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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1aev | ||||||
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タイトル | INTRODUCTION OF NOVEL SUBSTRATE OXIDATION INTO CYTOCHROME C PEROXIDASE BY CAVITY COMPLEMENTATION: OXIDATION OF 2-AMINOTHIAZOLE AND COVALENT MODIFICATION OF THE ENZYME (2-AMINOTHIAZOLE) | ||||||
![]() | CYTOCHROME C PEROXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE / TRANSIT PEPTIDE | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / response to reactive oxygen species / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / mitochondrial intermembrane space / cellular response to oxidative stress / mitochondrial matrix / heme binding / mitochondrion / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Musah, R.A. / Fitzgerald, M.M. / Jensen, G.M. / Mcree, D.E. / Goodin, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Introduction of novel substrate oxidation into cytochrome c peroxidase by cavity complementation: oxidation of 2-aminothiazole and covalent modification of the enzyme. 著者: Musah, R.A. / Goodin, D.B. #1: ![]() タイトル: Small Molecule Binding to an Artificially Created Cavity at the Active Site of Cytochrome C Peroxidase 著者: Fitzgerald, M.M. / Churchill, M.J. / Mcree, D.E. / Goodin, D.B. #2: ![]() タイトル: The Asp-His-Fe Triad of Cytochrome C Peroxidase Controls the Reduction Potential, Electronic Structure, and Coupling of the Tryptophan Free Radical to the Heme 著者: Goodin, D.B. / Mcree, D.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1cmqS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33459.242 Da / 分子数: 1 / 変異: W191G / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CRYSTAL FORM MKT 由来: (組換発現) ![]() ![]() 細胞株: BL21 / 細胞内の位置: MITOCHONDRIA / 遺伝子: CCP / Organelle: MITOCHONDRIA / プラスミド: PT7CCP / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 遺伝子 (発現宿主): CCP (MKT) / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-AMT / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 20% MPD, 40 MM PHOSPHATE PH 6.0. A SINGLE CRYSTAL OF W191G WAS SOAKED IN 50MM 2-AMINOTHIAZOLE IN 40% MPD AND 60 MM PHOSPHATE AT PH 4.5. |
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 |
溶液の組成 | *PLUS 濃度: 25 % / 一般名: MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 290 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年10月1日 |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→15 Å / Num. obs: 19039 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.082 / Net I/σ(I): 9.05 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.3 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.31 / Mean I/σ(I) obs: 1.13 / Rsym value: 0.63 / % possible all: 85 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1CMQ 解像度: 2.1→7 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.5 / σ(F): 0 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→7 Å
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