1iie
タイトルHLA-DR ANTIGENS ASSOCIATED INVARIANT CHAIN
要素PROTEIN (HLA-DR ANTIGENS ASSOCIATED INVARIANT CHAIN)
キーワードMAJOR HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX / ANTIGEN PROCESSING / OLIGOMERIZATION / CHAPERONIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / macrophage migration inhibitory factor binding / negative regulation of T cell differentiation / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization ...negative regulation of peptide secretion / macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / NOS2-CD74 complex / MHC class II protein binding, via antigen binding groove / antigen processing and presentation of endogenous antigen / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / macrophage migration inhibitory factor binding / negative regulation of T cell differentiation / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / protein trimerization / macrophage migration inhibitory factor receptor complex / positive regulation of cytokine-mediated signaling pathway / T cell activation involved in immune response / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / T cell selection / positive regulation of type 2 immune response / host-mediated suppression of symbiont invasion / negative thymic T cell selection / MHC class II protein binding / negative regulation of mature B cell apoptotic process / positive regulation of kinase activity / positive regulation of monocyte differentiation / positive thymic T cell selection / vacuole / CD4 receptor binding / cytokine receptor activity / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / prostaglandin biosynthetic process / positive regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of T cell differentiation / regulation of macrophage activation / transport vesicle membrane / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / antigen processing and presentation / cytokine binding / nitric-oxide synthase binding / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / : / immunoglobulin mediated immune response / response to type II interferon / positive regulation of chemokine production / positive regulation of B cell proliferation / multivesicular body / protein folding chaperone / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / negative regulation of cell migration / trans-Golgi network membrane / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of interleukin-8 production / intracellular protein transport / MHC class II protein complex / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / ER to Golgi transport vesicle membrane / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / MHC class II protein complex binding / endocytic vesicle membrane / late endosome / amyloid-beta binding / protein-containing complex assembly / positive regulation of viral entry into host cell / lysosome / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / protein stabilization / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / cell surface / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HLA-dr Antigens Associated Invariant Chain; Chain A / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : ...HLA-dr Antigens Associated Invariant Chain; Chain A / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation / MHC class II-associated invariant chain/CLIP, MHC II-interacting / MHC class II-associated invariant chain / MHC class II-associated invariant chain, trimerisation domain superfamily / HLA class II histocompatibility antigen, gamma subunit / Class II MHC-associated invariant chain trimerisation domain / CLIP, MHC2 interacting / : / Thyroglobulin type-1 repeat signature. / Thyroglobulin type-1 / Thyroglobulin type-1 superfamily / Thyroglobulin type-1 repeat / Thyroglobulin type-1 domain profile. / Thyroglobulin type I repeats. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class II histocompatibility antigen gamma chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Jasanoff, A. / Wagner, G. / Wiley, D.C.
引用
ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Structure of a trimeric domain of the MHC class II-associated chaperonin and targeting protein Ii.
著者: Jasanoff, A. / Wagner, G. / Wiley, D.C.
#1: ジャーナル: J.Biomol.NMR / 年: 1998
タイトル: An Asymmetric Deuterium Labeling Strategy to Identify Interprotomer and Intraprotomer Noes in Oligomeric Proteins
著者: Jasanoff, A.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1995
タイトル: Invariant Chain Made in Escherichia coli Has an Exposed N-Terminal Segment that Blocks Antigen Binding to HLA-DR1 and a Trimeric C-Terminal Segment that Binds Empty HLA-DR1
著者: Park, S.-J. / Sadegh-Nasseri, S. / Wiley, D.C.
履歴
登録1999年2月2日処理サイト: RCSB
改定 1.01999年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年11月6日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly ...pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.42021年10月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_spectrometer.manufacturer
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HLA-DR ANTIGENS ASSOCIATED INVARIANT CHAIN)
B: PROTEIN (HLA-DR ANTIGENS ASSOCIATED INVARIANT CHAIN)
C: PROTEIN (HLA-DR ANTIGENS ASSOCIATED INVARIANT CHAIN)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9533
ポリマ－26,9533
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area7930 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area13240 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80LEAST RESTRAINT VIOLATION, GOOD GEOMETRY
代表モデルモデル #14

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (HLA-DR ANTIGENS ASSOCIATED INVARIANT CHAIN) / HLA CLASS II HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN / GAMMA CHAIN


分子量: 8984.300 Da / 分子数: 3 / 断片: ECTOPLASMIC TRIMERIZATION DOMAIN (RESIDUES 118-192) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: TRYPSIN-GENERATED FRAGMENT OF RECOMBINANT DOMAIN / 細胞内の位置: TYPE II TRANSMEMBRANE PROTEIN / 遺伝子: CD74 OR DHLAG / プラスミド: PQE9 / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / Variant (発現宿主): II H94-216 (I94) / 参照: UniProt: P04233

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111NOESY
121TOCSY
131HSQC
141TRIPLE RESONANCE
NMR実験の詳細Text: THE STRUCTURE WAS DETERMINED USING DOUBLE- AND TRIPLE-RESONANCE EXPERIMENTS ON SAMPLES OF II 118-192 LABELED WITH COMBINATIONS OF 2H, 13C, AND 15N

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試料調製

試料状態pH: 6.7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Varian UNITYPLUSVarianUNITYPLUS5002
Varian INOVAVarianINOVA7503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.1BRUNGER精密化
X-PLOR3.1BRUNGERstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: THE TRIMER STRUCTURE WAS CALCULATED USING A SIMULATED ANNEALING PROTOCOL BASED ON THE DIMER REFINEMENT METHODS OF NILGES, PROTEINS 17 : 297-309 (1993)
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LEAST RESTRAINT VIOLATION, GOOD GEOMETRY
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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