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- PDB-1adn: SOLUTION STRUCTURE OF THE DNA METHYLPHOSPHOTRIESTER REPAIR DOMAIN... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1adn
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE DNA METHYLPHOSPHOTRIESTER REPAIR DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI ADA
要素N-ADA 10
キーワードTRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


: / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / : / DNA alkylation repair / methylation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response ...: / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / : / DNA alkylation repair / methylation / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA Methylphosphotriester Repair Domain / DNA Methylphosphotriester Repair Domain / Ada DNA repair, metal-binding / Bifunctional regulatory protein Ada / Ada-like domain superfamily / Metal binding domain of Ada / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site ...DNA Methylphosphotriester Repair Domain / DNA Methylphosphotriester Repair Domain / Ada DNA repair, metal-binding / Bifunctional regulatory protein Ada / Ada-like domain superfamily / Metal binding domain of Ada / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Helix-turn-helix domain / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional transcriptional activator/DNA repair enzyme Ada
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR
データ登録者Myers, L.C. / Verdine, G.L. / Wagner, G.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1993
タイトル: Solution structure of the DNA methyl phosphotriester repair domain of Escherichia coli Ada.
著者: Myers, L.C. / Verdine, G.L. / Wagner, G.
#1: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Repair of DNA Methylphosphotriesters Through a Metalloactivated Cysteine Nucleophile
著者: Myers, L.C. / Terranova, M.P. / Ferentz, A.E. / Wagner, G. / Verdine, G.L.
履歴
登録1993年9月30日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-ADA 10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,5352
ポリマ－10,4701
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)14 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 N-ADA 10


分子量: 10469.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06134
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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解析

NMR software名称: DGII / 開発者: HAVEL / 分類: 精密化
精密化ソフトェア番号: 1
詳細: DATA WERE COLLECTED AT PH 6.4 AND AT 25 DEGREES CELSIUS. RESTRAINTS USED FOR THE STRUCTURE CALCULATIONS INCLUDED 547 NOE RESTRAINTS CONSISTING OF 108 INTRA-RESIDUE, 175 SEQUENTIAL, 91 MEDIUM (1<|I-J|<6) AND 173 LONG RANGE NOES. ADDITIONALLY, 50 HYDROGEN BONDING DISTANCES AS WELL AS DIHEDRAL ANGLE RESTRAINTS FOR 69 PHI ANGLES AND 8 CHI-1 ANGLES WERE INCLUDED. STEREOSPECIFIC ASSIGNMENTS HAVE BEEN MADE FOR THE METHYLENE PROTONS OF ASN 22, CYS 42, ASN 51, SER 53, PHE 54 AND TYR 55. STEREOSPECIFIC ASSIGNMENTS HAVE ALSO BEEN MADE FOR THE METHYL GROUPS OF VAL 16, LEU 17, VAL 28, LEU 48, VAL 52, LEU 62, AND LEU 84. THIS STUDY AND REFERENCE 1 ABOVE SHOW THAT CYS 38, CYS 42, CYS 69, AND CYS 72 ARE THE LIGANDS FOR A TIGHTLY BOUND ZINC ION. A 2.3 ANGSTROM THIOL - ZINC DISTANCE RESTRAINT WAS IMPOSED ON THE FOUR CYSTEINE METAL LIGANDS. ADDITIONAL DISTANCE AND DIHEDRAL RESTRAINTS WERE APPLIED TO ENFORCE A TETRAHEDRAL METAL LIGATION AND TO MAINTAIN PROPER SP3 HYBRIDIZATION GEOMETRIES OF THE COORDINATED SULFUR ATOMS. A DIHEDRAL ANGLE RESTRAINT MAINTAINS AN S TYPE LIGAND CONFIGURATION.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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