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- PDB-1ekq: CRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN R3 SPACE GROUP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ekq
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE IN R3 SPACE GROUP
要素HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
キーワードTRANSFERASE / Alpha-beta
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxyethylthiazole kinase / hydroxyethylthiazole kinase activity / thiamine biosynthetic process / thiamine diphosphate biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Hydroxyethylthiazole kinase / Hydroxyethylthiazole kinase family / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Hydroxyethylthiazole kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Campobasso, N. / Mathews, I.I. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of 4-methyl-5-beta-hydroxyethylthiazole kinase from Bacillus subtilis at 1.5 A resolution.
著者: Campobasso, N. / Mathews, I.I. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2000年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年2月15日Group: Derived calculations
改定 1.42014年11月12日Group: Non-polymer description
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE
B: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5442
ポリマ－56,5442
非ポリマー00
水4,648258
1
A: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE

A: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE

A: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8163
ポリマ－84,8163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area26760 Å2
手法PISA
2
B: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE

B: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE

B: HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8163
ポリマ－84,8163
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area5280 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area26520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.5, 77.5, 230.4
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 120
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-341-

HOH

21A-342-

HOH

31B-351-

HOH

41B-398-

HOH

詳細Biological assembly is a trimer. The crystallographic three-fold generates two trimers from chain A and chain B, respectively.

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要素

#1: タンパク質 HYDROXYETHYLTHIAZOLE KINASE


分子量: 28272.166 Da / 分子数: 2 / 変異: C198(CSD) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39593, hydroxyethylthiazole kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100mM Tris, 100mM ammonium sulfate, 30% PEG4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49 %
結晶化
*PLUS
詳細: drop consists of equal volume of protein and reservoir solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein1drop
2100 mMTris-HCl1reservoir
3100 mMammonium sulfate1reservoir
430 %(w/v)PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.914
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 1996年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 83000 / Num. obs: 73978 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 15
反射 シェル解像度: 1.5→1.57 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.158 / % possible all: 55
反射
*PLUS
Num. measured all: 264643
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 55 % / Mean I/σ(I) obs: 4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MLPHARE位相決定
X-PLOR3.843精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.5→20 Å / σ(F): 2 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 3437 -Random
Rwork0.216 ---
all-69857 --
obs-67629 82 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3716 0 0 258 3974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.29
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.34
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.34
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.5 Å / 最低解像度: 1.57 Å / Rfactor Rfree: 0.306 / Rfactor Rwork: 0.291

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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