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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1agb | ||||||
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タイトル | ANTAGONIST HIV-1 GAG PEPTIDES INDUCE STRUCTURAL CHANGES IN HLA B8-HIV-1 GAG PEPTIDE (GGRKKYKL-3R MUTATION) | ||||||
要素 |
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キーワード | HISTOCOMPATIBILITY COMPLEX / HLA B8 / HIV / MHC CLASS I | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding ...regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / detection of bacterium / secretory granule membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / defense response / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / MHC class II protein complex binding / early endosome membrane / late endosome membrane / protein-folding chaperone binding / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / signaling receptor binding / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Reid, S.W. / Mcadam, S. / Smith, K.J. / Klenerman, P. / O'Callaghan, C.A. / Harlos, K. / Jakobsen, B.K. / Mcmichael, A.J. / Bell, J. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Exp.Med. / 年: 1996 タイトル: Antagonist HIV-1 Gag peptides induce structural changes in HLA B8. 著者: Reid, S.W. / McAdam, S. / Smith, K.J. / Klenerman, P. / O'Callaghan, C.A. / Harlos, K. / Jakobsen, B.K. / McMichael, A.J. / Bell, J.I. / Stuart, D.I. / Jones, E.Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1agb.cif.gz | 96.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1agb.ent.gz | 73.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1agb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1agb_validation.pdf.gz | 373.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1agb_full_validation.pdf.gz | 376.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1agb_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1agb_validation.cif.gz | 14.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1agb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/1agb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31927.977 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: XA90 / 遺伝子: GAG / プラスミド: PGMT7 / 細胞株 (発現宿主): BL21(DE3)PLYSS / 遺伝子 (発現宿主): GAG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P30460, UniProt: P01889*PLUS |
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#2: タンパク質 | 分子量: 11748.160 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: XA90 / 遺伝子: GAG / プラスミド: PHN1 / 細胞株 (発現宿主): XA90 / 遺伝子 (発現宿主): GAG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 293 / 参照: UniProt: P61769 |
#3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 953.184 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.7 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 30% PEG 4000 0.1M SODIUM CITRATE, PH 6.5 0.2M AMMONIUM ACETATE | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Reid, S.W., (1996) Febs Lett., 383, 119. | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 187 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX9.6 / 波長: 0.97 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年9月2日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→14 Å / Num. obs: 27424 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.232 / % possible all: 91.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 88881 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: HLA B27 解像度: 2.2→14 Å / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 21.1 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→14 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.195 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |