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- PDB-1akv: D95A SEMIQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1akv
タイトルD95A SEMIQUINONE FLAVODOXIN MUTANT FROM D. VULGARIS
要素FLAVODOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / ELECTRON TRANSFER / FLAVOPROTEIN / FMN / FLAVODOXIN / MUTANT
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily ...Flavodoxin, short chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin-like / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mccarthy, A. / Walsh, M. / Higgins, T.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002
タイトル: Crystallographic investigation of the role of aspartate 95 in the modulation of the redox potentials of Desulfovibrio vulgaris flavodoxin.
著者: McCarthy, A.A. / Walsh, M.A. / Verma, C.S. / O'Connell, D.P. / Reinhold, M. / Yalloway, G.N. / D'Arcy, D. / Higgins, T.M. / Voordouw, G. / Mayhew, S.G.
#1: ジャーナル: Thesis, National University of Ireland / 年: 1997
タイトル: X-Ray Crystallographic Studies on the Flavin Binding Site of Flavodoxin from Desulfovibrio Vulgaris
著者: Mccarthy, A.
履歴
登録1997年5月27日処理サイト: BNL
改定 1.01998年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月3日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_source ...database_2 / diffrn_source / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FLAVODOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5016
ポリマ－15,6601
非ポリマー8415
水2,252125
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)52.610, 52.610, 138.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 FLAVODOXIN


分子量: 15660.137 Da / 分子数: 1 / 変異: D95A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SEMIQUINONE
由来: (組換発現) Desulfovibrio vulgaris subsp. vulgaris str. Hildenborough (バクテリア)
生物種: Desulfovibrio vulgaris / 株: HILDENBOROUGH / 細胞内の位置: CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG2 / 参照: UniProt: P00323
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化pH: 7 / 詳細: 60-70% AMMONIUM SULFATE, 100MM TRIS-HCL, PH=7.0.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
112-15 mg/mlprotein1drop
230-35 %satammonium sulfate1drop
350 mMTris-HCl1dropor 25mM sodium phosphate containing 1mM EDTA
460-70 %satammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.9
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年8月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→10 Å / Num. obs: 13307 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.44 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル解像度: 1.96→1.98 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 97
反射
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / Num. measured all: 49473
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 96.5 % / Rmerge(I) obs: 0.337

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMoRE位相決定
PROLSQ精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 805 5 %RANDOM
Rwork0.21 ---
all0.201 16098 --
obs0.2 16098 98.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 16.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.15 Å / Luzzati d res low obs: 10 Å / Luzzati sigma a obs: 0.21 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1106 0 46 137 1289
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0450.05
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0430.04
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.160.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.180.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2540.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor2.283
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor18.3315
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.201 / Rfactor Rfree: 0.257 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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