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- PDB-1h6s: Asymmetric conductivity of engineered proteins -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h6s
タイトルAsymmetric conductivity of engineered proteins
要素PORIN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / INTEGRAL MEMBRANE PROTEIN PORIN
機能・相同性
機能・相同性情報


porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Gram-negative porin / Porin domain, Gram-negative type / Porin / Porin domain superfamily / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種RHODOPSEUDOMONAS BLASTICA (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Bannwarth, M. / Schulz, G.E.
引用ジャーナル: Protein Eng. / 年: 2002
タイトル: Asymmetric Conductivity of Engineered Porins
著者: Bannwarth, M. / Schulz, G.E.
履歴
登録2001年6月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "1A" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "1A" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 16-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 17-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: PORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2231
ポリマ－32,2231
非ポリマー00
水00
1
1: PORIN

1: PORIN

1: PORIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6683
ポリマ－96,6683
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.200, 104.200, 124.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PORIN


分子量: 32222.725 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: INSERT SEQUENCE, GGGGPKLAKMEKARGGGG
由来: (組換発現) RHODOPSEUDOMONAS BLASTICA (バクテリア)
解説: RECOMBINANT ESCHERICHIA COLI. SYNTHETIC DNA INSERTION
プラスミド: PET-3B-INS41L / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P39767
構成要素の詳細CHAIN 1 AN 18 AMINO ACID INSERTION BETWEEN ASN 203 AND ASP 203 CHAIN 1 ENGINEERED MUTAION E1M: ...CHAIN 1 AN 18 AMINO ACID INSERTION BETWEEN ASN 203 AND ASP 203 CHAIN 1 ENGINEERED MUTAION E1M: EXPRESSION SYSTEM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.63 %
結晶化pH: 4.8
詳細: 50 MM NAOAC PH 4.75, 100 MM (NH4)2SO4, 5.5 % PEG4000
結晶化
*PLUS
pH: 4.75 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
150 mM1droppH4.75NaOAc
2100 mMammonium sulfate1drop
35.5 %PEG40001drop
45 mMoctyltetraoxyethylene1drop
512.5 mMdecanoyl sucrose1drop
65 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200B / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年10月14日
放射モノクロメーター: NI-FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→36 Å / Num. obs: 10136 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 37.904 Å2 / Net I/σ(I): 19.1
反射 シェル解像度: 3→3.03 Å / 冗長度: 6.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99
反射
*PLUS
% possible obs: 99 % / Num. measured all: 66659 / Rmerge(I) obs: 0.081
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 3.15 Å / Num. unique obs: 1498 / Num. measured obs: 9696 / Rmerge(I) obs: 0.184

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
TRUNCATEデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PRN

1prn


解像度: 3→36 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: RMSD / σ(F): 3
詳細: INSERT REGION IS DISORDERED ONLY MISSING BOND IN COMPARISON TO WT IS SEEN.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 538 5.3 %
Rwork0.197 --
obs0.197 66659 99 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.268 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2882 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.2253 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2164 0 0 0 2164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006533
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.28038
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d26.47026
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.5945
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3→3.14 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 60 5.3 %
Rwork0.234 957 -
obs--99 %
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.297 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg26.47026
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.5945

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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