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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ab8 | ||||||
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タイトル | RAT TYPE II ADENYLYL CYCLASE C2 DOMAIN/FORSKOLIN COMPLEX | ||||||
要素 | ADENYLYL CYCLASE | ||||||
キーワード | LYASE / ADENYLYL CYCLASE / PLASMID / COMPLEX (TRANSFERASE-INHIBITOR) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / G alpha (z) signalling events / adenylate cyclase activity / adenylate cyclase binding / cellular response to forskolin ...Adenylate cyclase activating pathway / Hedgehog 'off' state / PKA activation / Adenylate cyclase inhibitory pathway / adenylate cyclase / cAMP biosynthetic process / G alpha (z) signalling events / adenylate cyclase activity / adenylate cyclase binding / cellular response to forskolin / cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / manganese ion binding / membrane raft / dendrite / magnesium ion binding / protein-containing complex / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, G. / Hurley, J.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 1997 タイトル: Structure of the adenylyl cyclase catalytic core. 著者: Zhang, G. / Liu, Y. / Ruoho, A.E. / Hurley, J.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ab8.cif.gz | 86.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ab8.ent.gz | 65.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ab8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ab8_validation.pdf.gz | 566.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ab8_full_validation.pdf.gz | 582 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ab8_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ab8_validation.cif.gz | 16.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/1ab8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ab/1ab8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.198769, -0.978716, -0.051049), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24447.781 Da / 分子数: 2 / 断片: C2 DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: PPROEX-1 / プラスミド: PPROEX-1 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 遺伝子 (発現宿主): PPROEX-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P26769, adenylate cyclase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.9 詳細: 1.1 M AM SO4, 0.1 M PHOSPHATE, PH 5.9, 2 % DMSO, 1 MM FORSKOLIN, 10 MM DTT, 80 MM NACL, 50 MM TRIS HCL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 21-24 ℃ / 手法: unknown / PH range low: 5.9 / PH range high: 5.8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.908 |
検出器 | タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.908 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→40 Å / Num. obs: 17326 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 1 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 40 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 51618 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→6 Å / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 1.0E-5 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: FREE R / σ(F): 2 / 詳細: ANISOTROPIC DIFFRACTION
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原子変位パラメータ | Biso mean: 41 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati d res low obs: 6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: RESTRAINED | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / バージョン: 3.8 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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