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- EMDB-9896: CryoEM structure of S.typhimurium R-type flagellar filament made ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9896
タイトルCryoEM structure of S.typhimurium R-type flagellar filament made of FljB (A461V) without domain D3 by masking out
マップデータCryoEM structure of S.typhimurium R-type straight flagellar filament made of FljB (A461V)
試料
  • 複合体: FljB
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
キーワードFljB / Helical reconstruction / Salmonella / Flagellar motor / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Flagellin D3 / : / Flagellin D3 domain / Flagellin, barrel domain / Flagellin, C-terminal domain, subdomain 2 / Flagellin, C-terminal domain / Bacterial flagellin C-terminal helical region / Flagellin / Flagellin, N-terminal domain / Bacterial flagellin N-terminal helical region
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Yamaguchi T / Toma S
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Structural and Functional Comparison of Flagellar Filaments Composed of FljB and FliC.
著者: Tomoko Yamaguchi / Shoko Toma / Naoya Terahara / Tomoko Miyata / Masamichi Ashihara / Tohru Minamino / Keiichi Namba / Takayuki Kato /
要旨: The bacterial flagellum is a motility organelle consisting of a long helical filament as a propeller and a rotary motor that drives rapid filament rotation to produce thrust. serovar Typhimurium has ...The bacterial flagellum is a motility organelle consisting of a long helical filament as a propeller and a rotary motor that drives rapid filament rotation to produce thrust. serovar Typhimurium has two genes of flagellin, and , for flagellar filament formation and autonomously switches their expression at a frequency of 10-10 per cell per generation. We report here differences in their structures and motility functions under high-viscosity conditions. A strain expressing FljB showed a higher motility than one expressing FliC under high viscosity. To examine the reasons for this motility difference, we carried out structural analyses of the FljB filament by electron cryomicroscopy and found that the structure was nearly identical to that of the FliC filament except for the position and orientation of the outermost domain D3 of flagellin. The density of domain D3 was much lower in FljB than FliC, suggesting that domain D3 of FljB is more flexible and mobile than that of FliC. These differences suggest that domain D3 plays an important role not only in changing antigenicity of the filament but also in optimizing motility function of the filament as a propeller under different conditions.
履歴
登録2019年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6jy0
  • 表面レベル: 0.032
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6jy0
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_9896.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9896.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM structure of S.typhimurium R-type straight flagellar filament made of FljB (A461V)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å		1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.032 / ムービー #1: 0.032
最小 - 最大-0.10676585 - 0.16655359
平均 (標準偏差)0.0005601356 (±0.009007921)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-199-199-199
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 423.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.000424.000424.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-199-199-199
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1070.1670.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_9896_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map-1 of 3D Refinement CryoEM structure...

ファイルemd_9896_half_map_1.map
注釈EM half map-1 of 3D Refinement CryoEM structure of S.typhimurium R-type straight flagellar filament made of FljB (A461V)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: EM half map-2 of 3D Refinement CryoEM structure...

ファイルemd_9896_half_map_2.map
注釈EM half map-2 of 3D Refinement CryoEM structure of S.typhimurium R-type straight flagellar filament made of FljB (A461V)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FljB

全体名称: FljB
要素
  • 複合体: FljB
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin

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超分子 #1: FljB

超分子名称: FljB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: R-type straight flagellar filament (A461V)
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: SJW590

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分子 #1: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
分子量理論値: 52.608449 KDa
組換発現生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
配列文字列: MAQVINTNSL SLLTQNNLNK SQSALGTAIE RLSSGLRINS AKDDAAGQAI ANRFTANIKG LTQASRNAND GISIAQTTEG ALNEINNNL QRVRELAVQS ANSTNSQSDL DSIQAEITQR LNEIDRVSGQ TQFNGVKVLA QDNTLTIQVG ANDGETIDID L KQINSQTL ...文字列:
MAQVINTNSL SLLTQNNLNK SQSALGTAIE RLSSGLRINS AKDDAAGQAI ANRFTANIKG LTQASRNAND GISIAQTTEG ALNEINNNL QRVRELAVQS ANSTNSQSDL DSIQAEITQR LNEIDRVSGQ TQFNGVKVLA QDNTLTIQVG ANDGETIDID L KQINSQTL GLDSLNVQKA YDVKDTAVTT KAYANNGTTL DVSGLDDAAI KAATGGTNGT ASVTGGAVKF DADNNKYFVT IG GFTGADA AKNGDYEVNV ATDGTVTLAA GATKTTMPAG ATTKTEVQEL KDTPAVVSAD AKNALIAGGV DATDANGAEL VKM SYTDKN GKTIEGGYAL KAGDKYYAAD YDEATGAIKA KTTSYTAADG TTKTAANQLG GVDGKTEVVT IDGKTYNASK AAGH DFKAQ PELAEAAAKT TENPLQKIDA ALAQVDALRS DLGAVQNRFN SAITNLGNTV NNLSEVRSRI EDSDYATEVS NMSRA QILQ QAGTSVLAQA NQVPQNVLSL LR

UniProtKB: Flagellin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMTris-HCltris (hydroxymethyl) amino methane
150.0 mMNaClSodium chloride
1.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
糖包埋材質: buffer
グリッドモデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 24 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-6 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 2319 / 平均電子線量: 10.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.21 µm / 倍率（補正後）: 72273 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.86758 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 65.813 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta2) / 詳細: Half-map generation is Gold-standard / 使用した粒子像数: 114110
Segment selection選択した数: 197442
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoEM map of FliC flagellar filament
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta-2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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