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- PDB-1cwn: CRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE ALDEHYDE REDUCTASE HOLOENZYME -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cwn
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF PORCINE ALDEHYDE REDUCTASE HOLOENZYME
要素ALDEHYDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM-BARREL / NADP
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / 酸化還元酵素 / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / L-ascorbic acid biosynthetic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity ...glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / 酸化還元酵素 / S-nitrosoglutathione reductase (NADPH) activity / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / L-ascorbic acid biosynthetic process / methylglyoxal reductase (NADPH) (acetol producing) activity / L-glucuronate reductase activity / D/L-glyceraldehyde reductase / glycerol dehydrogenase (NADP+) activity / cellular detoxification of aldehyde / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / aldose reductase (NADPH) activity / lipid metabolic process / apical plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 1 member A1 / Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Aldo-keto reductase family 1 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者El-Kabbani, O.
引用
ジャーナル: Protein Pept.Lett. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure of porcine aldehyde reductase at 2.0 angstrom resolution: Modeling an inhibitor in the active site of the enzyme.
著者: ElKabbani, O. / Carper, D.A. / McGowan, M.H. / Ginell, S.L.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1995
タイトル: Structure of Porcine Aldehyde Reductase Holoenzyme
著者: El-Kabbani, O. / Judge, K. / Ginell, S.L. / Myles, D.A. / Delucas, L.J. / Flynn, T.G.
履歴
登録1996年7月30日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDEHYDE REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,1962
ポリマ－36,4531
非ポリマー7431
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)67.200, 67.200, 243.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 ALDEHYDE REDUCTASE / ALR1 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 36452.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: KIDNEY / 組織: MEDULLA, CORTEX / 参照: UniProt: P50578, alcohol dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 %

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データ収集

回折平均測定温度: 108 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 1.00615
検出器検出器: CCD / 日付: 1995年6月15日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00615 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 21648 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.03

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
MADNESデータ削減
精密化解像度: 2→6 Å / σ(F): 4 /
Rfactor反射数
Rwork0.2 -
obs0.2 20127
原子変位パラメータBiso mean: 16.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.22 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数324 0 48 0 372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it2.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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