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- PDB-1h1k: THE BLUETONGUE VIRUS (BTV) CORE BINDS DSRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h1k
タイトルTHE BLUETONGUE VIRUS (BTV) CORE BINDS DSRNA
要素(RNA) x 6
キーワードVIRUS/VIRAL PROTEIN/RNA / VIRUS / VIRAL PROTEIN / RNA / VIRUS-VIRAL PROTEIN-RNA complex
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 10 Å
データ登録者Diprose, J.M. / Grimes, J.M. / Sutton, G.C. / Burroughs, J.N. / Meyer, A. / Maan, S. / Mertens, P.P.C. / Stuart, D.I.
引用
ジャーナル: J.Virol. / 年: 2002
タイトル: The Core of Bluetongue Virus Binds Double-Stranded RNA
著者: Diprose, J.M. / Grimes, J.M. / Sutton, G.C. / Burroughs, J.N. / Meyer, A. / Maan, S. / Mertens, P.P.C. / Stuart, D.I.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1998
タイトル: The Atomic Structure of the Bluetongue Virus Core
著者: Grimes, J.M. / Burroughs, J.N. / Gouet, P. / Diprose, J.M. / Malby, R. / Zientras, S. / Mertens, P.P. / Stuart, D.I.
履歴
登録2002年7月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年9月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
I: RNA
J: RNA
K: RNA
L: RNA
M: RNA
N: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)605,2386
ポリマ－605,2386
非ポリマー00
水00
1
I: RNA
L: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,6832
ポリマ－261,6832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
J: RNA
M: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,2722
ポリマ－175,2722
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
K: RNA
N: RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,2832
ポリマ－168,2832
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)795.600, 821.800, 753.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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RNA鎖 , 6種, 6分子 IJKLMN

#1: RNA鎖 RNA


分子量: 135587.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス)
株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA)
#2: RNA鎖 RNA


分子量: 90815.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス)
株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA)
#3: RNA鎖 RNA


分子量: 87194.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス)
株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA)
#4: RNA鎖 RNA


分子量: 126095.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス)
株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA)
#5: RNA鎖 RNA


分子量: 84456.609 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス)
株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA)
#6: RNA鎖 RNA


分子量: 81088.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) BLUETONGUE VIRUS (ブルータングウイルス)
株: STEROTYPE 1 (SOUTH AFRICA)

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詳細

構成要素の詳細THIS ENTRY CORRESPONDS TO ONLY THE RNA MODEL WHICH WAS BUILT INTO THE BLUE TONGUE VIRUS STRUCTURE ...THIS ENTRY CORRESPONDS TO ONLY THE RNA MODEL WHICH WAS BUILT INTO THE BLUE TONGUE VIRUS STRUCTURE DATA. IN ORDER TO VIEW THE WHOLE VIRUS IN CONJUNCTION WITH THE NUCLEIC ACID TEMPLATE, THIS ENTRY MUST BE SEEN TOGETHER WITH PDB ENTRY 2BTV, WHICH ALSO CONTAINS THE SYMMETRY TRANSFORMATIONS NECESSARY TO BUILD THE WHOLE CAPSID.
配列の詳細THIS SUBMISSION IS AN RNA MODEL THAT HAS BEEN RIGID BODY FITTED INTO A 10A DIFFERENCE FOURIER ...THIS SUBMISSION IS AN RNA MODEL THAT HAS BEEN RIGID BODY FITTED INTO A 10A DIFFERENCE FOURIER ELECTRON DENSITY MAP BETWEEN NATIVE BLUETONGUE CORE DATA AND THE MODEL FOR THE CORE PARTICLE. THERE IS NO RELEVANCE IN THE SEQUENCE OF THE BASES IN THE RNA MODEL.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1045

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試料調製

結晶解説: OVER 1000 CRYSTALS EXAMINED. DATA WERE COLLECTED DURING 1995-1997. WAVELENGTHS BETWEEN 0.87 - 1.00.
結晶化pH: 8
詳細: 15% AMMONIUM SULPHATE, 25% ETHYLENE GLYCOL, 0.1M TRIS/HCL BUFFER PH 8.0
結晶化
*PLUS
pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Diprose, J.M., (2001) EMBO J., 20, 7229.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 %satammonium sulfate1reservoir
225 %ethylene glycol1reservoir
30.1 MTris-HCl1reservoirpH8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 281 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→100 Å / Num. obs: 3524397 / % possible obs: 54 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.229 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 3.5→4 Å / 冗長度: 1.06 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 0.72 / % possible all: 7.8
反射
*PLUS
最高解像度: 10 Å / 最低解像度: 105 Å / Num. obs: 251202 / % possible obs: 94.7 % / Num. measured all: 490727 / Rmerge(I) obs: 0.1

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解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 最高解像度: 10 Å
詳細: THE MODEL WAS BUILT INTO A 10A DIFFERENCE FOURIER ELECTRON DENSITY MAP CALCULATED BETWEEN NATIVE BLUETONGUE CORE DATA AND THE MODEL FOR THE CORE PARTICLE. CNS WAS USED TO RIGID BODY REFINE ...詳細: THE MODEL WAS BUILT INTO A 10A DIFFERENCE FOURIER ELECTRON DENSITY MAP CALCULATED BETWEEN NATIVE BLUETONGUE CORE DATA AND THE MODEL FOR THE CORE PARTICLE. CNS WAS USED TO RIGID BODY REFINE THE MODEL AGAINST THE STRUCTURE FACTOR AMPLITUDES CALCULATED FROM THE DIFFERENCE MAP USING BASE PAIRS AS RIGID BODIES.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 40008 0 0 40008

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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