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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h6j | ||||||
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タイトル | The three-dimensional structure of capsule-specific CMP:2-keto-3-deoxy-manno-octonic acid synthetase from Escherichia coli | ||||||
要素 | 3-DEOXY-MANNO-OCTULOSONATE CYTIDYLYLTRANSFERASE | ||||||
キーワード | NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / CMP-KDO SYNTHETASE / CAPSULAR POLYSACCHARIDE / SACCHARIDE ACTIVATION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase / 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase activity / CMP-keto-3-deoxy-D-manno-octulosonic acid biosynthetic process / lipopolysaccharide biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.32 Å | ||||||
Model type details | CA ATOMS ONLY, CHAIN A, B | ||||||
データ登録者 | Jelakovic, S. / Jann, K. / Schulz, G.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1996 タイトル: The Three-Dimensional Structure of Capsule-Specific Cmp:2-Keto-3-Deoxy-Manno-Octonic Acid Synthetase from Escherichia Coli 著者: Jelakovic, S. / Jann, K. / Schulz, G.E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h6j.cif.gz | 25.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h6j.ent.gz | 14.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h6j.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h6j_validation.pdf.gz | 347.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h6j_full_validation.pdf.gz | 347.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1h6j_validation.xml.gz | 1.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h6j_validation.cif.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/1h6j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h6/1h6j | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.044215, 0.857698, -0.51225), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27059.912 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K5 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) 参照: UniProt: P42216, 3-deoxy-manno-octulosonate cytidylyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.13 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 9.4 / 詳細: pH 9.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→25 Å / Num. obs: 22560 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 25 Å / % possible obs: 95 % |
-解析
ソフトウェア | 名称: X-PLOR / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.32→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.32→10 Å
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拘束条件 |
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