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- PDB-1h05: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h05
タイトル3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE FROM MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS IN COMPLEX WITH SULPHATE
要素3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
キーワードDEHYDRATASE / SHIKIMATE PATHWAY / ALPHA/BETA PROTEIN / LYASE / AROMATIC AMINO ACID BIOSYNTHESIS
機能・相同性
機能・相同性情報


quinate catabolic process / Chorismate via Shikimate Pathway / 3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II, conserved site / Dehydroquinase class II signature. / Dehydroquinase, class II / Dehydroquinase, class II superfamily / Dehydroquinase class II / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-dehydroquinate dehydratase / 3-dehydroquinate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Roszak, A.W. / Coggins, J.R. / Lapthorn, A.J.
引用
ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2002
タイトル: Specificity of Substrate Recognition by Type II Dehydroquinases as Revealed by Binding of Polyanions(1)
著者: Evans, L. / Roszak, A.W. / Noble, L. / Robinson, D. / Chalk, P. / Matthews, J. / Coggins, J.R. / Price, N. / Lapthorn, A.J.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1999
タイトル: The Two Types of 3-Dehydroquinase Have Different Structures But Catalyze the Same Overall Reaction
著者: Gourley, D.G. / Shrive, A.K. / Polikarpov, I. / Krell, T. / Coggins, J.R. / Hawkins, A.R. / Isaacs, N.W. / Sawyer, L.
履歴
登録2002年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0615
ポリマ－15,6771
非ポリマー3844
水3,603200
1
A: 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
ヘテロ分子
x 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)192,73260
ポリマ－188,12112
非ポリマー4,61148
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation27_555-x+1/2,y,-z+1/21
crystal symmetry operation17_554z,x+1/2,y-1/21
crystal symmetry operation45_455y-1/2,z+1/2,x1
crystal symmetry operation31_564-z+1/2,-x+1,y-1/21
crystal symmetry operation35_465y-1/2,-z+1,-x+1/21
crystal symmetry operation44_556-z+1/2,x+1/2,-y+11
crystal symmetry operation22_655-y+1,z+1/2,-x+1/21
crystal symmetry operation6_566z,-x+1,-y+11
crystal symmetry operation12_665-y+1,-z+1,x1
crystal symmetry operation16_565x,-y+3/2,-z+1/21
crystal symmetry operation38_565-x+1/2,-y+3/2,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)126.635, 126.635, 126.635
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-202-

SO4

21A-202-

SO4

31A-2031-

HOH

41A-2045-

HOH

51A-2127-

HOH

61A-2150-

HOH

71A-2160-

HOH

81A-2178-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE / 3-DEHYDROQUINASE / TYPE 2 DHQASE


分子量: 15676.737 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)
株: H37RV / プラスミド: MPET / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P36918, UniProt: P9WPX7*PLUS, 3-dehydroquinate dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYZES TRANS-DEHYDRATION VIA AN ENOLATE INTERMEDIATE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.5 %
解説: LOW COMPLETENESS AND REDUNDANCY IN HIGHEST RESOLUTION SHELL AS DATA WERE PROCESSED TO CORNERS OF CCD DETECTOR
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 30% MPD, 0.5M AMMONIUM SULPHATE 0.1M HEPES PH 7.5
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
17 mg/mlprotein1drop
230 %MPD1reservoir
30.5 Mammonium sulfate1reservoir
40.1 MHEPES1reservoirpH7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 24274 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / Rmerge(I) obs: 0.832 / % possible all: 32.7
反射
*PLUS
最高解像度: 1.45 Å / Num. measured all: 85115
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 32.7 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2DHQ

2dhq


解像度: 1.5→30 Å / σ(F): 0 / ESU R: 0.08894 / ESU R Free: 0.07971
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.191 2427 10 %RANDOM
Rwork0.139 ---
obs-24274 89.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1045 0 20 200 1265
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg1
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.57 Å / Rfactor Rwork: 0.1 / Num. reflection Rwork: 1141 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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