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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1h1k | ||||||
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タイトル | THE BLUETONGUE VIRUS (BTV) CORE BINDS DSRNA | ||||||
要素 | (RNA) x 6 | ||||||
キーワード | VIRUS/VIRAL PROTEIN/RNA / VIRUS / VIRAL PROTEIN / RNA / VIRUS-VIRAL PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 10 Å | ||||||
データ登録者 | Diprose, J.M. / Grimes, J.M. / Sutton, G.C. / Burroughs, J.N. / Meyer, A. / Maan, S. / Mertens, P.P.C. / Stuart, D.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2002 タイトル: The Core of Bluetongue Virus Binds Double-Stranded RNA 著者: Diprose, J.M. / Grimes, J.M. / Sutton, G.C. / Burroughs, J.N. / Meyer, A. / Maan, S. / Mertens, P.P.C. / Stuart, D.I. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1998 タイトル: The Atomic Structure of the Bluetongue Virus Core 著者: Grimes, J.M. / Burroughs, J.N. / Gouet, P. / Diprose, J.M. / Malby, R. / Zientras, S. / Mertens, P.P. / Stuart, D.I. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1h1k.cif.gz | 980.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1h1k.ent.gz | 639.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1h1k.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1h1k_validation.pdf.gz | 414.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1h1k_full_validation.pdf.gz | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 1h1k_validation.xml.gz | 315 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1h1k_validation.cif.gz | 422.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1k ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h1/1h1k | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-RNA鎖 , 6種, 6分子 IJKLMN
#1: RNA鎖 | 分子量: 135587.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス) 株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA) |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 90815.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス) 株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA) |
#3: RNA鎖 | 分子量: 87194.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス) 株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA) |
#4: RNA鎖 | 分子量: 126095.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス) 株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA) |
#5: RNA鎖 | 分子量: 84456.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス) 株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA) |
#6: RNA鎖 | 分子量: 81088.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス) 株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA) |
-詳細
構成要素の詳細 | THIS ENTRY CORRESPONDS TO ONLY THE RNA MODEL WHICH WAS BUILT INTO THE BLUE TONGUE VIRUS STRUCTURE ...THIS ENTRY CORRESPOND |
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配列の詳細 | THIS SUBMISSION IS AN RNA MODEL THAT HAS BEEN RIGID BODY FITTED INTO A 10A DIFFERENCE FOURIER ...THIS SUBMISSION |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1045 |
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-試料調製
結晶 | 解説: OVER 1000 CRYSTALS EXAMINED. DATA WERE COLLECTED DURING 1995-1997. WAVELENGTHS BETWEEN 0.87 - 1.00. | ||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8 詳細: 15% AMMONIUM SULPHATE, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M TRIS/HCL BUFFER PH 8.0 | ||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Diprose, J.M., (2001) EMBO J., 20, 7229. | ||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 281 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→100 Å / Num. obs: 3524397 / % possible obs: 54 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Net I/σ(I): 2.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.5→4 Å / 冗長度: 1.06 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / % possible all: 7.8 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 10 Å / 最低解像度: 105 Å / Num. obs: 251202 / % possible obs: 94.7 % / Num. measured all: 490727 / Rmerge(I) obs: 0.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 最高解像度: 10 Å 詳細: THE MODEL WAS BUILT INTO A 10A DIFFERENCE FOURIER ELECTRON DENSITY MAP CALCULATED BETWEEN NATIVE BLUETONGUE CORE DATA AND THE MODEL FOR THE CORE PARTICLE. CNS WAS USED TO RIGID BODY REFINE ...詳細: THE MODEL WAS BUILT INTO A 10A DIFFERENCE FOURIER ELECTRON DENSITY MAP CALCULATED BETWEEN NATIVE BLUETONGUE CORE DATA AND THE MODEL FOR THE CORE PARTICLE. CNS WAS USED TO RIGID BODY REFINE THE MODEL AGAINST THE STRUCTURE FACTOR AMPLITUDES CALCULATED FROM THE DIFFERENCE MAP USING BASE PAIRS AS RIGID BODIES. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 10 Å
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