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万見
- PDB-1bdx: E. COLI DNA HELICASE RUVA WITH BOUND DNA HOLLIDAY JUNCTION, ALPHA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1bdx
タイトルE. COLI DNA HELICASE RUVA WITH BOUND DNA HOLLIDAY JUNCTION, ALPHA CARBONS AND PHOSPHATE ATOMS ONLY
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
  • HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA
キーワードTRANSFERASE/DNA / DNA-BINDING / BRANCH MIGRATION / HOLLIDAY JUNCTION / RUV / COMPLEX DNA-BINDING PROTEIN-DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Holliday junction helicase complex / Holliday junction resolvase complex / four-way junction helicase activity / SOS response / recombinational repair / four-way junction DNA binding / response to radiation / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial DNA recombination protein RuvA / Holliday junction DNA helicase RuvA, C-terminal / DNA helicase, Holliday junction RuvA type, domain I, bacterial / RuvA, C-terminal domain superfamily / RuvA N terminal domain / RuvA, C-terminal domain / RuvA domain 2-like / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Holliday junction branch migration complex subunit RuvA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換, 多重同系置換 / 解像度: 6 Å
データ登録者Hargreaves, D. / Rice, D.W. / Sedelnikova, S.E. / Artymiuk, P.J. / Lloyd, R.G. / Rafferty, J.B.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of E.coli RuvA with bound DNA Holliday junction at 6 A resolution.
著者: Hargreaves, D. / Rice, D.W. / Sedelnikova, S.E. / Artymiuk, P.J. / Lloyd, R.G. / Rafferty, J.B.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1996
タイトル: Crystal Structure of DNA Recombination Protein Ruva and a Model for its Binding to the Holliday Junction
著者: Rafferty, J.B. / Sedelnikova, S.E. / Hargreaves, D. / Artymiuk, P.J. / Baker, P.J. / Sharples, G.J. / Mahdi, A.A. / Lloyd, R.G. / Rice, D.W.
履歴
登録1998年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
J: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
K: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
L: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
M: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3')
A: HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA
B: HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA
C: HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA
D: HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,0398
ポリマ－108,0398
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.000, 148.000, 105.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 123.00, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99999, 0.00034, 0.00518), (0.00034, -0.99149, 0.13018), (0.00518, 0.13018, 0.99148)73.71131, -3.18269, 0.01618
2given(1.0E-5, -0.9977, 0.06782), (0.99804, 0.00425, 0.06249), (-0.06264, 0.06769, 0.99574)35.26724, -38.3683, 2.41632
3given(1.0E-5, 0.99804, -0.06264), (-0.9977, 0.00426, 0.06769), (0.06782, 0.0625, 0.99574)38.44391, 35.18567, -2.40027

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*AP*TP*GP*CP*AP*TP*GP*C)-3') / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 4898.191 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
HOLLIDAY JUNCTION DNA HELICASE RUVA / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 22111.668 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
生物種: Escherichia coli / 株: BL21 / Variant: DE3 / プラスミド: PAM159 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): RUVA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P0A809

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
解説: MOLECULAR REPLACEMENT PHASES WERE ONLY GOOD ENOUGH TO USE IN LOCATING HEAVY ATOMS BY DIFFERENCE FOURIER AND WERE THEN ABANDONED IN FAVOUR OF MIR PHASES.
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PROTEIN/DNA COMPLEX WAS CRYSTALLISED FROM 0.85M SODIUM ACETATE BUFFERED WITH 100MM IMIDAZOLE AT PH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM ACETATE11
2IMIDAZOLE11
3SODIUM ACETATE12
4IMIDAZOLE12
結晶化
*PLUS
詳細: Hargreaves, D., (1999) Acta. Crystallogr., D55, 263.
PH range low: 7.5 / PH range high: 6.5
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
19 mg/mlprotein1drop
20.1 Mimidazole-HCl1reservoir
30.70-0.95 Msodium acetate1reservoir
41

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.87
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87 Å / 相対比: 1
反射解像度: 5.7→17.6 Å / Num. obs: 5263 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rsym value: 0.043 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 5.7→6.01 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 94.2
反射
*PLUS
% possible obs: 94 % / Num. measured all: 10906

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
MLPHARE位相決定
Oモデル構築
DENZOデータ削減
CCP4(AGROVATAデータスケーリング
ROTAVATAデータスケーリング
CCP4位相決定
TFFC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換, 多重同系置換
開始モデル: 1CUK

1cuk


最高解像度: 6 Å
詳細: OWING TO THE LOW RESOLUTION OF THE DATA, NO POSITIONAL REFINEMENT OF THE PROTEIN RESIDUES OR DNA WAS PERFORMED
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数760 64 0 0 824

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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