+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1agi | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE ANGIOGENIN AT 1.5 ANGSTROMS RESOLUTION | ||||||
![]() | ANGIOGENIN | ||||||
![]() | ENDONUCLEASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / : / rRNA transcription / basement membrane / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation ...activation of phospholipase A2 activity / angiogenin-PRI complex / diacylglycerol biosynthetic process / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / : / rRNA transcription / basement membrane / RNA nuclease activity / ovarian follicle development / positive regulation of endothelial cell proliferation / actin filament polymerization / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of protein secretion / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / heparin binding / actin binding / antibacterial humoral response / growth cone / cytoplasmic vesicle / angiogenesis / endonuclease activity / cell differentiation / response to hypoxia / negative regulation of translation / defense response to Gram-positive bacterium / copper ion binding / innate immune response / signaling receptor binding / neuronal cell body / nucleolus / DNA binding / extracellular space / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Acharya, K.R. / Shapiro, R. / Riordan, J.F. / Vallee, B.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of bovine angiogenin at 1.5-A resolution. 著者: Acharya, K.R. / Shapiro, R. / Riordan, J.F. / Vallee, B.L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 38 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 26.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 362.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 363.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 3.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Atom site foot note | 1: CIS PROLINE - PRO 39 / 2: CIS PROLINE - PRO 92 |
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14621.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() 参照: UniProt: P10152, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 43 % | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 16 ℃ / pH: 4.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
---|---|
放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→8 Å / Num. obs: 17940 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 0 |
反射 | *PLUS Num. obs: 18103 / Num. measured all: 149878 / Rmerge(I) obs: 0.071 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | Rfactor Rwork: 0.203 / Rfactor obs: 0.203 / 最高解像度: 1.5 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 1.5 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 17940 / σ(I): 0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |