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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9943 | |||||||||
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タイトル | Structure of NLRP1 CARD filament | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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キーワード | filament / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / self proteolysis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to UV-B ...NLRP1 inflammasome complex assembly / cysteine-type endopeptidase activator activity / NLRP1 inflammasome complex / canonical inflammasome complex / The NLRP1 inflammasome / self proteolysis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to UV-B / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / response to muramyl dipeptide / antiviral innate immune response / signaling adaptor activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / : / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / protein homooligomerization / positive regulation of inflammatory response / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / double-stranded RNA binding / peptidase activity / regulation of inflammatory response / double-stranded DNA binding / regulation of apoptotic process / neuron apoptotic process / defense response to virus / defense response to bacterium / protein domain specific binding / apoptotic process / nucleolus / enzyme binding / signal transduction / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Qin G / Chenrui X | |||||||||
資金援助 | シンガポール, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis for distinct inflammasome complex assembly by human NLRP1 and CARD8. 著者: Qin Gong / Kim Robinson / Chenrui Xu / Phuong Thao Huynh / Kelvin Han Chung Chong / Eddie Yong Jun Tan / Jiawen Zhang / Zhao Zhi Boo / Daniel Eng Thiam Teo / Kenneth Lay / Yaming Zhang / John ...著者: Qin Gong / Kim Robinson / Chenrui Xu / Phuong Thao Huynh / Kelvin Han Chung Chong / Eddie Yong Jun Tan / Jiawen Zhang / Zhao Zhi Boo / Daniel Eng Thiam Teo / Kenneth Lay / Yaming Zhang / John Soon Yew Lim / Wah Ing Goh / Graham Wright / Franklin L Zhong / Bruno Reversade / Bin Wu / 要旨: Nod-like receptor (NLR) proteins activate pyroptotic cell death and IL-1 driven inflammation by assembling and activating the inflammasome complex. Closely related sensor proteins NLRP1 and CARD8 ...Nod-like receptor (NLR) proteins activate pyroptotic cell death and IL-1 driven inflammation by assembling and activating the inflammasome complex. Closely related sensor proteins NLRP1 and CARD8 undergo unique auto-proteolysis-dependent activation and are implicated in auto-inflammatory diseases; however, their mechanisms of activation are not understood. Here we report the structural basis of how the activating domains (FIIND-CARD) of NLRP1 and CARD8 self-oligomerize to assemble distinct inflammasome complexes. Recombinant FIIND-CARD of NLRP1 forms a two-layered filament, with an inner core of oligomerized CARD surrounded by an outer ring of FIIND. Biochemically, self-assembled NLRP1-CARD filaments are sufficient to drive ASC speck formation in cultured human cells-a process that is greatly enhanced by NLRP1-FIIND which forms oligomers in vitro. The cryo-EM structures of NLRP1-CARD and CARD8-CARD filaments, solved here at 3.7 Å, uncover unique structural features that enable NLRP1 and CARD8 to discriminate between ASC and pro-caspase-1. In summary, our findings provide structural insight into the mechanisms of activation for human NLRP1 and CARD8 and reveal how highly specific signaling can be achieved by heterotypic CARD interactions within the inflammasome complexes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9943.map.gz | 4.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9943-v30.xml emd-9943.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_9943_fsc.xml | 4.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_9943.png | 63.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9943.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_9943_additional.map.gz emd_9943_half_map_1.map.gz emd_9943_half_map_2.map.gz | 626.9 KB 4.4 MB 4.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9943 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9943 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9943_validation.pdf.gz | 836.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9943_full_validation.pdf.gz | 835.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9943_validation.xml.gz | 9.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9943_validation.cif.gz | 11.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9943 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9943 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9943.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: cropped out 12mer density used in qseudo-crystallographic refinement,...
ファイル | emd_9943_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | cropped out 12mer density used in qseudo-crystallographic refinement, not for publication. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_9943_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_9943_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : NLRP1 CARD filament
全体 | 名称: NLRP1 CARD filament |
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要素 |
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-超分子 #1: NLRP1 CARD filament
超分子 | 名称: NLRP1 CARD filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1
分子 | 名称: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 12.203776 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPGDYKDDDD KDAPQLLHFV DQYREQLIAR VTSVEVVLDK LHGQVLSQEQ YERVLAENTR PSQMRKLFSL SQSWDRKCKD GLYQALKET HPHLIMELWE KGSKK UniProtKB: NACHT, LRR and PYD domains-containing protein 1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 5-35 / 実像数: 2187 / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 115000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-6k7v: |