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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-9793 | |||||||||
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タイトル | The Cryo-EM structure of nucleoprotein-RNA complex of Newcastle disease virus | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | self-capping helical structure complex / NUCLEAR PROTEIN / NUCLEAR PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | Paramyxovirus nucleocapsid protein / Paramyxovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / structural molecule activity / RNA binding / Nucleocapsid 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Newcastle disease virus (ウイルス) / Avian avulavirus 1 (ウイルス) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Song X / Shan H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Self-capping of nucleoprotein filaments protects the Newcastle disease virus genome. 著者: Xiyong Song / Hong Shan / Yanping Zhu / Shunlin Hu / Ling Xue / Yong Chen / Wei Ding / Tongxin Niu / Jian Gu / Songying Ouyang / Qing-Tao Shen / Zhi-Jie Liu / 要旨: Non-segmented negative-strand RNA viruses, such as measles, ebola and Newcastle disease viruses (NDV), encapsidate viral genomic RNAs into helical nucleocapsids, which serve as the template for viral ...Non-segmented negative-strand RNA viruses, such as measles, ebola and Newcastle disease viruses (NDV), encapsidate viral genomic RNAs into helical nucleocapsids, which serve as the template for viral replication and transcription. Here, the clam-shaped nucleocapsid structure, where the NDV viral genome is sequestered, was determined at 4.8 Å resolution by cryo-electron microscopy. The clam-shaped structure is composed of two single-turn spirals packed in a back-to-back mode. This tightly packed structure functions as a seed for the assembly of a nucleocapsid from both directions, facilitating the growth of double-headed filaments with two separate RNA strings inside. Disruption of this structure by mutations in its loop interface yielded a single-headed unfunctional filament. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_9793.map.gz | 86.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-9793-v30.xml emd-9793.xml | 10.4 KB 10.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_9793.png | 49.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-9793.cif.gz | 5.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-9793 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_9793_validation.pdf.gz | 640.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_9793_full_validation.pdf.gz | 640 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_9793_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_9793_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9793 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-9793 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_9793.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of nucleoprotein-RNA of Newcastle disease virus
全体 | 名称: Ternary complex of nucleoprotein-RNA of Newcastle disease virus |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of nucleoprotein-RNA of Newcastle disease virus
超分子 | 名称: Ternary complex of nucleoprotein-RNA of Newcastle disease virus タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Newcastle disease virus (ウイルス) |
-分子 #1: Nucleocapsid
分子 | 名称: Nucleocapsid / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Avian avulavirus 1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 43.830703 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSSVFDEYEQ LLAAQTRPNG ALGGGEKGST LKVEVPVFTL NSDDPEDRWN FAVFCLRIAV SEDANKPLRQ GALISLLCSH SQVMRNHVA LAGKQNEATL AVLEIDGFTN GVPQFNNRSG VSEERAQRFM MIAGSLPRAC SNGTPFVTAG VEDDAPEDIT D TLERILSI ...文字列: MSSVFDEYEQ LLAAQTRPNG ALGGGEKGST LKVEVPVFTL NSDDPEDRWN FAVFCLRIAV SEDANKPLRQ GALISLLCSH SQVMRNHVA LAGKQNEATL AVLEIDGFTN GVPQFNNRSG VSEERAQRFM MIAGSLPRAC SNGTPFVTAG VEDDAPEDIT D TLERILSI QAQVWVTVAK AMTAYETADE SETRRINKYM QQGRVQKKYI LHPVCRSAIQ LTIRQSLAVR IFLVSELKRG RN TAGGTST YYNLVGDVDS YIRNTGLTAF FLTLKYGINT KTSALALSSL SGDIQKMKQL MRLYRMKGDN APYMTLLGDS DQM SFAPAE YAQLYSFAMG MASVLDKGTG KYQFARDFMS TSFWRLGVEY AQAQGSSINE DMAAELKLTP AARRGLAAAA QR UniProtKB: Nucleocapsid |
-分子 #2: polyU
分子 | 名称: polyU / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 1.792037 KDa |
配列 | 文字列: UUUUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: GLOW DISCHARGED |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 41.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 75290 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |