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万見
- PDB-1agx: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF ACINETOBACTER GLUTAMINASIFICANS GLUT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1agx
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF ACINETOBACTER GLUTAMINASIFICANS GLUTAMINASE-ASPARAGINASE
要素GLUTAMINASE-ASPARAGINASE
キーワードBACTERIAL AMIDOHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamin-(asparagin-)ase / glutamin-(asparagin-)ase activity / asparagine metabolic process / asparaginase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. ...L-asparaginase, N-terminal domain / Rossmann fold - #40 / L-asparaginase, type II / Asparaginase/glutaminase, active site 1 / Asparaginase / glutaminase active site signature 1. / L-asparaginase, C-terminal / Asparaginase/glutaminase, active site 2 / Asparaginase/glutaminase, C-terminal / Glutaminase/Asparaginase C-terminal domain / Asparaginase / glutaminase active site signature 2. / Asparaginase / Asparaginase/glutaminase-like / L-asparaginase, N-terminal / Asparaginase/glutaminase-like superfamily / L-asparaginase, N-terminal domain superfamily / Asparaginase, N-terminal / Asparaginase / glutaminase domain profile. / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutaminase-asparaginase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter glutaminasificans (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Housset, D. / Weber, I.T. / Ammon, H.L. / Murphy, K.C. / Swain, A.L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Refined crystal structure of Acinetobacter glutaminasificans glutaminase-asparaginase.
著者: Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Housset, D. / Weber, I.T. / Ammon, H.L. / Murphy, K.C. / Swain, A.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1994
タイトル: Structural Characterization of Pseudomonas 7A Glutaminase-Asparaginase
著者: Lubkowski, J. / Wlodawer, A. / Ammon, H.L. / Copeland, T.D. / Swain, A.L.
#2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1993
タイトル: A Left-Handed Crossover Involved in Amidohydrolysis Catalysis: Crystal Structure of Erwinia Chrysanthemi L-Asparaginase with Bound L-Aspartate
著者: Miller, M. / Rao, J.K.M. / Wlodawer, A. / Gribskov, M.R.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1993
タイトル: Crystal Structure of E. Coli L-Asparaginase, an Enzyme Used in Cancer Therapy
著者: Swain, A.L. / Jaskolski, M. / Housset, D. / Rao, J.K.M. / Wlodawer, A.
#4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Preliminary Crystal Structure of Acinetobacter Glutaminasificans Glutaminase-Asparaginase
著者: Ammon, H.L. / Weber, I.T. / Wlodawer, A. / Harrison, R.W. / Gilliland, G.L. / Murphy, K.C. / Sjolin, L. / Roberts, J.
#5: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1988
タイトル: Structures of Amidohydrolases: Amino Acid Sequence of a Glutaminase-Asparaginase from Acinetobacter Glutaminasificans and Preliminary Crystallographic Data for an Asparaginase from Erwinia Chrysanthemi
著者: Tanaka, S. / Robinson, E.A. / Appella, E. / Miller, M. / Ammon, H.L. / Roberts, J. / Wlodawer, A.
#6: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.B / 年: 1983
タイトル: The Molecular Symmetry of Glutaminase-Asparaginases: Rotation Function Studies of the Pseudomonas 7A and Acinetobacter Enzymes
著者: Ammon, H.L. / Murphy, K.C. / Sjolin, L. / Wlodawer, A. / Holcenberg, J.S. / Roberts, J.
履歴
登録1994年7月13日処理サイト: BNL
改定 1.01994年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Other / Refinement description / カテゴリ: pdbx_database_status / software
Item: _pdbx_database_status.process_site / _software.classification
改定 1.42019年8月14日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification
改定 1.52024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5231
ポリマ－35,5231
非ポリマー00
水00
1
A: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE

A: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE

A: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE

A: GLUTAMINASE-ASPARAGINASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,0934
ポリマ－142,0934
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_556-x,y,-z+11
crystal symmetry operation4_566x,-y+1,-z+11
Buried area17680 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area36500 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)96.600, 112.500, 71.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMINASE-ASPARAGINASE


分子量: 35523.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter glutaminasificans (バクテリア)
参照: UniProt: P10172, asparaginase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.81 %
結晶化
*PLUS
pH: 5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
110 mg/mlprotein1drop
20.01 Macetate1drop
30.01 Macetate1reservoir2 ml
412-20 %n-propyl alcohol1reservoir
512-20 %MPD1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
PROFFT精密化
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.9→10 Å / σ(F): 3
詳細: RESIDUES 10 - 35 ARE DISORDERED; SOLVENT WAS NOT INCLUDED IN THE REFINEMENT BECAUSE OF THE LIMITED RESOLUTION OF THE DATA (2.9 A) AND BECAUSE OF THE DISORDER OF RESIDUES 10 - 35.
Rfactor反射数
Rwork0.171 -
obs0.171 7403
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2497 0 0 0 2497
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it5.791.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it7.332
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it4.132
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it5.83
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR/PROFFT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.171
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal targetDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.30.5
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.50.64
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.020.019
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.150.219

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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