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万見
- PDB-1bo1: PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE KINASE TYPE II BETA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bo1
タイトルPHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE KINASE TYPE II BETA
要素PROTEIN (PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE KINASE IIBETA)
キーワードTRANSFERASE / LIPID SIGNALING
機能・相同性
機能・相同性情報


1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PI5P Regulates TP53 Acetylation ...1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase / 1-phosphatidylinositol-5-phosphate 4-kinase activity / 1-phosphatidyl-1D-myo-inositol 4,5-bisphosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs in the nucleus / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase activity / autophagosome-lysosome fusion / positive regulation of autophagosome assembly / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / PI5P Regulates TP53 Acetylation / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / autophagosome / regulation of autophagy / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / cell surface receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / protein homodimerization activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. ...Phosphatidylinositol Phosphate Kinase Iibeta; Chain: A, domain 2 / 2-Layer Sandwich / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol Phosphate Kinase II Beta / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, core / : / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase, N-terminal / Phosphatidylinositol-4-phosphate 5-Kinase / Phosphatidylinositol phosphate kinase (PIPK) domain profile. / Phosphatidylinositol phosphate kinases / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 5-phosphate 4-kinase type-2 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Rao, V.D. / Misra, S. / Boronenkov, I.V. / Anderson, R.A. / Hurley, J.H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Structure of type IIbeta phosphatidylinositol phosphate kinase: a protein kinase fold flattened for interfacial phosphorylation.
著者: Rao, V.D. / Misra, S. / Boronenkov, I.V. / Anderson, R.A. / Hurley, J.H.
履歴
登録1998年8月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE KINASE IIBETA)
B: PROTEIN (PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE KINASE IIBETA)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,8962
ポリマ－94,8962
非ポリマー00
水34219
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)109.915, 182.403, 106.472
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.996792, 0.067419, -0.043137), (-0.029964, -0.814091, -0.579964), (-0.074218, -0.576811, 0.813499)
ベクター: 78.7441, 81.5331, 28.7918)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (PHOSPHATIDYLINOSITOL PHOSPHATE KINASE IIBETA) / PIPK


分子量: 47447.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 解説: HUMAN ENZYME CLONED INTO E.COLI. / プラスミド: PET28B / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P78356, 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 5-kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化pH: 5.6
詳細: 100MM SODIUM CITRATE PH5.6 200MM MAGNESIUM ACETATE 100MM LITHIUM ACETATE 16% PEG (4000)
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
1100 mMsodium citrate1reservoirpH5.6
2200 mMmagnesium acetate1reservoir
3100 mMlithium acetate1reservoir
413-17 %PEG40001reservoir
513-17 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20 Å / Num. obs: 21621 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 10.2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Rsym value: 0.325 / % possible all: 98.3
反射
*PLUS
Num. measured all: 297963 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.3 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
X-PLOR3.8精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3→6 Å / Data cutoff high absF: 100000 / Data cutoff low absF: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.299 95 5 %RANDOM
Rwork0.229 ---
obs0.229 17398 94.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 48.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5141 0 0 20 5161
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.45
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.339
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 3→3.12 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3098 95 5 %
Rwork0.254 1990 -
obs--94.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION3PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.455
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.726
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.339
LS精密化 シェル
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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