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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ank | ||||||
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タイトル | THE CLOSED CONFORMATION OF A HIGHLY FLEXIBLE PROTEIN: THE STRUCTURE OF E. COLI ADENYLATE KINASE WITH BOUND AMP AND AMPPNP | ||||||
![]() | ADENYLATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE(PHOSPHOTRANSFERASE) | ||||||
機能・相同性 | ![]() purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / magnesium ion binding ...purine ribonucleotide interconversion / ADP biosynthetic process / nucleoside monophosphate metabolic process / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / nucleoside diphosphate kinase activity / AMP binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Berry, M.B. / Meador, B. / Bilderback, T. / Liang, P. / Glaser, M. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The closed conformation of a highly flexible protein: the structure of E. coli adenylate kinase with bound AMP and AMPPNP. 著者: Berry, M.B. / Meador, B. / Bilderback, T. / Liang, P. / Glaser, M. / Phillips Jr., G.N. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Escherichia Coli Adenylate Kinase 著者: Althoff, S. / Zambrowicz, B. / Liang, P. / Glaser, M. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 121.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 93.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO A 87 / 2: CIS PROLINE - PRO B 87 | ||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.4315, -0.0198, 0.9019), ベクター: 詳細 | THE TRANSFORMATION PRESENTED ON *MTRIX* RECORDS BELOW WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR CHAIN *A* WHEN APPLIED TO CHAIN *B*. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23620.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() 参照: UniProt: P05082, UniProt: P69441*PLUS, adenylate kinase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. obs: 30315 / % possible obs: 85.3 % / Num. measured all: 73378 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→10 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.316 / Rfactor Rwork: 0.201 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 2.35 |