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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1au1 | ||||||||||||
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タイトル | HUMAN INTERFERON-BETA CRYSTAL STRUCTURE | ||||||||||||
要素 | INTERFERON-BETA | ||||||||||||
キーワード | INTERFERON / HELICAL CYTOKINE / IMMUNE SYSTEM / CYTOKINE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of MHC class I biosynthetic process / B cell activation involved in immune response / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / type I interferon receptor binding / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / natural killer cell activation ...regulation of MHC class I biosynthetic process / B cell activation involved in immune response / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / type I interferon receptor binding / negative regulation of T cell differentiation / natural killer cell activation involved in immune response / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / negative regulation of T-helper 2 cell cytokine production / T cell activation involved in immune response / natural killer cell activation / positive regulation of innate immune response / TRAF6 mediated IRF7 activation / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / B cell proliferation / response to exogenous dsRNA / humoral immune response / Regulation of IFNA/IFNB signaling / cellular response to interferon-beta / B cell differentiation / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cytokine activity / response to virus / cytokine-mediated signaling pathway / Interferon alpha/beta signaling / blood coagulation / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Oxidative Stress Induced Senescence / defense response to virus / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Karpusas, M. / Nolte, M. / Lipscomb, W. | ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1997 タイトル: The crystal structure of human interferon beta at 2.2-A resolution. 著者: Karpusas, M. / Nolte, M. / Benton, C.B. / Meier, W. / Lipscomb, W.N. / Goelz, S. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1au1.cif.gz | 98.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1au1.ent.gz | 80.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1au1.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/1au1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/1au1 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20054.080 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): CHO 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P01574 #2: 多糖 | beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D- ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-2)-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-D-quinovopyranose-(1-6)]beta-D-glucopyranose | #3: 多糖 | alpha-D-quinovopyranose-(1-6)-beta-D-glucopyranose | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.43 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 108 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年1月10日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 18405 / % possible obs: 83.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / Rmerge(I) obs: 0.0766 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: RESIDUES 28 - 30 OF MOLECULE B HAVE NOT BEEN MODELED DUE TO WEAK ELECTRON DENSITY.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.81 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |